R语言在数据处理方面很是强大，然而也面临着很多的局限性。比如图像的分析处理，大数据的运算效率问题。今天我们介绍R语言和高效语言结合的一种方法：
我们今天给大家介绍一个通过人类肿瘤的进化条件所选择的事件介绍。其只设计了Linux下的版本所以我们如果需要安装在windows下还是需要利用devtools进行编译安装。当然，其依赖的包还是需要我们自己去安装。那么我们看下其流程吧。
RStudio是一款功能强大的自由和开源编程语言和环境，提供了大量的图形和统计方法统计计算和图形。RStudio支持多系统MOX OS X，Linux和Windows系统，软件可以对代码进行整理，方便您的观看。
这是我第一次以“老师”的身份上这么大的课。虽说我的公众号主要做R语言可视化，但是我也没上过课呀。为了准备这两节课，我花了将近50个小时准备这4小时的课程。
R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
Rmarkdowm作为可复用报告的优秀工具，除了提供文档编辑、图表输出外，还有许多主题格式供使用者选择。除了默认的主题外，还可以通过加载rticles、prettydoc、rmdformats、tufte等包获取更多主题格式。下面我们看看几类扩展包里的主题样式。
我们知道Python的英文表达是蟒蛇，有意思的是anaconda也是蟒蛇的意思，准确是是水莽，莽中之王，更大、更重、更长。
R语言是一种为数学研究者设计的数学程序设计语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。
RStudio Server是网页版的RStudio，部署在服务器上后，能够在从Web浏览器访问的Linux服务器上运行RStudio,可随时随地完成R语言的工作,并且能很方便的完成R项目的部署调试。使将RStudio IDE的强大功能和工作效率带到基于服务器的集中式环境中。
Anaconda 是一个免费开源的Python和R语言的发行版本，简化了包管理和部署，而且支持多个Python环境的隔离。强烈安利，下载地址为Anaconda[1]。推荐下载Python3.7 版本，毕竟Python2 20年就不再维护了哈。安装教程参见Anaconda安装教程[2]。
从Python、R等编程语言到以Git为例的版本控制系统甚至Unix Shell等命令行工具，数据科学家的武器库现在越来越丰富了，在个人计算机上同时使用这些武器可能会对新入门的数据科学家们造成不小的困扰，本文就将带你学习这些数据科学武器的配置方法。
学习R语言最快的方式就是找代码、打代码。那么我们代码往哪里打呢，安装R软件中其实有很多需要我们注意的地方，比如路径不能有中文名什么的（这里我强烈建议大家的电脑用户名最好也是英文，自己的英文名什么的）等。
Origin软件的数据分析功能非常强大，可以进行常见的统计分析、回归分析、时间序列分析、信号处理等多种分析方法。用户可以通过简单的拖拽和设置参数来完成分析过程，而不需要编写复杂的代码，非常方便。同时，软件还支持Python和R语言的集成，用户可以通过编写脚本来完成复杂的数据分析任务，实现更加自由和灵活的数据分析。此外，Origin软件还提供了多种数据可视化工具，用户可以根据自己的需求选择适合的图表类型，进行自定义设置，实现更好的数据可视化。总的来说，Origin软件是一款功能强大的数据分析工具，既可以通过简单的拖拽和设置参数来完成分析过程，又支持Python和R语言的集成，可以帮助用户更好地处理和分析各种数据。
在之前的推文中，我们用两个视频详细介绍了R语言、rtools、Rstudio以及R包的安装，解决新手最先碰到的两大难题！
作者：NSS 翻译：杨金鸿 术语校对：韩海畴 全文校对：林亦霖 本文约3000字，建议阅读7分钟。 本文为带大家了解R语言以及分段式的步骤教程！ 人们学习R语言时普遍存在缺乏系统学习方法的问题。学习者不知道从哪开始，如何进行，选择什么学习资源。虽然网络上有许多不错的免费学习资源，然而它们多过了头，反而会让人挑花了眼。 为了构建R语言学习方法，我们在Vidhya和DataCamp中选一组综合资源，帮您从头学习R语言。这套学习方法对于数据科学或R语言的初学者会很有用;如果读者是R语言的老用户，则会由本文了解
今天是我们的系统教程《R语言从入门到精通》的第一讲，前面的背景讲解中《从今天开始，每天学点R语言~》，已经深入探讨过R语言的重要性以及学习R语言的必要性，今天我们就按照课表来讲解：如何在自己的PC中安装R语言的运行环境。还没有领取《学习R》书籍教材的同学，赶紧联系文末的客服小姐姐吧~
小结 一年了，没想到写了这么多~重要的是这是一个完整的分析流程，非常实用。 从头开始(需要服务器) 当你拿到了测序公司的原始数据或者你想从SRA<- 大牛的数据都存在这里下载到有价值的数据用来分析首先你得有台服务器，看下面的教程“站长，课题组要买一台服务器做转录组分析，怎么破？” “站长，没钱买高配置电脑咋做10次Lasso？” 然后这个教程告诉你省钱的方法10元转录组分析：这次真的是干货了~灰常干 当然如果你想要以下教程中所涉及的工具，看这个教程“站长，有没有丝滑般感受的生信软件安装教程？” 怎么获得
大数据文摘作品，转载要求见文末 原作者 | Daniel Jeffries 编译 | 刘云南，一针，Saint，Yawei Xia 今天我们将建立我们自己的深度学习终极大杀器。 我们会搜集最好的精华，并且把他们组合成数字终结者。 我们也会讨论如何把最新的深度学习软件架构一步步安装到Ubuntu Linux 16.04中。 在这台机器上运行神经网络就像热激光束穿过黄油一样快捷流畅。你不用花超过129，000美元来购买 Nvidia’s DGX-1，这个AI超级计算机可以放在一个盒子里。我马上要给你展示它的性能
R语言是用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境。 R语言由Ross Ihaka和Robert Gentleman在新西兰奥克兰大学创建，目前由R语言开发核心团队开发。
下面提供两种下载地址，官网地址一般为最新的，网盘地址会定期更新，但是不保证一定是最新的
如果是想通过培训掌握生物信息学，那么可以参考：彻底入门生物信息学，可能需要12天！ 推文介绍的。
毫无疑问，处理数据的首要条件是理解数据从产生，对应到我们这个系列，也就是了解三维基因组的背景知识，如下：
深感遗憾，我以前的教程还特意选择了他，比如下面的安装最新版R语言： sudo vi /etc/apt/sources.list# deb http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ xenial/sudo apt-get updatesudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9sudo apt-get updatesudo apt-get in
（复制http://v.qq.com/x/page/v0666qu5y66.html这个链接在浏览器打开观看，当然，腾讯视频会给你看一分钟广告，而且需要自己选择超高清观看哦！！！）
MongoDB 有两种可用的版本: 社区版 和企业版。 提示： 手册中的本章节包含的是安装MongoDB的相关信息。关于将当前部署的MongoDB升级至4.0版本的介绍，请参见升级步骤 。 Mongo
Rstudio我的理解更像是服务器的Xshell端 可以更方便的看懂你的代码以及输出的数据运行情况等
下载地址为：https://cran.r-project.org 进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载链接，分别对应三种操作系统：Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接。
之前写了一个脚本，可以让大家1行代码提取6种类型的表达矩阵以及对应的临床信息。但是很多人完全看不见注意事项或者根本看不懂，所以我决定改动一下。
我不生产知识，我只是知识的搬运工，以下内容是源于 B站 – 徐州更 的安装教程：可能是最好的R语言安装指南哔哩哔哩bilibili
觉得jupyter+R挺配的，可以每块代码直接在下面输出结果，适合R语言学习。我觉得我就是因为这个工具+生信技能树的R语言入门教程而入门的R语言。当然，入门一门语言很可能不能靠一本书，而是需要多本书才能实现。
打开conda官方网站，查看版本和下载链接：https://repo.anaconda.com/miniconda/
R 语言是为数学研究工作者设计的一种数学编程语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。
今天学习的内容主要是R语言基础以及RStudio，其实之前稍微接触过一些R语言，R语言也是早就安装好的软件，这次学习就不从安装R语言开始学习了。然后主要对之前没有学习过的知识点做了笔记。
在[[114-R工具指南22-R包的版本控制]] 及[[112-R工具指南21-使用conda帮你在服务器上装R包]] 我们就反复提到过R studio server 的阴谋：
最近被网上的一些R语言做出的图迷住，遂突发奇想学习R语言。按照教程装好了R语言解释器与Rstudio后，才得知pycharm中有R语言的插件，安装后可以在pycharm中写R语言。
大家好，我是邓飞，数据分析离不开Linux系统，所以，如何在Linux系统中安装R语言，可以有效的避免入门数据分析，劝退力量很大。如果还有没有劝退，那就在Linux系统中安装R语言包……
我写公众号的最初目的就是督促自己学习，分享一些教程，和专门搞生信的大佬们比起来，自己也就是菜鸟一枚，公众号更新也比较佛系，也不做推广，你能自行关注到，完全靠缘分。我就是分享一些生信基础的生信分析技能，以满足大家在科研工作中的生信需求。说实话，大家需要给你自己以定位，自己做纯生信的还是只是借助生信为大家在湿实验中提供思路，或者文章中添加一些生信内容。如果你是做纯生信，那也是分档次和研究方向的，如果只是分析别人的数据，比如预后模型这种，属于比较低端的水平。有的做开发，比如开发一个R包或者一些其他生信分析工具，又或者是建数据库，这些属于开发类。另外，这个也和研究领域有很大关系，植物的，人的，微生物的，是有区别的，当然，很多基础工具都差不多，但需要相关的知识背景。我自己主要是做药，癌症，所以我会的技能主要和自己研究方向相关的，我也不是什么都掌握，因为我觉得，具备基础知识储备后，自己用到什么就去现学现卖，而不是一下子学会很多东西等着以后用，我个人认为这是效率极其低下的。
通过上面文章，我们大概知道了什么是Docker，但那都是文字功夫，具体想要理解，还得实操，于是这篇文章带着大家来手动安装Docker。
提高下载安装包的速度。如下分别为bioconductor与CRAN选择了清华的镜像源
R语言拥有完整体系的数据分析工具，为数据分析和可视化提供的强大图形功能，所以对于数据分析师来讲，掌握R语言是非常有必要的，本期开始更新R语言新手教程，内容来源于B站播放量最高的R语言教程的笔记，如果大家没有时间刷视频，可以通过公众号的文章节约时间，快速学习。
Rstudio Server 是Rstudio开发的基于R语言的网页版（只能在Linux），你在手机上都可以运行R，还是挺方便的。就是配置起来有点麻烦。 官方下载链接：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
Python和R都是免费的开源软件，这类软件有一个对小白新手非常友好的特点，那就是……哪里不会查哪里，随用随学……所以，别的理论不说现在要开始进行数据分析啦~
不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。
教程将提供： 1、所有与教程有关的R的所有脚本、教程所用的教学数据。 2、赠送网易云课程等价值课程。 3、提供免费共享云服务器工具镜像，并享受VIP级的答疑服务。 课程目录： 1、Linux命令与服务器将不是学习生信的障碍——如何建立适合转录组分析的便宜云服务器。 2、如何高速下载SRA数据（RNA-seq原始数据）。 3、这些数据能用吗？（数据的质量与链特异性检测）。 4、STAR分析转录组的流程。 5、相关Linux批量处理数据命令介绍。 6、DEseq2统计分析差异基因。 7、测序数据怎样进行GSEA分析。 8、热图与火山图，GO与KEGG的可视化。
很早之前就发现了这个教程（Top 50 ggplot2 Visualizations - The Master List (With Full R Code)），自己作图的时候经常会参考这个教程中的例子，接下来的这段时间自己争取每天都重复其中的一个例子。如果你也想学习R语言ggplot2绘图，欢迎和我一起重复这篇教程中的50幅美图。相信我们在坚持重复完这50个教程之后，我们的R语言技能可以得到显著提升。如果你在重复这些教程中，欢迎添加我的微信，我们可以一起讨论在重复过程中遇到的问题。
有感而发，这里简单的整理了一下我们《生信技能树》团队七八年的资源的十分之一推荐给大家。
上一节课我们熟悉了R语言中的各种数据类型，帮大家复习一下，这些数据类型包括了向量（vector）、矩阵（matrix）、数组（array）、数据框（data.frame）和列表（list），还提到了因子（factor）。这些数据类型在我们运用R语言解决实际问题的时候都非常有用，在上节的例子中我们是在R里面直接生成的数据，但是实际数据分析中，如何快速灵活的读取和处理多种格式的外部数据呢？这节课的主要内容，我们就来讲讲R语言中数据的读取。
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