snakemake PICARD合并bam文件
SnakeMake是一个用于管理和自动化数据分析工作流程的Python工具。它可以帮助开发人员和研究人员有效地组织和运行复杂的数据分析流程。
在云计算领域，SnakeMake可以与云原生技术结合使用，以实现可扩展性和高可用性的数据分析工作流程。通过将SnakeMake工作流程部署到云平台上，可以根据需求自动扩展计算资源，并在任务完成后自动释放资源，从而提高效率和节约成本。
PICARD是一个用于处理和分析基因组数据的开源工具包。它包含了许多有用的功能和算法，例如合并BAM文件。
BAM文件是存储测序数据的一种常见格式。合并BAM文件是将多个BAM文件合并成一个更大的BAM文件，以便进行后续的数据分析和处理。这在基因组研究和生物信息学中非常常见。
PICARD的合并BAM文件功能可以通过以下命令行操作实现：
picard MergeSamFiles \
I=input1.bam \
I=input2.bam \
O=output.bam其中，input1.bam和input2.bam是要合并的BAM文件，output.bam是合并后的输出文件。
合并BAM文件的优势在于可以将来自不同样本或条件的数据整合到一个文件中，方便后续的统计分析和比较。这样可以节省存储空间并提高数据处理的效率。
在腾讯云中，可以使用云服务器（ECS）来运行SnakeMake和PICARD，云数据库（CDB）来存储和管理数据，云存储（COS）来存储和传输文件，云函数（SCF）来实现自动化任务触发等。
具体推荐的腾讯云相关产品和产品介绍链接地址如下：
通过使用这些腾讯云产品，您可以灵活而高效地构建和管理基于SnakeMake和PICARD的数据分析工作流程，并获得可靠的云计算支持。
相关·内容
我有一个奇怪的Snakemake规则，我想创建Snakemake文档没有描述的规则。我有规则picard_dupes，它产生三个输出、度量、bai和bai文件。但是，与通过输出创建的bai和度量不同，bai是在不包含在输出中的CREATE_INDEX中创建的。创建一个.bai而不是bam.bai文件。在规则中，picard_bai将此文件重命名为可在以后的规则中识别。但是，我收到了一个错误:丢失了规则picard_bai的输入文件。这告诉我的Snakemake正在尝试在picard_bai之前执行picard_dup。我如何才能让它工作在我的bai是输出，而不是在输出移动到下一个规则输入？
r
浏览 4提问于2022-05-02得票数 0
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我创建了这样的规则：
rule picard_addRG2:
input:
"mapped_reads/merged_samples/{sample}.dedup.bam"
output:
"mapped_reads/merged_samples/{sample}_rg.dedup.bam"
params:
sample_idi = config['samples'],
library = "library00"
shell:
浏览 0提问于2017-09-19得票数 0
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我有十个目录，每个目录大约有10-12个bam文件。我需要使用picard包将它们合并在一起，我想找到一种方法来做得更好。
basic command:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
I=input_1.bam \
I=input_2.bam \
O=merged_files.bam
directory 1:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
I=input_16.bam \
I=input_28.bam \
I=input_81.bam \
I=input_34.bam \
浏览 64提问于2017-12-22得票数 0
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我正在尝试把一些规则结合起来。rule1自动创建{sample}_unmapped.bam文件，从library_params.txt文件中获取信息，我不能将其指定为输出作为程序输出本身，但需要在rule2中使用。是否有办法让程序参加rule1以完成，然后使用来自rule1的输出运行rule2？因为它现在给我的错误是：{sample}_unmapped.bam file is missing。
rule rule1:
input:
basecalls_dir="/RUN1/Data/Intensities/BaseCalls/",
bar
浏览 6提问于2022-12-02得票数 1
1回答
我是新手使用snakemake，我有一个问题，当使用PICARD MergeSamFiles合并bam文件为一个bam文件。我想将1_sorted.bam 2_sorted.bam ...10_sorted.bam合并为一个带有目录名的bam文件。 import snakemake.io
import os.path
PICARD="/data/src/picard.jar"
(SAMPLES,)=glob_wildcards("bam/{sample}_sorted.bam")
NAME=os.path.dirname
def bam_inputs(w
浏览 29提问于2019-05-24得票数 1
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1回答
我正在运行这个新规则，在第一个shell命令中调用tin.py。此文件写入当前目录，这很好。在创建这些文件时，我希望将它们移动到一个名为rnaseqc的新文件夹中。然而，只有其中一些是，其余的错误。错误是一个集合-euo管道故障。我做错了什么？是什么让这更好？
rule tin:
"""
Quality-control step to infer RNA integrity at the transcript level.
TINs (transcript integrity numbers) are calculated for all can
浏览 13提问于2022-05-03得票数 1
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我试图使用snakemake将vcf文件合并在一起，但得到的错误如下：
Building DAG of jobs...
MissingInputException in line 21 of
Missing input files for rule all:
outputs/****.g.vcf.gz
目标是在不同的染色体上调用变异体，然后将它们合并在一起。似乎示例通配符没有通过我的lambda函数传播。我尝试过几个不同的迭代，但都没能破解它。我确信代码的其余部分是可以的，因为当我删除合并函数并调用所有染色体的变体时，该文件工作正常。
任何帮助都将不胜感激。
import glob
co
浏览 1提问于2018-11-15得票数 1
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我试着用snakemake来绘制地图，并将来自多条车道的一些数据合并。我有一些问题。我想做的是：
*.gz> 432_L001.sam，432_L002.sam > 432_L001.sorted.bam,432_L002.sorted.bam> 432.bam
因此，从fastq的单位开始，创建一个带有示例密钥名称的unic bamfile。
config.yaml
samples:
"432": ["432_L001", "432_L002"]
"433": ["433_LOO
浏览 4提问于2017-08-01得票数 1
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我有大量不同的bam文件要处理，下面是我的sbatch文件：
#! /bin/bash
#
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=2
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
#SBATCH --output=output.%j.out
#SBATCH --error=output.%j.err
srun picard.sh
我的意思是使用threads=2运行
我的picard.sh文件：
#!/bin/bash
module load picard-tools/2.4.1-gcb
浏览 0提问于2020-07-01得票数 2
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我在不同的文件夹中有几个同名的文件。我想并行地对它们执行我的bash脚本。是否可以将它们放在单独的.txt文件或相同的bash脚本中并执行？
all.tab文件
path/to/set1/my.bam
path/to/set2/my.bam
path/to/set3/my.bam
还有一场狂欢
#!/usr/bin/env bash
#$ -q cluster_name
#$ -cwd
#$ -N job_name
#$ -e /path/to/log
#$ -o /path/to/log
#$ -l job_mem=16G
#$ -pe serial 4
PICARD="path/
浏览 0提问于2016-11-24得票数 1
如果文件夹名称的匹配部分匹配，则无法计算如何将文件移动到文件夹中。
例如，如果我有4个文件，下面的bash将使用特定的文件扩展名并为以下文件创建一个文件夹：
Bash
for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-19-2016/*.bam
do
[ -d "$f" ] && continue
base=${f%.*}
mkdir -p "$base"
mv "$f" "$base/"
done
在运行bash之前：
IonXpress_001.bam
I
浏览 2提问于2016-03-07得票数 2
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我已经绞尽脑汁去做一些对比我更有Perl编程经验的人来说可能更容易的事情。
我有下面的代码。
use strict;
use warnings;
my @lines = do {
open my $in_fh, '<', 'input.txt' or die qq{Unable to open "input.txt" for input: $!};
<$in_fh>;
};
chomp @lines;
my $re = join '|', @lines;
my @files = grep /^(?:$
浏览 1提问于2015-04-06得票数 0
我有几个BAM文件在不同的目录中，我想合并。在我的config.yaml文件中，我指示要合并的文件的路径：
var:
var1: [ "/DATA/utent3/DATI/var/var1/leaf/trimmed/leaf_var1_ref1.bam", "/DATA/utent3/DATI/var/var1/stem/trimmed/stem_var1_ref1.bam", "/DATA/utent3/DATI/var/var1/flower/trimmed/flower_var1_ref1.bam" ]
....
var9: [
浏览 9提问于2019-12-04得票数 0
我遵循Snakemake最佳实践创建了一个工作流，其中不同的步骤激活了不同的Conda环境。例如，收集统计数据的规则：
rule per_samp_stats:
input:
ref_path='/labs/jandr/walter/tb/data/refs/{ref}.fa',
bam='results/{batch}/{samp}/bams/{samp}_{mapper}_{ref}_sorted.bam'
log:
'results/{batch}/{samp}/stats/{samp}_{mapper}_{ref
浏览 21提问于2022-07-18得票数 1
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我正在尝试从一些公共S3桶下载几十个大型文件(每个文件10-25GB)。我是在HPC集群的上下文中这样做的，该集群的用户存储配额有限。通常，我有我的Snakemake管道在我的用户目录下，但包括一个符号链接文件夹(data)的大型文件。
我试图运行如下内容：
from snakemake.remote.S3 import RemoteProvider as S3RemoteProvider
S3 = S3RemoteProvider()
rule all:
input:
"data/bam/3_month/10X_P4_0.bam",
"da
浏览 3提问于2019-12-21得票数 2
我是Snakemake的新手，我正在尝试开发一些管道。我在使用通配符时遇到了一些问题，试图尽可能地自动化我的生物信息学分析。当管道变得更加复杂时，我遇到了麻烦(如下所示)。看起来Snakemake没有正确解析通配符。在Snakefile的预演期间，通配符的值在某些规则的执行中看起来是正确的。但是，相同的通配符会在管道的不同步骤(规则)中导致错误，我无法找出原因。下面我提供了演练的代码和输出消息。 num=["327905-LR-41624_normal","327907-LR-41624_tumor"]
num_normal=["327905-LR-4
浏览 45提问于2019-04-08得票数 0
我遇到了一种情况，即snakemake正在重新运行已经运行的规则，尽管来自这些规则的输出仍然存在。我是在“规则所有”中指定所有想要的输出文件。我运行管道时，我拥有来自“规则B”的所有期望输出，并且希望重新启动管道，只运行规则A，但是snakemake重新运行“规则B"，即使”规则B“的所有输出都已经存在。这不是我所期望的snakemake的行为，它只应该重新运行到达目标所需的规则(在规则all中指定)。
当我在模拟模式下运行snakemake时，这是输出的末尾。
作业计数:计数作业1 count\_matrix 27 picard\_fastq2sam
浏览 3提问于2021-03-28得票数 0
如何编写bash脚本，该脚本遍历parent_directory中的每个目录并对特定文件执行命令。
目录结构如下：
Parent_dir/
dir1/
acc.bam
dir2/
acc.bam
dir3/
acc.bam
... around 30 directories
这是我想要使用的命令：
java8 -jar /picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/refFlathuman.refflat STRAND_SPECIFICITY=NONE I=acc.bam O=output
浏览 0提问于2016-04-13得票数 7
在我的三个子文件夹中有许多名为tst.bam的对象-- folder1、folder2、folder3。我希望合并每个子文件夹中的bam文件，并将合并的bam文件命名为子文件夹名(folder1.bam，folder2.bam，folder3.bam)。
合并多个bam文件的命令是
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
I=input_1.bam \
I=input_2.bam \
O=merged_files.bam
bam.dir<- c("folder1","folder2",
浏览 2提问于2016-05-14得票数 1
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2回答
我试图将BMA文件转换为FASTQ格式，使用picard.jar。这是我的命令：
java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq
不过，我收到了以下错误消息：
错误:未识别选项:i
我完全糊涂了，有什么想法吗？
浏览 2提问于2016-07-21得票数 0
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我有一个包含多个子文件夹的文件夹，每个文件夹都包含.fastq文件，我想要对齐一个基因组。我正试图为它创建一个snakemake工作流。首先，我使用通配符访问每个子目录及其中的文件。然后使用展开函数存储文件的所有路径，并编写规则将文件映射到基因组。守则如下：
from snakemake.io import glob_wildcards, expand
import sys
import os
directories, files = glob_wildcards("data/samples/{dir}/{file}.fastq")
p
浏览 2提问于2017-09-26得票数 0
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2回答
多处理和多线程
、、、
我之前问过一个类似的问题，但没有得到任何有用的回答，所以我会试着把事情说得更清楚。
我正在寻找的是对某个linux命令运行多线程或更好的多处理方法。如果有人熟悉，我想在bam文件上运行一个较早的版本，同时在同一个bam文件上运行一个较新的版本。这个想法是为了测试新版本的速度有多快，以及它是否给出了相同的结果。
我的主要问题是我不知道如何在Popen命令上实现多处理。例如。
cmd1 = ['nice', 'time', 'java', '-Xmx6G', '-jar', '/comparison/old_p
浏览 0提问于2012-02-28得票数 5
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对于Snakemake工作流，我需要在许多BAM文件中操作标记，并希望通过脚本(using the Snakemake script: directive)来处理这些标记。我的具体方法是使用pysam stream processing。 infile = pysam.AlignmentFile("-", "rb")
outfile = pysam.AlignmentFile("-", "wb", template=infile)
for s in infile:
(flowcell, lane) = s.query_
浏览 26提问于2019-01-16得票数 2
1回答
我希望使用以下命令行在文件夹中创建一个BAM文件列表：
ls *.bam > bam_list
但是，我想把它整合到snakemake中。怎么做？这是我试过的，但没有用：
rule bam_list:
input:
inlist ="dup/{sample}.bam"
output:
outlist = "dup/bam_list"
shell:
"""
ls {input.inlist} > {output.outlist}
浏览 6提问于2020-10-20得票数 0
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我试图在服务器上运行snakemake，我的smk文件是这样一个：
import pandas as pd
configfile: 'config.yaml'
#Read sample to batch dataframe mapping batch to sample (here with zip)
sample_to_batch = pd.read_csv("/mnt/DataArray1/users/zisis/STAR_mapping/snakemake_STAR_index/all_samples_test.csv", sep = '\t&
浏览 5提问于2022-02-11得票数 1
我目前正在运行一个snakemake检查点，即使在命令正确完成之后，它似乎也会抛出一个非零退出代码，并且不确定如何解决这个问题。 下面脚本的目的是解析坐标文件bed_file，从bam文件rna_file中提取所有区域，并最终组装这些区域。代码如下，我的snakemake版本是5.6.0。 #Pull coordinates from a BAM file, and use the command samtools view to extract the corresponding #data, naming the output as the coordinate file, here n
浏览 32提问于2019-10-01得票数 1
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1回答
我目前正在做一个项目，涉及到我使用snakemake运行svaba，一个不同的调用者，对基因组数据。svaba运行可以接受多个示例文件，但需要在每个文件前面设置一个标志。
例如：svaba -g.... -t s1.bam -t s2.bam -t s3.bam
我该怎么做才能在Snakemake设置这个呢？下面是一些模拟代码。可能有这样的语法错误，但想法是存在的。
SAMPLES = ['1', '2', '3', '4']
rule svaba_run:
input:
ref="referenc
浏览 4提问于2022-06-22得票数 0
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1回答
我有一个如下所示的输入文件。当我创建通配符时，我得到一个错误，即找不到这些文件，因为它们有特定的组合。 bob_78/clip/bob_78.hjckl87.dup.srt.bam
bob_79/clip/bob_79.hjckl87.dup.srt.bam
bob_80/clip/bob_80.hjpolxf.dup.srt.bam
bob_81/clip/bob_81.hjpolxf.dup.srt.bam
bob_82/clip/bob_82.hgfhj29.dup.srt.bam 如何为这些文件创建一个通配符？ SAMPLE=["bob_78","bob_79
浏览 16提问于2021-04-16得票数 1
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1回答
我尝试在picard中执行几个不同的命令(当前是AddOrReplaceReadGroups，参见下面)，但是得到了错误：“无法访问jarfile”。我已经尝试过解决这个看似常见的问题的所有解决方案，但似乎无法解决这个问题。我在conda虚拟环境中的bash ( linux服务器上)中工作；picard安装在这个虚拟环境的bin中，并且在激活环境时运行代码。
我尝试在安装picard的同一个目录中运行代码。我添加了将picard保存到path的目录：export PATH=/home/scarvey/miniconda3/envs/stacks_venv/bin:$PATH。我将picard保
浏览 13提问于2022-10-03得票数 -1
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为了在PC上节省空间，我在snakemake中使用了temp()函数。这将消除{sample}.dup.bam目录中的所有文件，而不是目录本身。如何改进这一点？
rule all:
input:
expand("dup/{sample}.dup.bam", sample=SAMPLES),
"dup/bam_list"
rule samtools_markdup:
input:
sortbam ="rg/{sample}.rg.bam"
output:
d
浏览 3提问于2020-10-21得票数 0
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我有一组BAM文件，这些文件是用BWA-MEM生成的，并使用GATK、IndelRealigner等进行了进一步的处理。为了加快处理速度，我正在用较小的块对BAM文件进行预处理。但是，我必须将这些单独的文件合并到一个BAM文件中，然后再进行变体调用，这是我的Snakemake管道的一个主要问题。
我的输入文件遵循这种命名约定。
# Sample 1 BAM files
OVCA-1-FRESH-1_S16_L001_realigned.bam
OVCA-1-FRESH-1_S16_L002_realigned.bam
OVCA-1-FRESH-1_S16_L003_realigned.bam
浏览 1提问于2018-08-15得票数 2
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我有一个文件，每个输入都有前缀，我的文件是snakemake规则： > "PB0206,SRR10694951,PB0216,SRR10694963"
> "PB0212,PB0202"
> "PB0199,PB0205"
> "PB0215,PB0219"
> "PB0197,PB0211"
> "PB0204,SRR10694964,PB0214"
> "PB0210,SRR10694969,PB0209,SRR10694950"
浏览 55提问于2021-08-05得票数 0
我现在的情况是，我想把我的工作流程分散到一个可变的块中，这一点我事先不知道。也许用具体的方法来解释这个问题是最容易的：
有人给了我使用bcl2fastq和no-lane-splitting选项分解的FASTQ文件。我想分裂这些文件按照车道，地图每条线，然后最后收集所有的东西。不过，我事先不知道有多少车道。
理想情况下，我想要这样的解决方案，
rule split_fastq_file: (...) # results in N FASTQ files
rule map_fastq_file: (...) # do this N times
rule merge_bam_files: (..
浏览 4提问于2020-03-21得票数 4
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我正在尝试从bam文件中提取一些FastQ文件。Picard可以使用SamToFastq做到这一点，正如它在该工具的文档中所说的那样，它可以接受bam或sam文件。
但当我运行它时，它只提取一次读取，然后退出。以下是错误消息。任何帮助都是非常感谢的。
[davy@xxxx picard-tools-1.70]$ java -jar SamToFastq.jar I=/home/davy/xxx_trio_data/xxxx-1.bam F=/home/davy/xxx_trio_data/1005-1.fastq
[Wed Jun 20 14:14:21 BST 2012] net.sf.pi
浏览 20提问于2012-06-20得票数 0
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在运行snakemake文档中的CWL支持示例时：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/modularization.html#common-workflow-language-cwl-support 我得到了以下错误输出， (snakemake) pedro@Gen83-ubuntu:~/projects/sandbox/cwl-test$ snakemake -j12 "mapped/foo.sorted.bam"
Building DAG of jobs...
Using shell: /bin/ba
浏览 17提问于2021-10-20得票数 0
我对Snakemake比较陌生，我在弄清楚如何计算每条规则中的工作数量时遇到了一些麻烦。下面是我使用的蛇形文件
rule test:
input:
files = expand("{file}", file=glob.glob("/home/MyData/input/*.csv"))
output:
out = expand("{file}", file=glob.glob("/home/MyData/output/*.csv"))
run:
with ope
浏览 3提问于2020-06-22得票数 0
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我不知道如何使用Snakemake规则来删除已经变得无用的Snakemake输出文件。
具体来说，我有一个创建名为{sample}.sam的文件的规则bwa_mem_sam。我还有另一个规则，bwa_mem_bam，它创建一个名为{sample.bam}的文件。
如果这两个文件包含不同格式的相同信息，我想删除第一个无法成功完成此操作的文件。
任何帮助都将不胜感激。本。
rule bwa_mem_map:
input:
sam="{sample}.sam",
bam="{sample}.bam"
shell:
浏览 2提问于2016-12-06得票数 3
1回答
我不知道该怎么回答这个问题，但基本上我一直在使用shell脚本来处理sam数据。这是shell脚本。
nano picard_SortandIndex_from_sam.sh
for A in *sam; do ls $A; picard SortSam I=$A O=$A".bam" SO=coordinate CREATE_INDEX=TRUE; done
这是我运行的命令，其中只有一个.out文件用于处理所有sam文件。
nohup sh picard_SortandIndex_from_sam.sh > picard_SortandIndex_from_sam
浏览 0提问于2021-09-08得票数 0
我正在运行带有--use-conda选项的Snakemake。Snakemake成功创建了环境，其中应该包含pysam。我可以手动激活这个创建的环境，并在其中运行我的脚本split_strands.py，它导入了模块pysam，没有任何问题。但是，在运行Snakemake管道时，我得到了以下错误日志： Activating conda environment: /projects/ps-yeolab3/ekofman/sc_STAMP_pipeline/STAMP/workflow/.snakemake/conda/7c375b6b
/projects/ps-yeolab3/ekofman/
浏览 39提问于2021-03-30得票数 1
回答已采纳
1回答
我想用snakemake一个接一个地运行多个规则。但是，当我运行这个脚本时，bam_list规则出现在samtools_markdup规则之前，并给出了一个错误，它无法找到输入文件，这些文件显然还没有生成。如何解决这个问题？
rule all:
input:
expand("dup/{sample}.dup.bam", sample=SAMPLES)
"dup/bam_list"
rule samtools_markdup:
input:
sortbam ="rg/{sample}.rg
浏览 3提问于2020-10-20得票数 0
回答已采纳
我的问题类似于这个：
我在shell中尝试了dariober的要点答案"if- else“，但是输出空文件或文件夹的else语句总是会被snakemake删除，并且snakemake会报告错误(我甚至为每个shell命令添加了"|| true”，以防止非零退出代码，但仍然没有帮助)。如果我在snakemake之外运行if-else shell，将会生成文件和文件夹。
然后，我尝试在"run“部分编写python脚本，而不是shell，类似于：
rule G_move_7:
input:
passORnot_file = '{sample
浏览 0提问于2020-09-11得票数 0
我正在尝试一个SnakeMake管道，我遇到了一个我真的不明白的错误。
我有一个目录(raw_data)，其中有输入文件：
ll /home/nico/labo/etudes/Optimal/data/raw_data
total 41M
drwxrwxr-x 2 nico nico 4,0K mars 6 16:09 ./
drwxrwxr-x 11 nico nico 4,0K mars 6 16:14 ../
-rw-rw-r-- 1 nico nico 15M févr. 27 12:21 sampleA_R1.fastq.gz
-rw-rw-r-- 1 nico ni
浏览 9提问于2017-03-06得票数 2
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我一直在尝试将我在谷歌云上的fastq文件转换成uBAM文件，但到目前为止还没有成功。下面是我使用的代码：
dsub \
--project projectID \
--zones "us-central1-*" \
--logging gs://bucket/logging \
--image broadinstitute/picard \
--command 'java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam FASTQ=gs://bucket/S_1.fq FASTQ2=gs://bucket/S_2.fq OUTPUT=gs://bu
浏览 11提问于2018-06-10得票数 0
我有一个包含以下文件内容的文件夹：
ls bams-lab/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam
bams-lab/OZBenth2_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam
...
bams-lab/OZBenth7_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam
我尝试用下面的bash脚本创建一个文件列表
#!/bin/bash
# usage: sh merge_sam_pbs.sh /path/to/*.name-sorted.fix
浏览 0提问于2019-04-15得票数 0
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1回答
我想使用subprocess.run()循环文件，如下所示：
import os
import subprocess
path = os.chdir("/test")
files = []
for file in os.listdir(path):
if file.endswith(".bam"):
files.append(file)
for file in files:
process = subprocess.run("java -jar picard.jar CollectHsMetrics I=file&
浏览 0提问于2019-05-24得票数 0
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我有一个Snakemake工作流，其中一个顶级配置条目是一个可变大小的数组(在这个特定的示例中，兄弟可能包含在分析中，也可能不包含)。目前，我正在使用以下配置文件。
{
"case": "/scratch/standage/12175/BAMs/12175.proband.bam",
"controls": [
"/scratch/standage/12175/BAMs/12175.mother.bam",
"/scratch/standage/12175/BAMs/1217
浏览 3提问于2018-11-28得票数 2
1回答
我正致力于在snakemake中实现一个非常简单的管道，希望用一个内聚的Snakefile来替换一系列烦人的bash脚本。
我在编写一个规则时遇到了困难，该规则将文件分割成更小的部分(使用GNU拆分)，然后导致第二个规则，其中的输出被连接在一起。
我不知道如何在concat步骤中为输入编写什么，因为我不知道如何定义所有适合模式bam_files/test*的文件。我试过用glob，但这显然是行不通的(看起来它实际上是跳过了所有的分裂，其中包括了glob )。有什么更好的办法让我这么做吗？
# test snakemake pipeline
import glob
SAMPLE_IDS =
浏览 1提问于2018-10-01得票数 1
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我正在尝试将现有管道中的脚本绑定到我的snakemake管道中。我用奇点设置了码头管道，它可以工作。例如,
singularity exec docker://mypipeline some_command.sh file.bam out_file.bam
当我在命令行上交互地运行它时，它就完美地工作了。类似地，当我将完全相同的命令合并到我的Snakefile中时，它也能工作：
rule myrule:
input:
"file.bam"
output:
"out_file.
浏览 5提问于2020-05-17得票数 0
我正在尝试使用java脚本/软件，它是通过执行以下操作来运行的： java -jar picard.jar MergeSamFiles \
I=input_1.bam \
I=input_2.bam \
O=output_merged_files.bam 其中I=表示程序的输入。我有一个文本文件，其中包含我想要输入到此程序中的输入，例如： arg1
arg2
arg3
... 其中每一行都被转换为I=arg1 I=arg2 I=arg3 ...。在bash中有什么简单的方法可以做到这一点吗？
浏览 21提问于2021-02-11得票数 0
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