snakemake是处理输出中介工作流的合适工具吗？
提问于 2017-10-18 23:17:50
为了减少工作流的小细节，我刚开始试用snakemake (上周左右)，之前我已经通过python编写了自己的特定工作流。
我生成了一个小工作流，在这些步骤中将使用Illumina读取并运行Kraken来对付它们。然后，我将解析Kraken输出的输出，以检测未提供物种值的最常见物种(在一组允许的范围内)(与snakemake -s test.snake -config R1_reads= R2_reads= R2_reads==‘一起运行)。
我有两个问题。
- 考虑到动态输出/输入，推荐的方法是什么？
目前，我的策略是创建一个包含检测到的物种的临时文件，然后将其cat {input.species}到其他shell命令中。这看起来不太优雅，但仔细看一看文档，我就找不到合适的替代方法了。我注意到PersistentDicts允许我在run:命令之间传递变量，但我不确定是否可以使用它将变量加载到shell:节中。我还注意到，wrappers可以让我处理它，但是从我需要这个变量的角度来看，我将包装我工作流程的其余部分。
- 如果我想在之后使用该物种来运行特定于该物种的一组脚本(具有多个物种特定的工作流)，那么snakemake是正确的工具吗？
现在，我对如何解决这个问题的印象是，有多个工作流文件为物种，并有一个运行开关，它调用相关物种的工作流依赖于物种。
感谢你对这些问题的洞察力。
-Kim
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2017-10-20 00:20:35
您可以将输出标记为动态(例如，期望每个物种有一个文件)。然后，在生成这些文件之后，Snakemake将确定作业的下游DAG。请参阅http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#dynamic-files
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