ggplot2| 绘制KEGG气泡图

对生信分析中得到的一些基因,进行KEGG富集分析,达到对基因进行注释和分类的目的。

本文利用R语言的ggplot2包,从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。

一 载入数据集和R包

library(ggplot2)
pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE)
head(pathway)

不同软件得到的KEGG结果的列名称可能不一致,但是这几列几乎都会有。

二 绘制KEGG气泡图

2.1初始化数据并绘制散点图

ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +
geom_point()

可在以下几个方面进行优化:

A:标题,横纵坐标轴;

B:按照通路上基因的多少定义点的大小;

C:根据P值定义点的颜色;

2.2 修改点的大小

#按照Gene个数定义点的大小
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +
geom_point() +
geom_point(aes(size=Gene))

2.3 修改点的颜色

#定义连续型的配色
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+
geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+
scale_color_gradient(low="green",high = "red")

三 汇总展示

ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+
geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+
scale_color_gradient(low="green",high = "red")+ #
labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene",  ##expression函数定义函数样式 []添加下标,^添加上标
x="Pvalue",      ##自定义标轴
y="Pathway name",
title="Pathway enrichment")+ ##自定义坐标轴

四 参考资料

ggplot2:数据分析与图形艺术

好了,更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。

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