转录组de novo组装软件-Trinity极简指南

由于Trinity很常用，这边以最简单的形式回顾总结一下Trinity的安装使用。

一、 Trinity简介

Trinity，Broad institute开发的组装软件，2011年发表在Nature Biotechnology上，共有三大模块，分别是 Inchworm(Unique序列组装)、Chrysalis(DBG图聚类)和Butterfly（全长转录组组装）。

详细介绍请见：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki

Broad Institute 介绍视频：https://www.broadinstitute.org/broade/trinity-screencast

官方FAQ： https://groups.google.com/forum/#!forum/trinityrnaseq-users和https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/issues

NBT和NPROT文章请见：https://www.nature.com/articles/nbt.1883和https://www.nature.com/articles/nprot.2013.084

二、 Trinity的安装和使用

1、下载：

wgethttps://codeload.github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/zip/master

2、安装：

make

3、使用：

/SOFT_PATH/Trinity--seqType fq --JM 100G --left $left --right $right --CPU 30

##--seqType 输入序列类型

##--JM jellyfish使用多少G内存进行Kmer计算

##--left $left 左端序列，一般是l1.fq或者用英文逗号分隔l1.fq,l2.fq,l3.fq

##--right $right 右端序列，一般是r1.fq 或者用英文逗号分隔 r1.fq,r2.fq,r3,fq

##--CPU 线程数

4、查看结果：

/SOFT_PATH/util/TrinityStats.pl Trinity.fasta

可以查看一些拼接出的基因、转录本总数以及一些拼接指标等。

5、常见报错，请参考：