由于Trinity很常用,这边以最简单的形式回顾总结一下Trinity的安装使用。
一、 Trinity简介
Trinity,Broad institute开发的组装软件,2011年发表在Nature Biotechnology上,共有三大模块,分别是 Inchworm(Unique序列组装)、Chrysalis(DBG图聚类)和Butterfly(全长转录组组装)。
详细介绍请见:https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki
Broad Institute 介绍视频:https://www.broadinstitute.org/broade/trinity-screencast
官方FAQ: https://groups.google.com/forum/#!forum/trinityrnaseq-users和https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/issues
NBT和NPROT文章请见:https://www.nature.com/articles/nbt.1883和https://www.nature.com/articles/nprot.2013.084
二、 Trinity的安装和使用
1、下载:
wgethttps://codeload.github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/zip/master
2、安装:
make
3、使用:
/SOFT_PATH/Trinity--seqType fq --JM 100G --left $left --right $right --CPU 30
##--seqType 输入序列类型
##--JM jellyfish使用多少G内存进行Kmer计算
##--left $left 左端序列,一般是l1.fq或者用英文逗号分隔l1.fq,l2.fq,l3.fq
##--right $right 右端序列,一般是r1.fq 或者用英文逗号分隔 r1.fq,r2.fq,r3,fq
##--CPU 线程数
4、查看结果:
/SOFT_PATH/util/TrinityStats.pl Trinity.fasta
可以查看一些拼接出的基因、转录本总数以及一些拼接指标等。
5、常见报错,请参考:
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