类BLAST 比对工具-BLAT极简指南

一、BLAT介绍

Blat，全称 The BLAST-Like Alignment Tool，可以称为"类BLAST 比对工具"，由 W.James Kent 于 2002 年开发。

相对于BLAST，BLAT的竞争力源于两个特点，

1、可以将呈多个同源区域连接成单个更大比对结果，而BLAST则只能输出单个匹配结果，更有利定位mRNA、cDNA以及EST等特定序列在参考基因组中的位置。

2、速度快，BLAT建立参考基因组的索引是建在内存中，而BLAST 的索引是建在文件中。

二、下载安装

下载地址：https://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc35.zip

解压：unzip blatSrc35.zip

查看服务器操作系统：uname -a # 含有x86_64则是64位， 含有i386则是32位

设置服务器类型： export MACHTYPE=x86_64

建立安装目录：mkdir ~/bin/x86_64

进入软件目录安装： cd blatSrc && make

添加环境变量： echo "export PATH=$PATH:~/bin/x86_64" >> ~/.bashrc #添加到随系统启动读取目录下的文件中即可

三、使用

基本命令： blat database query -t=type -q=type [-ooc=11.ooc] output.psl

# database 参考基因组序列，需要fasta格式

# query 输入序列，需要fasta格式

# -t=type -q=type 参考基因组序列类型，常用两种类型，DNA或Protein，其他相对用的少

# -ooc=11.ooc 这个参数一般不用，用了这个效果是速度提升，准确度下降，具体请参考https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat1 中的“Using the -ooc flag”小节

# output.psl 输出文件，以制表符分隔，非常清晰的共线性结果，如果有疑问，具体内容请参考 https://asia.ensembl.org/info/website/upload/psl.html

补充：更详细的参数描述，请参考http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html

参考资料：

https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat1

http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html

https://en.wikipedia.org/wiki/BLAT_(bioinformatics)#BLAT_vs._BLAST

https://asia.ensembl.org/info/website/upload/psl.html