蛋白和小分子相互寻觅不发愁，Binding Database带你实现虚拟筛选

Binding database数据库是一个可公开访问的主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据库，目的是使研究者更容易通过网络获取相关分子的非共价结合数据，从而促进药物研发和结合预测模型的构建。BindingDB的数据来自PDB相关文献报道数据、专利信息、PubChem BioAssays数据和ChEMBL记录数据。亲和力数据来自多种测量技术，包括酶抑制活性和酶动力学、等温滴定量热法（isothermal titration calorimetry，ITC）、核磁共振（NMR）以及放射性配体竞争测定法等，数据的类型包括Ki、IC50、Kd、EC50等。BindingDB同时提供通路信息、化合物ZINC编号以及其他信息。

网址：http://bindingdb.org/bind/index.jsp

Download界面：

支持各类数据的下载，但必须说明大部分是sdf文件哦，那么功能界面在哪里呢？OK，看上面左侧哈，就是左侧的界面窗口。比如我们点击一下pathway，就会出现下面界面，很明显它连接的是Reactome数据库，不是kegg哦

下面这张关于Target界面大家可以自己点进去看一下，这里我主要对于一些名词进行解释。

ki：药物分子对蛋白酶抑制作用的抑制常数，一般数值越小，抑制作用越强。

Kd：解离速率常数，用于评估RL（受体配体复合物）逆向解离形成R（受体）和L（配体）速率快慢的常数，RL解离形成R和L的逆反应速度V=[R]f*[L]f*Koff。

IC50：指被测量的拮抗剂的半抑制浓度。 它能指示某一药物或者物质(抑制剂)在抑制某些生物程序(或者是包含在此程序中的某些物质，比如酶，细胞受体或是微生物)的半量。

EC50:半最大效应浓度（concentration for 50% of maximal effect,EC50）是指能引起50%最大效应的浓度。 EC50是药物安全性指标。 其含义是：引起50%个体有效的药物浓度。

δG是吉布斯自由能变化，能量越低越稳定。

之所以会给大家推荐这个数据库，就是基于它的Special tools 包括根据化合物找靶点，根据靶点找化合物，虚拟筛选，药物设计等。

第一步

点击：Find My Compounds Targets，出现下面界面，点击红色箭头所指，打开我们的sdf文件。当然我们也可以在SMILE里面键入：（小檗碱）COC1=C(C2=C[N+]3=C(C=C2C=C1)C4=CC5=C(C=C4CC3)OCO5)OC

来自于网址：

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/2353#section=InChI

第二步

点击go

出现下面界面：就得到它的靶点信息。

第三步

根据靶点找化合物，点击 Find compounds for my target，比如我们找的是STAT3蛋白，然后我们点击Addsearch criterion选择Uniprotkb，第一个框点击clear search criterion然后输入

第四步

找它的UniProtKB代号P40763

网址：

https://www.uniprot.org/uniprot/P40763#sequences，放入到UniProtKb Accession里面，点击run search 就出现下面的界面了，一共找到416个配体化合物。

这节讲解该数据库我们只讲了两个special tools还有一些基本的使用，应该算是带着大家入门该数据库的操作了，划重点啦：关于其另外两个special tools 我们约定下周再说，哈哈，下周见啦。