如何从信号通路、疾病查询microRNA和靶基因?

最近有好几位朋友咨询几个问题:

1. 我想找某一条信号通路有关的microRNA,该怎么实现?

2. 我想找某个疾病有关的microRNA,该怎么实现?

3. 我想把microRNA、靶基因、通路和疾病进行联合分析,并做一张网路图该怎么做?

关于第一个问题,这里我们介绍一个网站mirWalk,一次性实现上述两个功能。这是一个德国的网站,所以可能会比较慢。

说明:这里展示的是2.0版本,其实还有1.0版本,2.0版本在1.0版本上更新以后难用了很多,有的选项常常刷不出来。所以我们下面通过1.0版本来展示:

1.0版本网址:http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

我们看到有Predicted(预测)和Validated(验证)两种模式,我们选择预测模式:

在弹出界面中选择物种是

human,信号通路是KEGG数据库中的Wnt 通路(这里除了KEGG数据库外,还有Biocarta数据库的),所有转录本的3'UTR区:

最后选择Search提交,显示结果如下:

这个表格里面显示的是不全的,我们单击箭头处的Download Table下载后用excel打开:

这个表格非常大,一共有4929行,包括了预测的Wnt通路中的microRNA和靶基因的信息。到这里,从通路找microRNA和靶基因的这一步就完成了,第一个问题已经解决。

关于第二个问题,从疾病出发找microRNA,我们可以通过mirwalk中验证模式下检索:

选取疾病:

结果就有了:

我们下面换另外一个数据库:HMDD:人microRNA和疾病数据库。

我们可以从microRNA和疾病这两个方面检索:

从这个数据库中,我们把microRNA、靶基因和疾病的信息数据下载下来:

表格为

我们只保留microRNA、targetgene和Disease这三列信息,这是我们拿到的第二个表格。

这样,分别通过mirwalk和HMDD这两个数据库我们拿到了以下信息:

1.mirwalk:pathway-microRNA-targetgene

2.HMDD:disease-microRNA-targetgene

其实我们还介绍过一个数据库如何查疾病(Disease)相关的信号通路(pathway),(国科金写作,如何根据疾病选信号通路?),这样就有了第三部分信息:

3.Malacards:pathway-disease

所以,我们把这三个数据库中的信息进行整理取交集,这样一个涵盖了pathway、disease、microRNA和target gene四部分信息的数据就有了。

最后我们用cytoscape把pathway、disease、microRNA和target gene四部分的信息给绘制成网络图就可以了,关于cytoscape的使用方法,大家参考这两篇文章:

我们下期介绍用cytoscape绘制包括了pathway、disease、microRNA和target gene四部分的信息的网络图。

关注后获取《科研修炼手册》1、2、3、4、5。

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  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20171222B0NIP600?refer=cp_1026
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