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microRNA数据库

miRBase

截止2015年2月,目前的版本是第二十一版(发布于2014年6月)。这个版本包含了223个物种中28645条发夹结构前体miRNA,可表达35828条成熟的miRNA。该数据库得到积极维护和实时更新。

miRBase也是RNAcentral的专家数据库之一[2]。

PMRD/PNRD

PMRD:植物microRNA数据库。2014年11月的更新版本被称为PMRD(植物非编码RNA数据库)。

PMRD(bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/)是一个植物microRNA的专业数据库。它包含microRNA序列及其靶基因、二级结构、表达谱、基因组浏览器等,致力于将植物microRNA序列信息整合起来[3]。截止2012年10月20日,它包含了超过130个植物品种,包括水稻,番茄,棉花,大豆,花生和拟南芥(Arabidopsisthaliana)。来自中国北京中国农业大学。

2014年11月的更新版本被称为PNRD(植物非编码RNA数据库)[4],拓展到不仅包含miRNA也包含其他非编码RNA。它包含了150种植物中的11种非编码RNA共25739条,有拟南芥(Arabidopsis thaliana)的1581条miRNA、2579条lncRNA、23条tasiRNA和1432条其他RNA,水稻(Oryzasativa)的2819条miRNA、752条lncRNA、9条tasiRNA和1313条其他RNA,以及杨树(Populus trichocarpa)的2944条miRNA和538条lncRNA [4]。

miRWalk 2.0: microRNA靶基因数据库

miRWalk(www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/)是一个综合性数据库,提供人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测和验证的靶基因以及预测的靶基因结合位点的信息[5, 6]。来自德国Ruprecht-Karls-UniversitätHeidelberg, Medizinische Fakultät Mannheim。

验证靶点:在2014年9月做了更新,该更新基于7000多篇文献,包含了2044条人、小鼠、大鼠的miRNA,以及这些miRNA与3821个基因、375个信号通路、549种疾病、468个器官、74个细胞系和2033个孟德尔遗传疾病相关的67598种相互作用关系。

预测的目标数据库是根据12个microRNA靶标预测软件来建立的:DIANA-microTv4.0,DIANA-microT-CDS, miRanda-rel2010, mirBridge, miRDB4.0, miRmap, miRNAMap,doRiNA, PicTar2, PITA, RNA22v2, RNAhybrid2.1和Targetscan6.2。这一模块是基于miRBase第二十版。

doRiNA 2.0

doRiNA是一个在转录后水平RNA相互作用的数据库[7,8]。"在动物中,RNA结合蛋白(RBPs)和小RNA(miRNAs)实际上可以在转录后水平通过结合RNA调控几乎所有基因。实验和计算机方法中的最新进展实现了对这些相互作用通路的绘制。RNA结合蛋白和小RNA在靶mRNA的协调作用形成了转录后调控的密码。我们提供了一个支持解开这一调控密码的数据库。在doRiNA中,我们系统性的整理储存和整合了RNA结合蛋白和小RNA的结合位点数据。用户可以免费查看靶点(mRNA)或调控元件(RNA结合蛋白和/或小RNA)。我们植入了一个复杂搜索快速条目反应的数据库架构(比如要求搜索某一特定调控子的所有靶点)。由于我们的数据库是与UCSC基因组浏览器的本地拷贝直接链接的,所有的搜索结果都能够结合其他基因组水平数据库筛选被浏览、检查和分析。截止写文章的时刻,doRiNA包含了人、小鼠和蠕虫的RNA结合蛋白数据。我们还提供了PicTar预测软解用于计算机miRNA靶位点的预测分析。"

DIANA-TarBase v7.0

TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因,包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因,并区分出这些miRNA靶基因中的阳性和阴性的结果[9]。TarBase 7.0版本包含50多万条miRNA:从发表文章中收集的24个物种356种不同细胞的基因相互作用[10]。来自希腊色萨利大学。

拟南芥小RNA数据库

拟南芥的小RNA数据库(mpss.udel.edu/at_sbs/)包括拟南芥小RNA相关的信息以及其它小RNA元件[11]。最新版本于2013年6月13日发布。

InsecTar:昆虫microRNA靶基因数据库

miRGen

miRGen(diana.cslab.ece.ntua.gr/mirgen/index.php?r=mirgen/downloads)是一个整合型数据库,包括:(i)动物miRNA和基因组元件之间的位置关系;(ii)通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因[12]。该课题组的研究员也提供TarBase和microT。最近的能批量下载数据是在2009年。

STarMirDB

STarMirDB来自纽约州的沃兹沃思(Wadsworth),包含microRNA结合位点的集合、预测的STarMir算法(见下面)[13]。此外,还有一些由精确CLIP数据支持的预测。

Vir-Mir:

Vir-Mir(alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi)数据库包含了一些预测的病毒miRNA发卡结构[14]。台湾台北中央研究院生物医学科学研究所。该网站似乎最后更新于2007年。

Vita

miRGator 3.0

PolymiRTA 3.0: microRNA靶位点多态性

PolymiRTS位于美国田纳西健康科学中心大学,是一个涵盖预测和验证的miRNA结合位点的DNA片段自然突变的数据库[18]。这些数据可被搜索或者下载。

TransmiR

miR2Disease

CoGeMiR: microRNA比较基因组分析

S-MED:肿瘤- microRNA表达数据库

S-MED(www.oncomir.umn.edu/SMED/index.php)是一个集合人类不同肿瘤和选择的正常组织中microRNA表达的数据库。来自美国密尼苏达大学。

其他

ChIPBase:通过ChIP-Seq数据解码长的非编码RNA和小RNA基因的数据库[22]。

miRCancer:通过文献发掘整理的microRNA-癌症关系的数据库[23]。

YM500:一个小RNA测序(smRNA-seq)数据,用于microRNA查找[24]。

HMDD v2.0:实验支持的人类microRNA与疾病关联的数据库[25]。

starBase v2.0:从大尺度CLIP-Seq数据解码miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA以及蛋白质–RNA相互作用网络的数据库[26]。

PMTED:植物microRNA靶点表达数据库[27]。

PASmiR:一个文献整理的植物对非生物压力反应中miRNA分子调控的数据库[28]。

OncomiRDB:实验验证的致肿瘤性和肿瘤抑制microRNA数据库[29]。

microRNA靶点预测软件

miRSystem

miRSystem整合了其他的预测软件: DIANA, miRanda, miRBridge, PicTar, PITA, rna22和TargetScan,包含TarBase和miRecords的验证数据[30]。该数据库仅支持人类和小鼠的数据。最新版本发布于2014年5月。

STarMir

STarMir来自纽约州的沃兹沃思(Wadsworth)的软件程序[31],该软件程序是根据CLIP数据的序列,热力学和目标结构特点而建立的[13]。

miRDB

miRDB(mirdb.org/miRDB/)是一个在线的microRNA靶标预测数据库。所有的预测目标都是采用SVM的MirTarget2分析数以千计的miRNA与靶标相互作用的预测的[32]。当前版本是5.0,发布于2014年8月,基于miRBase 21版本和MirTarget V3版本,包含6709条来自人、小鼠、大鼠、狗和鸡的microRNA,共2,105,008个预测的靶位点。所有数据都可以下载下来。

TargetScan

PICTAR

Diana-microT

Diana-microT目前在其第5版[35]。该网站显示它拥有“同类程序中最灵敏的特异性”。“它提供了一些网上服务器如IHOP的超链接,以及选择的microRNA在组织和细胞系中的表达数据”。该数据库也可以连接到KEGG。可以下载完整的预测人类和小鼠靶点数据集。最新的版本发布于2012年7月。

RNA22

RNA22 [36, 37]可在美国托马斯杰斐逊大学计算医学中心获得。

TripletSVM

TripletSVM(bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/)是一个预测一个具有发夹结构的序列是否为真正的miRNA前体物的程序[38]。该程序擅长识别一组真正的miRNA前体(miRNA precursor)的三元特点和一组原miRNA发卡结构(pseudo-miRNA hairpin)。来自中国北京清华大学。该程序可免费下载。

miRanda - microRNA.org

RNAhybrid

RNAhybrid(bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/)是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具[40]。通过一种域码实现,即一条短链序列往往结合到长链的最适位置上。这一工具可以作为microRNA靶点预测的软件。来自德国Bielefeld大学。

PITA

PITA(genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_prediction.html)是一个靶点预测平台[41]。最新的预测microRNA靶点基于miRBase第11版,在2008年8月31日发布。

用户可以将非编码器(UTR)的序列输入进网站表格中搜索预测的靶点,或者下载可执行版本离线使用。

其他的microRNA相关软件

DIANA-mirExTra

DIANA-mirExTra亚历山大·弗莱明B.S.R.C.戴安娜实验室。该算法比较两个样板的mRNA基因谱,一个改变的和一个不变的,并设法鉴定在3'非翻译区的六聚物,它们在改变的基因列表中有统计学意义[42]。miRNA的进化可以通过这些六聚物作出鉴定。另一种使用基于miRNA的靶标预测分数来代替六聚体频率的方法也可以被使用。

WMD3: Web MicroRNA Designer

WMD3(wmd3.weigelworld.org)设计人工microRNA(amiRNAs)[43, 44]。21聚体的amiRNA21mers能够特异沉默90多种植物中单个或多个目的基因。来自德国蒂宾根马克斯普朗克研究所发育生物学。最后更新于2009年。

参考文献

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