广州医科大学第一附属医院:大数据泛癌分析长链非编码RNA影响癌症预后机制新思路

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本次分享的是广州医科大学第一附属医院李谨医生团队刊登在Translational Cancer Research的一项研究(英文原文见下方二维码)。该研究表明TUSC7在多种肿瘤中存在异常表达且可能通过介导蛋白泛素化过程从而影响癌症患者的生存。本转化性生物信息学分析方法可以帮助研者挖掘特定lncRNA影响癌症预后的信号通路,但lncRNA如何调控下游的蛋白,通过什么机制影响基因的修饰和蛋白互作仍需要进一步分子生物学实验验证。

文章亮点

随着非编码链RNA的深入研究,越来越多的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)被发现与癌症相关。lncRNA是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA,广泛地参与癌症发生发展、转移、耐药和预后过程。如何通过现有临床及基因组数据预测特定lncRNA影响癌症预后机制的生物信息学方法仍未见报道。

LncRNA TUSC7(tumor suppressor candidate 7,TUSC7)首次在骨肉瘤中作为抑癌基因被发现,其后多项研究表明TUSC7在肿瘤组织中存在差异表达,说明其可能广泛地参与癌症的发展。本研究以TUSC7为例,尝试提出一种如何挖掘lncRNA在癌症预后中发挥作用的生物信息学分析的新思路。

本研究首先对2010-2016年期间发表符合入组要求的655名患者TUSC7表达数据进行了荟萃分析,TUSC7确实差异表达于癌组织和癌旁组织(HR =1.833, 95% CI: 1.102-3.048)。其后对当中记录有TUSC7和癌症预后信息的616名患者生存数据进行荟萃分析,发现TUSC7与肿瘤的预后有关(HR =0.436, 95% CI: 0.099-0.773, P=0.02)。为了进一步验证TUSC7与肿瘤预后的相关性,本研究提取TCGA数据库(The Cancer Genome Atlas)中10237个泛癌样本的RNA-seq表达数据和临床生存数据进行了荟萃分析,发现TUSC7的确与多种常见肿瘤不良预后有关(HR =1.019, 95% CI: 0.88-1.16, P=0.00)。为了探讨TUSC7对肿瘤预后的作用机制,我们对60,000张公共Affymetrix human U133-Plus 2转录谱微阵列的生物大数据进行了针对TUSC7的共表达分析,富集共表达基因的信号通路。同时利用TCGA数据库中肺腺癌测序数据的GSEA分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)结果作为外部验证,结果提示芯片及测序数据聚焦于蛋白泛素化信号通路。

由此得出结论,TUSC7在多种肿瘤中存在异常表达且可能通过介导蛋白泛素化过程从而影响癌症患者的生存。本转化性生物信息学分析方法可以帮助研者挖掘特定lncRNA影响癌症预后的信号通路,但lncRNA如何调控下游的蛋白,通过什么机制影响基因的修饰和蛋白互作仍需要进一步分子生物学实验验证。

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180709G17H2R00?refer=cp_1026
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