lncRNA分析常用的一些数据库推荐!

我们知道lncRNA参与了多种生物学过程,包括lncRNA-DNA, lncRNA-protein、lncRNA-RNA,lncRNA-miRNA, lncRNA -TF。预测lncRNA靶基因的预测软件常见的有哪些?随着lncRNA研究的进展有很多常用、好用的lncRNA数据库也是如雨后春笋。这里给大家罗列了一些常用的lncRNA靶基因的预测软件供大家学习参考:

一、TANRIC数据库

TANRIC数据库: 是lncRNA研究的利器,是癌症非编码RNA的地图集,包括20种癌症,超过8000个样品。TANRIC是一个交互式的数据分析和可视化平台,含有三大类的数据,包括lncRNA注释信息,RNA-Seq数据以及profiling数据。

网址:http://bioinformatics.mdanderson.org/main/TANRIC:Overview

二、 LncRNAdb数据库

LncRNAdb数据库: 一个长链非编码RNAs参考数据库。包含一个全面列表的已经被显示具有,或将与真核生物中的生物学功能相关的lncRNAs,以及具有调控作用的信使RNAs的一个数据库(lncRNAdb)。每个条目包含了有关RNA的参考信息,包括序列、结构信息、基因组背景、表达、亚细胞定位、保守性、功能证据和其他相关信息。lncRNAdb能够通常查询发表的RNA名字和别名、序列、物种和相关的蛋白质编码基因,以及包含在注释中的术语,例如转录本在其中表达的组织和相关疾病进行搜索。此外,lncRNAdb链接到用于可视化的UCSC Genome Browser,和来自各种来源的表达信息的非编码RNA表达数据库。lncRNAdb提供了一个平台进行与lncRNAs相关的文献及其他基因组元件的关联的持续校对。

三、LncRNAdisease数据库

LncRNAdisease数据库: 是来自北京大学的研究人员在世界上首次创建并发布了长非编码RNA疾病数据库,这一数据库收录了160多种和长非编码RNA有关的疾病,并集成了一个生物信息学工具用以预测新的人类长非编码RNA和疾病的关系。

四、 Linc2GO数据库

Linc2GO数据库: 该数据库旨在提供人类lncRNA的全面功能注释。整合了microRNA-mRNA以及microRNA-lncRNA相互作用数据以基于“ceRNA假说”产生lncRNA功能注释。

网址:https://omictools.com/linc2go-tool

五、LNCipedia 数据库

LNCipedia 数据库: 该数据库整合了多个人类(Human)lncRNA数据库信息,很大程度上解决了lncRNA数据库各自为政的问题。自2012年发表至今,该数据库现已更新到4.1版本,更新时间为2017年5月4日。目前LNCipedia共收录146,742个人类注释lncRNA转录本,这些转录本均包含序列、基因组位置、源自数据库等注释信息。

网址:https://lncipedia.org/

六、Starbase 数据库

Starbase 数据库:Starbase V3.0提供miRNA调控LncRNA、假基因和circRNA的互作信息。

七、DIANA-LncBase V2数据库

DIANA-LncBase V2数据库:来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,DIANA-LncBase:提供基于2个研究的CLIP-Seq数据miRNA调控LncRNA的信息。该网站可以预测lncRNA-miRNA结合可能性。

八、miRcode数据库

miRcode数据库:一个LncRNA转录组中推断的microRNA靶点图,当前版本中包括了10,419个LncRNA基因。

推荐了这么多不错的软件感兴趣的就自己去看看吧。

通过数据预测lncRNA参与的生物学功能。那么选定lncRNAs后续我们怎么做验证实验?

最常用的方法:

① qPCR的方法验证lncRNA与mRNA的关系;

② ceRNA调控机制研究;

③ 功能研究(基因敲除或者过表达,查看相关基因的表达或者细胞表型变化);

④ 免疫共沉淀研究:RNA pull down、RNA-RIP、ChIP-seq等方法检测与lncRNA结合的DNA、RNA、蛋白质;

⑤ lncRNA表观调控研究;

下面汇总一些其他的lncRNA数据,有空的话,就去试试吧

4、LncRNADisease: http://210.73.221.6/lncrnadisease

5、NRED: http://nred.matticklab.com/cgi-bin/ncrnadb.pl

6、linc2GO:http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/~liuke/Linc2GO/index.html

7、lncRNome:http://genome.igib.res.in/lncRNome/

9、lncRNAs Atlas (LNCat): http://biocc.hrbmu.edu.cn/LNCat/

10、RNAfold http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/jakj/dianzi/Bioinf4/miRNA/miRNA1.htm

13、LncRNA2Function: http://mlg.hit.edu.cn/lncrna2function/

14、LncRNAMap: http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

15、NPInter: http://www.bioinfo.org/NPInter/

16、http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Co-LncRNA/

17、http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/

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