the 2018 Metabolomics publication awards

近期,Metabolomics杂志评选出了年度BestPaper AwardBest Review Award,所有的文章都是根据下载的次数来选出。

BestPaper Award:

Winner—Zhang, Q., Ford,L.A., Evans, A.M. & Toal, D.R. (2017) Structure elucidation of metabolitex17299 by interpretation of mass spectrometric data. Metabolomics 13: 92.

文章简介:

未知化合物的鉴定一直都是代谢组学研究的一个瓶颈,本文介绍了作者是如何通过质谱数据对未知化合物x17299进行鉴定。文中作者使用了Orbitrap Elite质谱进行数据采集(四级串联质谱数据),此外还通过化学手段合成标准品来进行比对。

作者仅通过质谱数据(没有纯化和使用NMR)确定了该化合物的平面结构;通过与化学合成的对映异构体标准品的保留时间进行比对来确定其相对构型;绝对构型则是通过衍生化的方式来确定。

Runner up—Torell, F.,Bennett, K., Rännar, S., Lundstedt-Enkel, K., Lundstedt, T. & Trygg, J.(2017) The effects of thawing on the plasma metabolome: Evaluating differencesbetween thawed plasma and multi-organ samples. Metabolomics 13: 66.

文章简介:

血样采集之后的储存、运输和处理过程都会对样本产生影响。这种在样本检测之前产生的误差会影响后续代谢学分析的准确性。因此作者就设计了本实验用来考察冷冻和溶解对血样中代谢物的影响,同时也对比了不同类型样本中的代谢物的差异。

BestReview Award:

Winner—Spicer, R.,Salek, R.M., Moreno, P., Cañueto, D. & Steinbeck, C. (2017) Navigatingfreely-available software tools for metabolomics analysis. Metabolomics 13:106.

文章简介:

代谢组学研究中,不同的实验设计和仪器的使用需要研究者选用不同的方法进行数据分析,或者开发不同的软件来处理数据。因此本文就针对常见的代谢组学数据处理软件进行对比,为读者选择软件提供必要的信息。

Runner up—Weber,R.J.M., Lawson, T.N., Salek, R.M., Ebbels, T.M.D., Glen, R.C., Goodacre, R.,Griffin, J.L., Haug, K., Koulman, A., Moreno, P., Ralser, M., Steinbeck, C.,Dunn, W.B. & Viant, M.R. (2017) Computational tools and workflows inmetabolomics: An international survey highlights the opportunity forharmonisation through Galaxy. Metabolomics 13: 12.

文章简介:

文章以调查问卷的形式对从事代谢组学的研究人员进行采访,了解其实验的基本情况,如使用什么平台进行研究(LC-MS、GC-MS还是NMR),使用什么软件进行数据处理(开放获取的软件、商业软件),使用什么方法进行统计分析等。

通过调查,作者发现不论是使用MS还是NMR进行数据采集,其数据处理的过程都相对的完善。MS的数据可以使用很多开源软件来处理,但是NMR的数据多数需要使用商业软件来处理。

Galaxy软件可以支持MS和NMR数据的预处理,然后作者就简单介绍了一下该软件,文章的主要目的还是通过调查,来指出如何进一步优化Galaxy软件以及如何更好的实现数据共享。

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