数据库#CMAP数据库简介

说起cMap(connectivitymap),可以说是在生物信息专业的无人不知无人不晓了,作为一个很有名气,而且也很早就建立起的化学试剂作用表达谱数据库,而且后期还加入了GSEA算法,使得研究者可以通过自己做出的不论是疾病表达谱还是化学物质刺激后的表达谱所获得差异表达基因,通过在cMap中的查询,可以获得类似表达药物或者相反表达药物。之后确实有很多科学家也利用这一特性做出不少的研究,但今天我要介绍的CMAP却非鄙cMap,而是CMAP:Complement Map Database。

首先我介绍一下什么叫Complement System,这个术语表示的是错综复杂的蛋白质网络,这个蛋白质网络至少包含50个蛋白(血浆,膜蛋白),而且这些蛋白通过互作完成一项层叠式的功能。而这个系统的功能除了修复人体内稳态平衡,清除病原体,发现炎症等。所以这些ComplementSystem对于人体来说是很重要的。

我们通过http://www.complement.us/labweb/cmap/访问CMAP。主页如下。

首先映入眼帘的就是主菜单和数据库的搜索框(图中红矩形所突出部分)。CMAP中的数据都是从三个层次来表示,分别是entities,relations还有pathways。其中entities表示的是蛋白、小分子还有复合物(蛋白-蛋白、蛋白-小分子),relations则是表示的entities之间的关系,pathways则是relations的组合。

在CMAP的主页上的PathwayMaps选项中可以通过选择不同的Pathname来可视化不同的Pathway,如下图所示:

就会在左侧出现这个过程所获得的方法以及引用。当然这并不是每个组分都是可以点击的,我们在举一个entities的例子,我们点击图中的绿色节点。

则会出现该节点(entities)所包含的组分,还能展示出该节点与其他节点的互作关系,如下图。

当然,这些数据不仅仅能以这样的形式查看,我们还可以通过搜索我们感兴趣的基因机型查询。

可以获得该基因在通路中的位置(红色矩形标注,原图中也有红色五角星标注),以及该基因的基本信息(左侧)。

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180827G1CAWN00?refer=cp_1026
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