就在这里，等你来用——微生物扩增子常用数据库

在之前微生物扩增子分析系列文章中，介绍了微生物物种注释的方法及物种数据库。常用物种注释的数据库有Greengene，Silva和Unite等，下面我们就来一一介绍下！

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Greengene数据库

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Silvia数据库

Silvia数据库（官网：https://www.arb-silva.de/）是一个包含三域微生物（细菌，古菌，真核）rRNA基因序列的综合数据库。其数据库涵盖了原核和真核微生物的小亚基rRNA基因序列（简称SSU，即16S和18SrRNA）和大亚基rRNA基因序列（简称LSU，即23S和28SrRNA），更新频繁，目前其最新版本为SILVA SSU and SU databases 128（下载链接：https://www.arb-silva.de/no_cache/download/archive/release_128/），更新时间为2016年9月29日。由于是最大最全的数据库，其缺点是假阳性会更高。另一方面，它的物种注释采用的是14层级，且与常用的七级不同，不能转化和比较。现也有在线分析工具—SilvaNGS。

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Unite数据库

Greengene，Silva，Unite数据库对比

下期我们将推送NCBI相关数据库，敬请大家关注哦！