在之前微生物扩增子分析系列文章中,介绍了微生物物种注释的方法及物种数据库。常用物种注释的数据库有Greengene,Silva和Unite等,下面我们就来一一介绍下!
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Greengene数据库
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Silvia数据库
Silvia数据库(官网:https://www.arb-silva.de/)是一个包含三域微生物(细菌,古菌,真核)rRNA基因序列的综合数据库。其数据库涵盖了原核和真核微生物的小亚基rRNA基因序列(简称SSU,即16S和18SrRNA)和大亚基rRNA基因序列(简称LSU,即23S和28SrRNA),更新频繁,目前其最新版本为SILVA SSU and SU databases 128(下载链接:https://www.arb-silva.de/no_cache/download/archive/release_128/),更新时间为2016年9月29日。由于是最大最全的数据库,其缺点是假阳性会更高。另一方面,它的物种注释采用的是14层级,且与常用的七级不同,不能转化和比较。现也有在线分析工具—SilvaNGS。
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Unite数据库
Greengene,Silva,Unite数据库对比
下期我们将推送NCBI相关数据库,敬请大家关注哦!
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