使用Plant Reactome数据库进行小麦基因的pathway分析

以前我们比较常用的是KEGG，但KEGG偏重于人和动物，所以做出来的结果有时候比较莫名其妙。

今年和大家分享另外一个做pathway富集分析的网站 Plant Reactome

给一个基因列表点几下就可以出结果。

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勾选上图所示内容，点击Analyse；出现如下图所示的页面，注意图中红圈圈出的部分。虽然我们提交了很多基因，但在数据库中只有159个基因有pathway信息。这很正常，毕竟绝大多数的基因功能是未知的。此时，需要点击左下角的mapping下载，打开之后复制基因名字再次提交即可获取结果。

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注意：提交的基因一定是数据库中有的。第一次可以把全部的差异基因放进去，根据mapping的结果，再次提交。第二次提交后获得结果才是我们需要的结果，点击Result下载即可。

可以放大查看一些具体的pathway信息。

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