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晶体学开放数据库的使用方法

晶体学开放数据库,简称COD,是一个开方式的海量晶体结构数据库,它包含了有机,无机,金属有机化合物和矿物质的晶体结构,截止到发文前,共收录了七百万余条晶体结构。本文将简单介绍晶体学开放数据库的检索方法,仅供参考。

晶体学开放数据库官网:

主页如下图所示,直接点击左侧的Search即可检索。

数据库提供了两种检索方式,一种是条件检索,也是我们最常用的检索方法,另一种是结构检索。条件检索包含四种检索条件:文本条件出版物条件、元素条件、晶胞体积范围以及主要元素数目。结构检索实际上是一种比较鸡肋的检索方式,毕竟都已经知道结构就没有必要去检索了,这里就不加以介绍了。

用户常用检索模块

Text检索:根据晶体的矿物名称进行检索,例如氧化铝的矿物名称为“刚玉”,对应的英文名称为Corundum,可以直接在Text输入框种输入这个单词,点击Send按钮,即可进行检索。

文献检索:检索框JournalvolumeissueDOI是根据文献检索晶体结构的,文献本身没有附带晶体的cif文件,可以通过这种方式找到相应的晶体结构。

元素检索:直接在1 to 8 elements输入检索晶体中可能含有的化学元素,点击Send,即可检索。但这里有一个问题,如果用户检索Al和N的化合物,对于N元素而言,需要在输入框中输入"空格+N",如果直接输入N甚至会检索出包含Ni的化合物。对于其他的单字母元素亦是如此。

在N前面添加了一个空格以表示搜索氮元素

另外,官网上还提供了一种检索方式,即在第一个输入框中输入"Al2",在第二个输入框中输入"O3",然后点击Send,也可以获得精确的结果。目前为止,这种方法是笔者最为推荐的。

用户还可以在NOT these elements中输入要过滤掉的元素,以保证元素搜索结果的精确性

此外的晶胞体积检索法以及主要元素检索法因为比较鸡肋,在这里就不一一介绍了。

过滤器:最后的filter是过滤器的意思,它可以用来选择检索库或者限定检索条件,以实现更精确的检索结果。第一项为包含结构因子,Fobs就是晶体结构因子的意思,检索时最好勾选。第二项为包含重复结构,第三项为包含错误结构,第四项为包含理论结构,根据实际情况勾选。

  • 发表于:
  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20190126G0AVYA00?refer=cp_1026
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