教程及软件有错误是常态

有些时候，我们可能真的很努力了，但事情就是解决不了，这个时候仍然是自己的问题，努力能解决一些问题，但不是所有。

最近在用star找融合基因，对人类物种的数据来说，没啥问题，很轻松就运行成功了，合作方给我了一些小鼠的测序数据，居然出现了问题，当然，我下载数据库肯定不会出错的啦。

报错如下：

看起来很复杂，又是perl又是模块，还有gtf的问题，事实上只需要看第一句话，就是star-fusion自带的基因注释数据库文件里面的gtf问题，有一些基因是没有对应转录本的。

我去gencode数据库里面搜索了同样的ID，发现这个问题一模一样，很有可能是gencode那边的人并没有做好这个数据库的维护，而star-fusion的开发团队直接沿用了这个数据库文件。

但是为什么star-fusion的开发团队并没有去仔细检查呢？

难道他们开发了数据库缺没有实际上运行任何一个小鼠的例子吗？

当然了，解决方案非常简单：

就是挑选那些既有基因ID，又有转录本ID的那些咯，可以看到原来是1745955行，经过过滤只剩下1693314行。

当然了，软件也成功运行了。