生信信条

编者按

信条,是宗教信仰的条文或体系。国有国法,行有行规,那么做生物信息分析需要遵从哪些基本准则,掌握哪些基本技能,遵守哪些基本规律呢,虽然不能“究天人之际,通古今之变”,但是今天随便写几条,只代表是一家之言,不同意见者,欢迎留言批评指正补充交流。

1、不停的实践

生物信息作为一门实践性学科,实践才是检验真理的唯一标准。同样讲究以事实为根据,以数据为准绳。一切假设都需要通过真实实践来验证,做到知行合一。假设用来指导实践,实践用来假设检验。很多理论知识,通过实际数据分析观察到才能加深影响,以前分子生物学中很多抽象的概念,例如操纵子,增强子,5‘-UTR’,miRNA,mRNA二级结构等,在基因组上真实观察到印象才更加深刻,如何才能实现第一条呢,请参照第二条。

2、、熟练掌握Linux操作

目前的生物信息主要工作是通过生物软件来完成的,将生物数据导入软件处理,然后得到结果。而绝大部分的生物软件是基于Linux系统运行的,这是由诸多原因造成的必然结果。短期内并不会有太大的改变。因此,如果想要从事生物信息实践工作,熟练掌握Linux操作是必不可少的。多年的实践中发现,生物信息入门难最大原因就是不熟悉或者不习惯Linux命令行操作。尽管未来有更好的图形化软件以及云端分析流程,但至少目前还是命令行为主。

3、至少会一门编程语言

第二条说过尽管未来可能有更好的图形化软件以及云端分析流程,但是掌握一门编程语言不仅可以让你快速提高工作效率,可以批量化和自动化完成很多工作。而且,可以尝试你自己的一些数据分析想法。不要让编程技能限制了你天才般的想法,与诺贝尔奖失之交臂。编程语言可以是Perl,Python,java,C,C++等其一或更多,编程不仅能实现你对数据处理的一些想法,更重要的是,编程是一种思维训练,可以让思维更加严密和具有条理性。你们没发现你的程序员朋友都变得特别单纯吗?

4、至少掌握一款统计软件

当处理的数据越来越多的时候,就会发现统计学的重要性。数据的大量价值都需要通过统计学来挖掘,没有统计学寸步难行。没有统计学的文献是科学报道,有了统计学的文献是科学研究。同样面对一座保藏,别人拿着是洛阳铲(统计学),你拿着的是李敏镐(马毛邓三及科学发展观),显然不合适了吗。统计软件可以是Excel,Matlab,SPSS,SAS或者R等。R处理生物数据比较流行。不过软件只是工具,更重要的是软件背后的统计学原理,以及所使用的统计学算法。

5、至少掌握一款绘图软件

所谓“一图胜千言”,处理生物大数据,不仅数据挖掘很重要,数据可视化也同样重要。毕竟,人是视觉动物,任何领域都看颜值吗。文献图做的漂亮至少不会减分。而且,面对几千亿的碱基数据,如果只统计出来很多表格数据,人眼毕竟不如扫描仪,数据可视化不仅可以展示结果,很多情况下还可以反过来指导数据挖掘。一般统计软件自带数据可视化功能,例如Excel,matlab,R等都可以。

6、如果可以,掌握一门标记语言

标记语言可以用来格式化文本,方便格式化数据,使纯文本具有更多的格式,例如字体,颜色,大小等,word其实也是一种xml标记语言。可以方便用来记录脚本,自动化生成文档以及数据报告,可以大大提高效率。当你习惯了以上5条,变得不习惯使用鼠标编辑文档时,掌握一门标记语言就会方便很多。编辑语言最简单的可以从markdown入手,后面可以再学习html以及LaTex等。

7、熟练掌握分子生物学

生物信息掌握在多数据处理技能,方法,算法,它本质上还是生物学的范畴。生物界的规律与其他学科都不同,因为它是研究活的物体,还有我们自身。这个根本差别就导致生物界可能任何一条规律都你能找到反例。数据分析中遇到困难时,在回过头来看看生物学基本知识,不仅可以化解施主的困惑,还有可能给施主指明新的方向,不要走的太远,就忘记了为什么出发。

8、掌握外语

没错,因为目前主流的科学文献资料,软件技术文档都是用英文写的,每个基因的功能都是用英文写的,连软件错误信息都需要google到国外技术论坛找答案。熟练掌握英文对于从事生物信息非常重要,不过对于很多人来说都是“天空飘来五个字,这都不是事儿”,(It looks like six words)。

9、掌握一些历史地理文学等

生物的进化具有时间性与空间性,时间性就是历史因素,空间性就是地理因素。今天的生物性状是与时间空间共同作用的结果,数据分析时,如果能够结合时间与空间因素可以发掘更多有意思的故事。掌握很好的文字功底才能写出好故事,将科学成果进行分享传播,同时也可以做好科普工作,让公众能对基因科学有一个正确的认识,既不看的一文不值,也不能脱离现实。否则就会有各种基因+保健品,基因+天赋检测,基因+抗癌神药妖言惑众。

10、敬畏生命

“寄蜉蝣于天地,渺沧海之一术”,在时间与空间中,人类真的很渺小。不要搞了几年基因科学就认为人类认识自己,改造自己,创造生命,代替大自然的造物主。不要以为掌握今天的这些基因技术,就可以追求长生不老了。天行有常,不为尧存,不为桀亡,大自然有其自己运行的规律。

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