2024第14课：空间微生物的检测与运用原创

哎，好了啊，我们时间到了，我们来上我们的第14课，关于空间微生物的一个检测运用。啊，在本次系列培训班之，呃，本次系列这个培训课之前啊，第一节课的时候就给大家讲过。我们每个人啊，都拥有3套基因组。哎，第一套基因组就是那个第一第一代那个第一代公布的那个全基因组计划。那么第二套基因组呢？就是我们的空间微生物基因组。呃，对于微生物来讲，我们每个人啊，哎，体内的微生物多达几百万种，哎，300多万种。表达的基因呢，也是非常的多的。不远超过我们本身的这个。哎，哺乳动物，呃，正常的这个细胞表达的基因以及数量。在前面研究过程中啊，哎也提到过关于微生物的一个研究呢，产生了一个主学，哎，叫红金主学。嗯，微生物在研，呃，在研究红金主学的时候啊，跟我们的健康啊息息相关。

其中现在在应用层面啊，有这个，比如说传染性疾病，哎，呼吸道疾病啊等等等等，包括口腔啊，肠道啊等等很多疾病都和我们的微生物，哎，稳态紊乱有关。还有一个就是，呃，就是什么呢。大家，呃，之前在提到这个单细胞VDZ讲过这个肿瘤对吧，有这个卡T疗法。卡T疗法，哎，还有最新提到的这个TCT的疗法。哎，那么对于微生物和肿瘤之间是不是有一定的关系呢？哎，也有啊，微生物的种，微生物的一个种类以及表达的基因，对于肿瘤的发生、发展、转移也有非常重要的影响。哎，所以现在呢，也有人提出了有微生物疗法，就是通过微生物，哎，改造一定的微生物菌群，帮助我们来消灭肿瘤，或者说维持肿瘤，呃，不要扩大，不要扩散等等这样一些研究，哎，这就是微生物在这个。

呃，研究的过程中的一个现状，哎，前面提到过一家公司叫金史医学，哎，它是专门做红金组的，就是研究人体微生物的，嗯，其中最大的一个方向就是检测这个传染性疾病。哎，包括呼吸道疾病，哎等等等等。啊，尤其是小孩子啊，他这个微生物，比如说经常会得什么手足口病啊等等，都和微生物紊紊乱有关。当然还有一些其他的疾病，比如说强调的脑中风。呃，阿尔兹海姆症等等最新的研究，哎，也慢慢的发现，哎，微生物在里面起到了一定的作用啊。那么微生物通过什么样的一个方式来影响我们呢？哎，通过各种各样的一个代谢，哎呀，各种各样的一个合成的新的物质等等等等，正常情况下我们和微生物是一个完美共存的一个。哎，现状，哎，微生物存在在我们体内，哎，我们和微生物呢，哎，互不干扰，哎可以说是相互，哎相互怎么说呢，就是相互有益的。

哎，微生物合成的很多物质呢，是我们人体需要的，当然啊，我们人体也提供了微生物所需要的一个，哎，营养物质。啊，但是一旦我们人体的稳态，哎，发生了这个紊乱对吧，哎，发生了这个不好，呃紊乱，哎，微生物它立马就能感知到，比如说大家经常熬夜。呃，经常不吃早饭等等等等这样一些不好的生活习惯，哎，体内的微生物，他感知到这个紊乱之后啊，啊，他就会闹情绪。呃，前面提到过，就是说这个微生物稳态随着我们年龄的增长也在发生一定的改变。哎，比如说之前喝饮料，哎并没有什么反应，但是现在一喝饮料就拉肚子，哎说明也是肠道的这个菌群啊，被微生物给被这个饮料给哎破坏掉了，哎导致引起他这个微生物在这个。

哎，闹情绪啊，引起这个拉肚子的一个反应，那么来到我们这个真正的研究当中啊，我们的微生物和我们的肿瘤。以及呃，其他的这个人类疾病啊，通过这个研究发现啊，都或多或少有一些哎，密切的联系啊。这里面举一个简单的例子，就是说我们拿到这个肠道，哎，拿出来之后。哎，它有各种各样的细胞类型组成，对吧。当然，肠道是微生我们最大的微生物器官。哎，我们这个肠道的微生物啊，和我们人体正常的细胞，哎，通常是这种，哎，相互结合，相互依存，相互这个。哎，相互帮助的一个状态。哎，那么一旦发生肿瘤之后啊，比如说我们肠道发生肿瘤，哎，微生物也会感知到这个变化。哎，这个时候呢，微生物是不是能起到一个，呃，抑制肿瘤扩散，还是还是促进肿瘤扩散的一个效果，哎呀，这个就需要大量的一个研究了啊。

右边这张呢，就提哎告诉大家流类微生物就是我们的肿瘤类微生物啊，通常是有哎3种来源。哎，第一种呢，就是黏膜屏障，或者来自黏膜膨胀的，呃，瘤内微生物。嗯，粘膜呢，就是它的表面，哎，表面都有一些微生物，像我们的皮肤表面等等，在器官啊，也有一个表面也附着着很多的一个微生物。第二个呢，就是来自于邻近组织的流内卫生啊，邻近组织呢，这个大家都知道，我们的人体呢，是一个哎统一体，相互之间都有很强的一个协作。哎，正常来讲，微生物会带在他哎该在的位置，哎，该啊，带在他这个应该存在的位置。但是呢，很多时候，一旦我们发生稳态，哎稳态的紊乱，比如说体内发生了肿瘤，上皮细胞疯狂扩张免疫细胞，哎起不到作用的时候呢。哎，微生物也会，哎，也会连着的把微生物的稳态给它破坏掉。这个微生物，呃，有的微生物呢，可能具有抗肿瘤作用。

哎，会抑制它。不让它增长的那么快，但是绝大部分情况呢，哎，无法控制它，肿瘤还会破坏我们的微生物稳态，进而啊，加剧了这个病情的一个严重性。第三呢，就是血液性传播的一个流类微生物啊，这种这种血液性血源性传播啊，就是我们这个，比如说这个。哎，母亲啊，把孩子生下来等等，哎，固有的一些微生物和遗传下来，哎，等等等等啊。哎，这个是我们微生物常见的一个分布啊，当然研究最多的目前还是人和小鼠啊，人的微生，人的肠道微生物，目前在前几年，哎，18年1917年的时候是非常火的，哎，非常火的，然后那个小鼠的微生物呢，也连带着带火了。嗯，因为小鼠作为一种模式生物啊，在进行人体实验的时候，会优先对小鼠进行一个诶实验研究，那么对于它的微生物的组成呢，也都有非常多的了解。

现在大家对这个微生物的哎判断呀，哎了解和判断呀。绝大部分还是集中在人和小鼠这个两个物种层面啊，集中在应用层面，当然是人了，哎，研究层面会把小鼠也给纳入进来，集中在研究这个，呃呃，这个叫微生物微环境。研究微生物微环境的时候啊，就会发现，哎，微生物啊和我们的这个人体细胞存在着千丝万缕的联系，其中呢，大致分为两类，一类就是这种的。呃，抑制性的肿瘤免疫为环境，这个时候呢，它会微生物啊，会发挥一定的这个抑制作用。还有一种炎症性的。哎，炎症性的呢，其实就是我们正常的免疫细胞在攻击这个肿瘤细胞，哎，这个微生物液呢，哎也参与了其中，起到了一定的促进作用，也就是说我们正常的微生物啊，都有两，哎都有两面性，如何实现哎如何实现我们哎对有益的微生物进行一个工程改造，哎，抑制肿瘤的扩散或者增长。

哎，成为呃一些主要的宏基因主学的研究专呃研究专家啊，毕生功课的一个方向了。哎，右边这张图呢，就是简单的一个总结啊，我们哎人体内的温度啊，非常庞大啊，非常庞大，哎，其中有一些微生物是有助于这个致癌或者抗癌反应的，也就是说有的微生物在癌症发展，呃，发展。和这个扩散方向啊，扩散方面有非常重要的一个作用。哎，微生物如细菌，真菌，病毒和支原体，哎，存在于肿瘤组织内，哎，这个大家要注意啊，对于我们肿瘤组织来讲，它单独的，哎，以前都集中在研究这个。组织，呃，肿瘤内部的细胞微环境啊，比如说免疫细胞是否浸润啊等等等等吧，呃，巨噬细胞是否促进了这个肿瘤细胞的转移啊，等等等等，这些研究内容都集中在我们人体的一个细胞细胞层面。而真正的对于一些呃，其他的层面，比如说我们的微生物层面啊，其实我们了解的是不多的，呃，了解的不多的。

但是呢，确实在我们肿瘤组织内部存在着多种多样的一个哎微生物，这些微生物啊，有的可以起到，哎，比如在这里提到的，在癌细胞和浸润性免疫细胞内可以观察到微生物的残留物。哎，也就是说微生物在我们的呃，肿瘤内部啊，起到了一个非常重要的生物学的一个，哎，参与参与了其中的生物学，重要的生物学过程。哎，一些微生物的一个代谢物啊，比如说脂肪酸，呃，肌酐，诶，可以看到在肿瘤内的一个积聚。并与癌细胞和免疫细胞受体相结合，哎，这些成分呢，就和肿瘤的发生、发展、转移和免疫反应中都发挥了重要的作用。哎，从此呢，哎，慢慢有一群人，哎，包括现在啊，前几年，包括哎到现在也是一个非常火的方向，就是对人体的肿瘤，微生物，微环境来进行研究，这是一个非常呃，也非常好的方向啊，非常火的方向啊。

呃，接下来是呢是呢，微生物的目前的一个临床应用啊，临床应用我们每个人的人体微生物啊，或多或少都有一些区别啊，但是大类都差不多，比如大肠杆菌存在于这个。哎，大肠中对吧，哎，它正常情况下是合成一些维生素啊，不和我们人体啊，和我们人体这个和谐共存啊，但一旦有紊乱的时候，大肠杆菌进入到它不干道的位置，哎，就会引起我们的一个拉肚子。其中还有一个重要的反应就是微生物啊。可以引起免疫反应。就是微生物有的时候会充当这个抗原的角色，诶，成递抗原包括从而促进这个免疫反应，大家可以看到这个微生物，哎，成递这个抗原，从而引起了T细胞的一个反应，哎，把这个免肿瘤细胞给它杀死，哎，杀死说明在这个人体的微生物中啊，正常有一些有益微生物，哎，是可以引起这个免疫反应啊。消灭这个肿瘤细胞的。

啊，当然还有一些其他的，呃，像正正常的一些炎症反应，哎，也会有微生物的一个参与，像下面这个，哎，引起这个微生物的一个参与。大家可以看到这个地方啊。哎，免疫细胞首先是识别的这个微生物成地的这个。哎，抗原，其中抗原有MHCMHC就是那个抗原，呃，抗原成体复合物，包括HLAHLA，就是我们人体的抗，哎，抗原成体复合物，它沉积和沉积之后呢，就会激活T细胞。哎，激活T细胞导致，哎，有一些识别肿瘤的一个免疫反应的发生。保护我们正常人体的一个，哎，健康的一个状态。嗯，接下来呢，还有一些其他的作用，比如说它在这个微生物啊，和这个巨噬细胞之间，哎，也会发生一定的生物学反应，进而哎促进T细胞的一个。呃，免疫的一个，哎，不同的一个免疫反应等等等等啊，说明微生物在和我们的免疫系统以及正常组织之间啊，有着啊非常复杂的一个。

非常复杂的一个关系。啊，之前在工作的过程中啊，有一位同事，哎，是专门研究微生物的。啊，以前我对微生物了解也非常少啊，我也是停留在表面，认为微生物是不是就是哎，呼吸道肠道这样的一个传染性疾病有关呢？哎，听过他介绍之后啊，我发现啊，原来微生物有这么多的一个作用啊，很多时候很多时候的作用当然来源于我们对他了解的不够深啊。呃，肿瘤微生物微环境作用在肿瘤危环中啊，有多种机制啊，多种机制啊，机制我都给大家列在这儿了，第一个就是癌细胞和免疫细胞成地抗，呃，细菌肽就是这个，呃，相当于成递抗原肽的这种状态，引起免疫细胞的一个激活反应。第二个呢，细胞抗原模拟抗，呃，肿瘤抗原就是说细胞的抗原。它的结构啊，和肿瘤的抗原是差不多的，激活了T细胞反应之后呢，T细胞一旦能识别细菌成立的这个抗原，哎，它也能识别肿瘤那个抗原，从而把肿瘤给哎消灭掉。

第三个呢，就是肿瘤诱导的免疫源性细胞死亡啊，这种呢，就属于那种了，哎，你的原免疫如果过强的话，哎微生物会进，哎调节它调节一下，第2个就是辅助识别信号受体，哎，就是最后这个。哎，和其他细胞相互作用来辅助识别这个，呃，细胞受体，哎，调节我们的人人体稳态。啊啊，接下来呢，还有一些其他的效果，比如说像微生物的衍生代谢物啊，当然微生物的衍生，大家都知道微生物有刺激代谢。嗯，会生成很多的这个，呃，代谢物。酒中代谢物最多的是。哦，其中代谢物最常见的是什么？哎，维生素啊，就是我们人体所需要的，经常吃维生素那种啊。然后呢，就是刺激抑制检查点等等啊，这是微生物在我们人体内参与的这种各种各样的这种。哎，免无论是免疫啊，还是个正常细胞正常的一个生物学过程啊。

右边这张示意图呢，就是呈现出哎，呈现出微生物和我们整体的哎环境的一个复杂的一个网络系统。呃，当然，微生物过多呀，也不行。嗯，微生物过多也不行，微生物过多也会有引起我们的正常的一个疾病，所以在我们体内还有一些这种东西。噬菌体哎，它也在调节微生物的一个数量啊，等等等等，反正这是一个非常复杂的一个过程啊，微生物参与了我们很多的一个生物学反应，对吧。但是他也不能过多，哎，有噬菌体在调节它的一个数量，同时呢，我们人体会，哎，反过来反哺这个微生物，不让它数量太过少。哎，刚才维持在一个稳态啊，微生物呢，哎前面讲到过，哎有两种，哎会对肿瘤啊产生两种效果啊，一种是免疫抑制，一直是免疫促进的作用，从而形成了不同的一个哎对肿瘤有一个不同的反应。

嗯，所以才提出了，最近一些科学家在提出了这个微生物疗法嘛，对一些有益微生物进行工程改造。进而，哎，治疗我们的肿瘤。哎，当然了，巨噬细胞和肿瘤的关系，在那个单细胞和空间上都强调过很多次啊，M1型和2m2型的这种巨噬细胞。哎，对肿瘤具有促进和抑制作用。接下来呢，是一个转移的一个效果啊。哎，接下来呢，呃，是一个转移的效果啊，癌症肿瘤对细胞内转移有没有影响呢。哎，也有啊，也有。嗯，这里面举了一个简单的例子，哎，就是癌细胞主要通过两种途径哎，进行全身传播啊，其中最常见的是血管系统。之前在医院啊，见到一个病人，呃，他的一个。他的一个那个他得了肺癌啊，但是通过血管系统呢，肺癌那个癌细胞啊，扩散到脑去了。

哎，整体的研究就呈现出一种化疗都无法治愈的一个现状。呃，淋巴，淋巴结构呢，也是常见的转移器官之一啊，在结直肠癌中啊，结直肠癌CRC中肿瘤内或肿瘤相关的微生物可以破坏GVBGVB是什么？哎，我们人体正常的一个结构啊，导致它的一个细菌啊，啊，去了其他位置啊，特别是肝脏啊，一旦细菌大大肝脏，它就会吸引炎症细胞，促进转移前生态位的形成。也就是说它是一个，呃，冲锋陷阵的一个。前沿观察哨啊，他先去探探。把这个环境给它铺好之后，等待着癌细胞过来。哎呀，从而形成这个肿瘤传播啊，这个转移的形成啊，这种的话，对于我们研究肿瘤这个转移啊，哎，非常的重要啊，目前对肿瘤转移的一个机制啊，目前还不清楚啊，只是知道吧，呃，微生物有一定的作用，当然还有其他的一些常见的一个作用，比如说常见的句式，句式会促进肿瘤转移等等，也就是说整个的一个过程啊，非常的复杂，目前还没有研究的很明白啊，没有很明白。

呃，下面这个呢，就是常见的一个。哎，宿主过程啊，当吞噬细胞，哎吞噬细菌后，细菌会超重，宿主细胞的细胞骨架侵入非吞噬细胞，哎，例入肿瘤细胞，这是一种这个什么。诶，吞噬来抑制肿瘤扩散的一个效果，也就是说微生物有两种啊，前面这种呢，就是促进肿瘤扩散，哎，后面这种呢，就会有对它这个，呃，哎，对它进行这个恶性细胞的一个侵入，哎，让它不要那么的嚣张啊，哎右边这张图呢，就是一个常见的一个内容了，哎，对于微生物来讲，哎，大家可以看到。肿瘤细胞虽然很致密，哎，存在在这个，哎，它通过血管正在转移，对吧？啊，其中身上呢，也会附着很多的微生物啊，这些微生物会在之前形成这个微生物稳态啊，以及它这个。

哎，转移前生态位，哎等等等等，哎，通过微生物的一个无论是迁移还是抑制作用，导致了它的一个扩散和转移啊，其中微生物里面存在着，哎呀，反正发射挥了非常复杂的一个作用，之前听一个关于微生物的微生物组学的一个课啊，它主要讲这个微生物和肿瘤的关系的时候。哎，我听了之后发现，哎呀，确实是有非常复杂的一个机制在里面啊，任何一个主学啊，大家如果学的很深的话，会发现它的一个作用都非常的大啊。所以大家。哎呀，在研究这个，呃，从事这个行业之后啊，先把一个主学给他研究的非常明白之后啊，哎，扩展再去慢慢扩展到其他组学啊。嗯，这个就是一些简单的示意图了啊。其中呢，我们更希望微生物干嘛？哎，有一些。哎，抑制肿瘤的一个，抑制肿瘤的一个效果，哎，那么对于这个，呃，流内微生物如何抑制肿瘤，并且增强抗肿瘤免疫的一个。

哎，一个呃，一个治疗效果的这几个这个途径啊，给大家列在这儿了，大家了解了解。大家了解了解，哎，增加这个突变，首先是增加突变，哎。呃，因为我们的这个细胞啊发生癌变，它的一个基因啊，经常会发生突变。哎，突变之后呢，就会形成新的抗原，哎，新的抗原之后呢，哎，微生物会对它进行一个反，哎，会有一定的反应，哎，无论是成立抗原还是促进抗原等等，会有一定的生物学反应。下面这个呢，就是常见的一个激活信号，呃，首先是激活这个steam信号啊，这个信号之前啊，在听一个微生物讲的时候我讲到过，但是这个信号呢，目前啊，就是说研究的还没有那么的透彻。但是知道这个信号对肿瘤具有抑制作用。第二个呢，就是来刺激这个，激活这个T细胞，就是激活我们的免疫系统，让它来杀灭肿瘤。

第3个呢，就是成人硫生物抗原成体，哎，这个是辅助的啊。哎，把抗原沉淀给免疫系统，哎呀，免疫系统可以激活啊，从而这个。这现在对肿瘤的一个抑制住，右边这张图呢，其实是哎，告诫大家要有一个要有一个什么健康的生活啊，健康的生活，哎，我们的生活的各个哎，各种各样的一个不同的方式啊。很容易导致我们的微生物发生稳态的一个紊乱，哎，稳态的一个紊乱啊，慢肾它一开始还没有那么的强烈啊，一开始还没有那么的强烈。但是呢，当我们的菌群失调之后。哎，首先是什么炎症。啊，炎症啊，有了炎症之后呢。可能就开始有这种啊致癌作用。前面讲到过，现在的癌症啊，可能有靶向治疗，或者有这个化疗，还有放疗等有关，其中大部分还是以化疗为主，哎靶向药物没有那么多可供大家选择，一旦大家采用化疗的这种方式，哎，治疗癌症哎把正常的细胞消灭掉之后，哎，肠道菌群哎也消灭了很多啊，他也忍受不了，这个时候呢，菌群又处于一种非常紊乱的状态，哎也需要很多的康复治疗。

哎，等等等等。然后呢，慢慢的我们治疗之后呢，哎。对癌症啊有个预后，预后的一个了解啊，不仅在于了解到人体健康状态，对微生物稳态的一个恢复啊，也是指标之一。哎，大家明白吗？然后呢，哎呀，恢复健康的菌群状态，哎，菌群状态一方面会反哺我们正常的一个细胞的一个存活，另一方向呢，哎，健康健康的菌群状态呢，也会促进我们正常，哎身体细胞。哎的一个恢复，呃，因为前面化疗之后啊，破坏了我们的正常细胞了，哎，正健康的菌群状态也会有助于我们正常细胞的一个恢复。哎，其中呢，我们常见的一些。哎，生活方式，哎，包括饮食啊等等等等这些健康的生活方式大家要哎保持一下啊。

当然其中还有一些病毒的作用，哎呀，这个病毒的作用目前研究的就更为啊，更更为就是呃，模糊了啊，不太清楚，哎，病毒有没有杀肿，杀灭肿瘤的一个效果。哎，它能不能促进菌群发生这个刺激，它加强免疫系统，从而哎，对肿瘤有一个抑制作用呢？哎，这种机制还不太清楚。哎，这个流程呢是什么？哎，检测微生物的一个流程，就是运用在我们空间上的一个，就是空间微生物检测的一个系统啊。微生物，呃，当然越来越重要啊，这个毋庸置疑啊，作为我们的人类第二套基因组，它的一个重要性不言而喻啊。对于我们常见的一个微生物，哎，常见微生物定居的一个地方，凡是我们人体和外界。哎，开放式关系的这种地方都有大量的微生物，无论是我们的眼睛，鼻子哎，口腔，肠道哎，尿道哎，包括女性还有阴道，还有什么啊，乳头等等等等，这些方向和外界都是连通的，那自然就会有很多的微生物。

哎，肿瘤内微生物啊，可以抑制免疫反应，哎，促进这个炎症反应，炎症反应就是我们的免疫细胞在杀灭肿瘤细胞引起的一个反应啊，并且和化疗相互作用，从而降低其疗效，也就是说它有一些抗耐药性。啊，有一些耐药性。哎，硫对微生物的一个，呃，以下的一个促进癌症发生发展的一个途径呢，大家了解一下。大家了解一下啊，这些知识了解一下这个将来如果大家从事微生物主学的一个方向，哎，这些就要非常精通了啊，但是现阶段大家了解即可，第一个就是突变啊，突变第一节课讲过了，第二个就是激活致癌途径，就和前面提到的一样，它优先去探路来形成这个肿瘤前转移的一个生态位。呃，第三个就是促进慢性炎症，炎症越快越好，还是越慢越好，哎炎症是我们人体免疫在杀灭外源微生，呃外源一个抗原杀灭这个非人体一些，呃异物的时候啊，它的一个反应，它越强力说明我免疫力越强，但是如果越慢的话，哎比较慢。

那样的话就会很容易肿瘤发生转移啊，就哎免疫力就跟不上啊。最后一个补体系统和启动转移啊，是启动转移，就是前面提到生态位补体系统是什么。哎，补充。补充它那个就是他缺失的东西啊，这个系统也是非常重要的啊。这个流程呢，大家简单看一下，哎，我们第一节课和第二节课讲这个，哎，突变和这个veloc斯ity的时候强调过这个BIM文件的问题。I文件啊，首先拿到之后呢，我们诶。经过比对，哎，形成BA文件，BI文件之后呢，其中大部分的一个序列啊，是我们人体的一个序列。对吧，因为我们测的是人体细胞嘛，那么微生物和我们人体存在一个共存的状态，那么有没有一些这个瑞子是微生物来源的呢？

哎，很明显有，哎很明显有这个时候呢，我们的拜母文件可以分成两部分，一部分呢，就是我们人体哺乳动物细胞的一个社序的一个RA。哎，另一部分就是和我们人体细胞共存的微生物的，哎，基因片呢，哎，他的瑞子等等等等，哎，我们拿到这个BIM文件之后呢，首先经过比对，大家比对啊都是那个，如果做单细胞空间的话，都是这个HG38，比对完之后呢，这个睿智比对到基因组的哪个地方，诶比对到基因组的一个哪个哪条染色体上哪个地方，它的基因是什么，哎，这个半文件都有体现，我们拿到之后呢，还有一大部分睿是这个非人体的。哎，非是人体的啊，这个时候呢，第一步要干嘛。把这个人体的这个位子啊给它去除掉，用专业的话讲叫去除数组来源的哎测序，哎序列，就是说我们为了研究微生物，首先要把微生物和人体共存中的人体的这些测序片段，哎给它单独的拎出来。

这个时候呢，去比对微生物序列。哎，比对微生物序列，然后呢，接下来就是一些很多的一个研究了啊，很多的研究了，我们研究微生物的种类，哎研究微生物的一个分布状态啊，当然空间就要研究空间的分布状态，包括它和他们微生物内部，哎有什么供定位现象，它和我们正常细胞，哎是什么哎，怎样的一种定位状态等等等等，哎，通过这种哎gatk它的一个检测。哎，我们就知道了微生物有哪些。哎，他的一个状态是什么。哎，不同条件下状态有怎样的一个变化，包括它的分类，大家都知道微生物有非常多的一个种类，哎，我们要分好类，包括原核呀，真核呀，呃，各种各样的一个分类啊。哎，分类好之后呢，我们检测微生物的一个序列，从而得到我们微生物，诶，很详细的一个分布信息，这个信息就非常详细了啊，当然这些文件啊，大家回头可以看一看，包括这个分类文件啊。

哎，我们后续再讲流程的时候，会稍微提到他啊。接下来呢，是哎，微生物的一个一些文章，在文章中的一些应用啊。哎。补体系统是先天免疫系统的一部分，主要功能是通过溶泡、吞噬以及介导炎症来清除入侵的病原体啊，大家以后要那个多了解了解啊，微生物对于我来讲，微生物主学其实也是一个非常重要的方向啊，但是我接触的不多啊，只了解到一些基础的，只了解到它和空间的一些内容啊。包括他在和空间联合发表文章的时候，看过一些啊，其中有一些微生物啊，肿瘤的微生物，它会驱动肿瘤的抑制性，这个已经是共识了。就是说我们肿瘤的抑制性啊，一方面是基因表达，呃，另一方面是突变，另一方面是什么？还有个微，还有个微，呃微环境呃三个方面，其中呃3个方面，其中还有第4个方面就是微生物微环境。

不同的微生物啊，也会导致我们的肿瘤有一些诶抑制性的体现啊，也会有一种选择性的压力，选择上的压力导致了他为呃，为了这个哎，这个哎，癌细胞啊，为了适应环境哎，调整自己的表达状态，或者说调整自己的进化方向。哎，来适应整个的一个环境，哎导致了肿瘤抑制性的一个，哎变多，抑制性一旦变多。哎，抑制性一旦变多怎么办？哎，对他的治疗就成了一个很大的难题了，因为我们一次性一旦增强之后啊，无论我们怎么治疗，都只能针对其中的一部分。比如说我们在对肿瘤细胞分了群之后，分了5个群对吧，呃，5个啊，就算是抑制性有5类吧，我们在治疗的时候啊，通常只能针对其中的一类治疗，这个时候呢，另外四类就获得选择上的优势，哎，它就会哎极大的哎占据这个原本这个被治疗的这个区，呃，被治疗这个癌细胞所在的一个，呃位置以及它的环境占用了它的一个资源。

啊，等等等等，导致了肿瘤并不仅没有消灭，哎，反而哎，有了更加严重的后果，包括这个扩散啊，等等等等啊。哎，这就是肿瘤在治疗方面啊，一个很大的一个难题啊，往往是我们解决了一个问题之后啊，又会产生一些新的问题啊。所以说各个主角需要联合起来。哎，联合起来，无论是基因主学，转录主学，蛋白主学，还有微生物红金主学等等，都要联合起来综合的考虑这个问题啊，现在呢，还没有到综合的地步，还是在各个方向进行研究，哎，基因主学研究基因主学，哎，转录主学研究转录助学等等。这个地方呢，就是呃，微生物可以增强抗肿瘤免疫，还可以降低啊，降低的这个方式啊，大家了解一下即可啊。嗯，肿瘤，哎，前面提到了在肿瘤治疗方面啊，哎，肿瘤治疗方面虽然有靶药研究，但是靶药的可选性很少啊，主要还是化疗和放疗。

哎，但是流内微生物啊，对化疗和放疗啊有不同的反应，嗯，有可能会产生耐药和复发。哎，肿瘤微环境不仅会影响抗肿瘤治疗的一个疗效，而且在诱导抗肿瘤药物耐药方面啊，也有关键的一个作用，嗯，在基因组学，尤其是突变的一个方向，哎有一些靶向药物，靶向药物在研究的过程中也会发现，哎微生物对这个靶药的疗效。也有一些，哎，不一样的反应。哎。除癌细胞外，其他的细胞类型也会影响耐药性的一个产生，哎，其实说白了还是我们人体是一个复杂的统一体哎，牵一发而动全身。单一因素，呃，研究出来的成果很容易被这个复杂的因素所干扰，哎，导致它并没有那个哎很好的疗效，这也是现在为什么大研究那个类器官。哎，比较多的一个原因就是类器官，我们研究了一个药物，哎，先用类器官试一试，哎，这个时候才会是逐步走向临床啊，因为类器官模拟的就是我们真实的人体的一个环境啊，虽然它不能真正的代表我们的环境，但是已经尽量在模拟了。

嗯，但是随着现在研究啊，慢慢流，那微生物里头研究的，哎，有一些已经非常研究的非常明白了，但是相对于我们庞大的一个微生物种群来讲。哎，还是冰山一角啊，是冰山一角，这个方向还是有很大的未知啊。哎，接下来就要聊来聊到我们。接下来就要来要聊到我们关于这个微生物，关于我们空间的一个内容了。首先呢，我们来讲第一部分就是说我们空间暖炉组到底能不能诶检测微生物呢。哎，能不能。我们都知道空间现在分为好几个平台，第一个是什么？哎，就是这种原味平台，第二个是什么，像这种。哎，微这种高通量平台。而这种高通路网平台又分为两类。一类呢，就是补利抛补利捕获这个poly a尾的这样一个捕获po AV的这样一个技术。像这种哎，新鲜的组织样本，哎，一般都用这种技术捕获，还有另外一种呢，像FFP的这种，哎，探针法捕获的这个。

哎，单纯法捕获这个转录本的这样一个技术。那么这三种技术能不能捕获转录？呃，捕获这个微生物呢？首先我们来看原味，大家如果在接触过原味哎，之前接触过原味，或者呃，见到过一些公众号之后啊，会发现原味怎么。很多时候原位都是一些，哎，他设计好的panel加上一定的这个基因的数量，叫DIY啊，就是可以自行设计。很多人在设计的时候，就把这个微生物的这个固定序列给设计进来啊，从而捕获他想要的一个微生物的一个分布。啊，也就是说原味平台来讲，是可以捕获到微生物的。哎，这个时候呢，不过因为微生物啊，哎，如果大家了解过微生物的检测之后啊，微生物也有panel这么一说，就是TNGS。哎，有一些微生物比较重要，哎，它会专门把它，诶给它固定序列，给它提取出来，看看它的一个空间分布状态，和我们正常的细胞的一个分布状态啊。

哎，这个是原位平台。哎，其中在文章中已经有了很好的应用了啊，像这个文章里面，你看它就就用这种原位平台。哎，已经把微生物各个地方所占的一个位置以及空间分布状态都已经拿到了。哎，这是原味平台的啊，包括这个你看到看到没。哎，肿瘤。重6。哎，肿瘤内部确实分布着很多的一个微生物，通过这种原位平台的检测，就可以检测到微生物在不同的肿瘤内部啊，它的一个分布状态是什么？哎嗯，进一步哎，帮助我们认识这个，哎肿瘤的一致性，哎不仅从基因组角度，哎从转录组角度，还要从微生物角度来分析它这个一次性分布啊，这篇文闸发到了那时候指导大家看啊。呃，那么对于我们这个普通的这种平台，哎，刚才提到了原味是可以的，那么VM可不可以捕获这种poly味的，可不可以呢？

在这篇文章啊，这也是这篇文章，这个图呢，呃，也是上面那篇文章的一个，他说他在用这个高通量的平台的时候啊，哎，用了一个，用了一个非常巧妙的技术。首先呢，用RSCO，哎，这个就是原位。哎，原位先检测这个地方到底有没有含有很多的一个微生物。哎，如果有的话，把这个区域给它切出来，去做这个非增。哎，去做这个V总高通量平台，哎补货之后呢，用poly AV补货对吧，Poly AV捕货呢，首先呢和HG38级精币对。对吧，比对完之后干嘛。比对完之后呢，很多的睿智已经明确的告诉你，哎，这个是比对到人的基因组上了，但是还有很多的瑞是没有比对上的。哎，没有比对上的是吗？哎，去比对微生物去。哎，从而拿到了，既拿到了转录组的一个信息，也拿到了基因组表达的一个信息，啊，其中呢，有一个疑问。

啊，有一个疑问，就是说我们的这个微生技术能不能捕获到这个微生物序列呢？啊，当然文章发了我们都知道能补货到。呃，捕获到的原理是什么呢？是不是因为poly a伟？大家都知道啊，我们正常的人体微生物呢，哎，我们正常的人体微生物呢，大部分都是原核生物。联合生物它的一个转录本的一结构呢，当然5撇端也有帽子，3撇端呢，很少有这种poly a的。很少有这种poly a的啊，就是很短的序列啊，几乎都没有，呃，正是因为它有一些微生物啊具拥有这个很短的一个序列。哎，导致了这个。某些微生物，哎，表达量高的微生物，它可以被捕获到，捕获到之后呢，就会形成这样一种状态。哎，我们就可以拿到每种微生物它的一个空间分布了。哎，空间分布了啊，这是文章发表的一个图啊。

哎，大家可以看一看每种微生物，它这个空间分布状态，包括在空间的哎哪个点内，哎，它的含量比较高，含量比较低等等等等啊，这就是我们这个第二种平台，就是微生M平台捕获的一个原理，它可以捕获到一些微生物，哎这些微生物呢，通常在poly a.就是A的尾端有一些短的这个诶po利T序列哎，供po利A也能够结合相补货等等等等啊，当然还有一些非特异扩张带带来的一些位置啊。嗯，讲了，这是讲了前两种平台了，还有一种平台，例如例例如这种fip的这种探针法的一个补货平台，可不可以补货呢。啊，原则上是可以的，原则上也是可以的啊，但是前提你是要把这个微生物的固有序列设计到这个探针之中才可以啊。呃，目前石生并没有设计啊，当然了，下一步他们会不会设计我也不知道啊，估计是会的，因为确实微生物它，呃，大家如果对石成公司非常了解的话，它的研发能力是非常强的啊，一直在不停的扩散扩展自己的产品啊，现在把单细胞空间已经做到这个非常完善了。

哎，包括这个HD啊，高精度啊，包括这个V啊，包括Z啊等等等等，哎，他下一步计划肯定会进一步把钱投到研发之中，哎，那么这个方向呢，也是一个很好的方向，如果他能用这种探针法捕获微生物，哎，把微生物固有的，比如说16S的一些固有的序列，也涉及到它的探针序列中，用来捕获。哎，很明显会有一个更好的一个效果啊。最后呢，给大家提一句这个关于胞内微生物的一个问题，我们每个细胞胞内有没有微生物？哎，正常是有的，哎，正常是有的，呃，但是被包内微生物啊，它的捕获就更加的麻烦了，首先单细胞技术可以把单个细胞哎捕获到，对吧，捕获到它的转录本信息等等等等，呃，但是包内微生物啊，大部分都是原核生物，它的抛利也会很短。

哎，几乎是捕获不到的，这个时候也需要用探针法的一个方式，哎，把探针设计到它的一个尾端。大家都知道它这个，哎，它大家都知道，它这个结构序列是这样是吧，READID1READ2U mi poly a为对吧。哎，这个尾端成为这个关键了，如果这个尾端能设计成结合微生物16S的一个片段，哎，它就能捕获到这个包内微生物了，当然现在它还没有设计啊，当然这这些技术革新不知道师生哎会不会做啊，不过现在有一些公司正在朝这个方向努力研发。哎，努力研发就是我们要捕获包内微生物的一个。哎，片段，哎，现在呢，还停留在实验室阶段，哎，也就是说已经有一些，哎科技组啊，公司啊等等可以做到，哎，对微生物进行一个捕获，每个细胞内它的微生物含量有多高，哎，有多低是可以做到的。但是哎，没有商用啊啊，所以大家听到的很少啊很少。这就是关于微生物和我们的单细胞空间转入组些研究的一个现状啊，现状。

我们休息5分钟吧，休息5分钟我们来看看代码部分，好吧。休息5分钟，我们来看看我们的代码部分，哎，大家有什么问题可以在聊天框里写啊，聊天框里写我们5分钟后回来，好吧，休息5分钟。

它怎么区分？胞内和胞外的单细胞可以区分啊，单细胞捕获的不就是单细胞吗？哎，但是空间空间上一般，哎，空间上一般都是包外的啊。

啊，微生物组学确实一个非常好非常棒的方向啊，非常棒的方向。你刚才不是说有包内的吗？啊，单细胞是包内啊，不是说了吗？这不写这个，这个PPT已经展示了吗？这个微生物是在包内存在的。黄类微生物啊，对于单细胞来讲，这是一个方向啊。很多公司在研发。啊，不知道大家对这个公司的呃，售后系统了不了解啊。呃，大家身边有人做这个空间微生物吗？有吗？包外怎么检测？你要包外就得靠空间技术啊，单细包不行啊，包外绝对靠空间技术。大家身边有人做这个空间微生物吗？哎，应该是没有啊，应该是没有，从我知道这个空间转录组开始检测微生物到现在啊，大概是一年半的时间。这个售后啊，一共就做过4次。

啊，一共就做过4次。嗯，至于为什么做的这么少呢？原因也很简单，第一个是什么？啊，一般客户也就不要求做这个，没有这个意识，说我要做个微生物，没有意识啊，没有说法。啊，就是说我做了空间，比如说我做了肠道，或者做了这个，呃，组织啊，乳腺癌啊等等，我做个微生物检测，检测一下，看看微生物的空间分布，几乎没有客户提这个需求。哎，为什么，因为客户不知道。第二个是什么，哎，可呃，一般公司也不推啊。这种超高性的，呃，超高的个性化分析些公司一般都不推啊。就推一些常规的个性化，比如说大家常见的什么轨迹啊，通讯啊，联合什么节卷机啊等等，大家都知道的这种常见的推一推啊，像这种空间微生物的这种具有超高性啊，超高的个性化分析啊，公司也不推。还有一个是什么。哎，废物。呃，大家做这个单细胞，呃，如果大家在公司做过售后啊，它那个售后的价格大家应该很有感觉啊，如果说你拿到数据之后啊。

哎，拿到数据之后，呃，请另一家公司做，呃，一般单细胞的一个单细胞啊，以单细胞为例，它的标准分析报价应该是单样本是5000。哎，单样本是5000啊，也就是说你有10个单细胞样本，光标准分析，哎，就已经5万了。啊，这还没到那个呢，如果你再做一些什么啊，细胞定义啊，通讯啊，轨迹啊等等，哎，费用会更高，而且很多时候不能只做一次，比如说细胞定义。做一次肯定不够，可能要做好几次，呃做好几次之后，如果说呃做一次细胞定义，呃下游的什么通讯啊，轨迹就做一遍这种，哎呀售后费用累加起来啊。非常的夸张。哎，这也是为什么现在呃是个性化分析，哎，做的越来越少的一个原因啊，但是大家少啊，像那种普通的像monco啊，什么3TRA啊，他的让公司做一下，做一下他的售后费用大概也就停个停留在一两千两三千的一个。

像一些比较难的时候。哎，比如说这个。啊，比如说这个什么呢，比如说这个英孚CV，还有velocity这种涉及到一个多矩阵的一个问题的时候啊，哎会稍微贵一点，哎会上到五六千七八千这样一个样子。很少有个性化分析。社会啊，能有上万。但是这个空间微生物检测售后分析是上万的啊。这还是仅仅是检测了微生物的一个空间分布，哎，它的售，它的售后费用就上万了。哎，这还不包括下游的，比如说我想研究微生物和细胞的固定位现象。哎，微生物之间的一个共定位，微生物的一个网络空间网络等等这些再加上这些时候费用非常夸张啊。为什么会这么贵呢？第一个，哎，就像刚才提到的，每个人研究的方向比较专一，你像我我就研究单细胞空间的转入组，哎多一点，对于微生物研究呢，我就不是很精通，我只知道它能检测到这个微生物，比如说检测到这几种微生物。

那这几种微生物到底有什么用？其实我研究的并不深，那怎么办呢？哎，我就得去找一个懂微生物的人对吧，让他给我解释解释，哎，这些微生物到底干嘛的？诶，为什么在这儿，和肿瘤有什么关系等等等等。哎呀，就得专门，这就要跨部门合作了。哎，一旦涉及到跨部门啊，它的这个成本就会高很多啊，高很多。还有个什么？啊，底层逻辑也很费劲啊。做这种超高性个性化时候，小公司是做不了的啊，必须找大公司，大到什么程度呢？像华大诺河这样才可以，因为检测微生物的时候，前面提到了微生物有很多种。诶，美国公司呢，自己构建了一个微生物的一个数据库。哎，这个数据库是不对外公开的，每个公司都不对外公开。哎，我们如果想要检测这种微生物的公布状态，那必须要哎，运用人家的微生物库，对吧？

公司内部哎，虽然大家都是同事，哎，但是业务线之间哎往来的时候啊，也是要有利益的，对吧，我用一些人家的微生物基行主库，哎，就要给人家多少多少钱对吧？哎这种的时候呢，费用自然就会更高了，大家知道微生物把人的，把这个人体的微生物所有的基因组放在一起，需要多需要多大嘛。啊，至少200个T啊，相当夸张啊，相当夸张。哎，这就是为什么现在做的比较远啊，这个微生物组学啊做的非常少的原因，直到现在啊都没什么人做啊，确实费用很夸张，一般人确实哎hold不住啊。能检测病毒寄生虫吗？哎，都可以啊，都可以，但是费用非常夸张啊，像病毒它也有固定序列对吧，你要用那个Z平台可以把它设计进来。哎，微总平台它在捕获poly AV的时候可能捕获不到，但是像那种探针法的那种，呃，现在补用在FFP那种技术上，哎，也是可以捕获到的。

呃，包内包外能不能，呃，说的再清楚一点，区别。包内啊，其实包内其实就和这个PPT一样。一般在检测单细胞技术的时候，就是运用于单细胞的时候，会检测胞内，因为胞外已经不知道了。哎，明白吧，也就是说我们在捕获单细胞的，呃，捕获单个细胞的时候，连着的把一个细胞内的一个微生物寄存的一个状态也给他捕获到了，只不过呀，我们的poly a为捕获转录本去了，哎，他这个信息丢掉了，哎，将来可能会涉及到一堆探针啊，把这个专门的包内微生物诶给他捕获的，不过现在还不要实现啊。但是很多微生物啊，大部分微生物啊，还都是和我们细胞存在一个共存的状态，就是它是包外的。哎，包外的这个时候需要借助空间的技术，哎，空间的技术定位到它呢，哎，把它给捕获到。哎，明白吧。就是说空间来讲，哎，大部分都捕获的是包外包内的单细胞可以捕获到，但是之前啊，在一家公司的时候有研发过。

一个细胞的胞内微生物啊，很少啊，几乎都检测不到。而且。而且大家也要明白一个道理。包内微生物。哎，它的分布量是很少的。而且微生物的种类非常庞大，你到底该设计哪个微生物的这个探针去捕获呢？哇，这个研发成本相当夸张啊，总不可能几百万都去试一下吧，绝对不可能啊，只能去测试一些常见的，哎，当然常见的很多，就它存在固定的位置是吧，那个的应用的局限性就非常高。所以说现在这个包内微生物啊，还是那很多技术，还是那种爆的技术，就是把一个组织揉成一块，哎，去检测一下啊，像这种空间的精度已经相对比较高了，但也没有达到这种，哎，非常高啊，大家都知道这个微ISM么？啊，它是55μm对吧。哎，它不是单细胞精度，像这个像这个这种平台，哎，原位平台，哎，它虽然是单细胞精度，但是通量太低了，这种还得专门的设计，哎设计这个微生物的碳酸来捕获它，哎这种就也很烧钱啊，这都是烧钱的东西。

好了，看看我们的代码。啊，首先呢，我们来了解一下我们的这个瓣膜剑啊，这个瓣膜剑已经给大家看过很多次了啊。大家拿到这个10成的BIM文件之后啊，就会告诉大家，大家这个比对结果基本上都拿到了。哎，包括它是哎，比对到哪个染色体上，哎，哪个位置多少个麦刺上了，这都有这个信息。哎，拿到这个BI文件之后，大家我相信大家诶，慢慢的就会理解到了那个矩阵怎么产生的。哎，矩阵怎么产生的，第一个。他有这个8扣的。对吧，这个8扣的，哎，第二个有u mi.

哎，都在这个半五块钱体现了。当8CODE和u mi都拿到的时候，哎，就会判断这个睿置是不是有效的，哎，这个是车距质量。诶，那个啊，这个一是测距质量一太低了啊，一般要大于30啊，也就是说这个值如果大于30，说明是个有效的位置，它比对到了染色体的这个位置。哎，这个这位者的基因是什么？哎，稍微注释一下，就把它统计成一了，如果有相同的统计成23456，哎，这样的话就会得到每个八口的。哎，UMF.U mi, 通过这两者信息呢，就把它这个捕获到的位置给它统计出来了，从而形成我们想要的那个。哎，进行8分的矩阵。哎，就是这么来的啊，如果大家能力很强的话，这个BM文件拿到之后，自己写个Python脚本都能把它统计出来啊，只不过统计出来的时候很可能先统计这个染色体，哎，位置。哎，这一个，然后巴扣的矩阵，然后呢，通过这个a nova软件注释一下，就能拿到这个基因巴的矩阵了啊。这个时候呢，很多这个0。

0是什么意思啊，就是比对没比对上。哎，很多这个瑞智啊，没有比对上怎么办呢？哎，这个时候呢，就会涉及到前面提到的那个啊，有些瑞智可能是非人这个哺乳动物细胞来源的，可能是微生物来源。哎，我们下游的时候，前面提到过，第一步要去除数组的DNA，数组的DNA就是那些高比对的，比如说刚如果这个地方是超过30的话，哎，这个质量也还可以的话，包括它是8口的u mi拿到之后啊，这些睿智啊，都把它归类为这个数组，就是我们人体的一个测序的序列。把这些低哎比对不上的，哎，质量质量测序还可以的，也有这个8库的u mi的哎，8库的u mi的这些瑞子啊，通通归类为另外的就是可能是微生物来源的瑞。而这个Java PAS的一个做法呢，就是这样的，先把这个呃，人人人员的这个剔除掉，然后来。把这些非人员呢，就是这些持续质量为这些这个比对质量为0的，哎，去比对微生物基因组去了。

哎，大家如果看过这个。JTK.大家如果看过这个软件的话啊，对这个突变啊，有多有多多少少有些了解的话。哎，他告诉了大家一个详细的方法。天啊。哎，他会告诉大家一个详细的方法，哎，详细的方法其中呢，大家如果看过这个软件的话，他会，哎，告诉大家一个详细的方法，这里面提到了一个，哎，首先我们要输入BIM文件，对吧，就是刚才提到的。啊，第二个是干嘛，哎，去除这个人员的一个数组啊，第3个要干嘛，准备微生物参考序列。哎，这个微生物参考序列前面提到了，如果你涉及了100种，就把100种都放进来，如果涉及了几万种，就把几万种都放进来，其中这个它的一个示例啊，给到的是这个大肠杆菌的一个。

参考大肠杆菌的，只参考了一个啊，只参考了一个，当然我们真正做分析是不能只用一个的。哎，不能只用一个的，需要一个很多的一个微生物，哎主库啊，如果大家做单细胞的一个空间，是一个大公司，比如说像诺河一样，它有微生物业务线，哎，他会专门构建这个微生物主库，里面有很多的这个微生物信息，包括感染信息，各种数据物信息都有，哎，我们你像我，呃，一般客户找我做这个。哎，空间微生物的这个检测的时候啊，啊，我一般都要拜托人家去帮帮我做一下啊，把人用人家的库调用一下啊，当然内部要，哎这个售后的费用也要分人家一部分，导致这个费用是比较高的啊。哎，然后呢，通过这种检测，哎，代码其实非常简单，通过这种检测呢。哎，就会拿到这个微生物比对结果，哎，就是我们这个这个地方，哎，大家可以看到，如果说我们比对的是微生物啊，比对的是微生物基因组，比如说这个瑞子，哎是非人员的比对是微生物基因组，这个地方就不会再写染色体一二三了。

这个地方就会写到你准备好的那个微生物的那个基因组的那个名称，比如说我写的大肠杆菌后面跟了一堆大肠杆菌的基因组序列，哎，这个地方就开始写大肠杆菌了。那么真正的代码是什么样子呢？哎，是这样的，我们拿到这个10成的V字母文件之后啊。哎，就开始跑我们的结果了。啊，这个结果呢，其实跑起来非常的麻烦啊，非常的多，首先我们拿到这个拿到这个结果之后啊，拿到这个实成的微字母结果之后呢，它会提供给我们BIM文件，对吧？哎，这个就是BIM文件刚才提到的那种格式啊，就是类似于这种格式。首先呢。通过这个Java。哎，这个pay的这个流程。把整个的一个哎，人员的先替掉，然后把剩下的哎给它比对出来这些参数啊，大家可以回头看一看，都是一些常见的参数啊，如果大家做微生物的话，对这个流程应该哎。

不是很陌生啊，当然我自己也做，所以我的那个我对他也有一定的了解，哎，经常会用它，就和大家用到的这个一样。哎，用到这样，其实这个命令都是差不多的，哎不需要怎么改，它是一个Java流程，就是传参就可以，不像要大家写什么multiple salestra, 还是自己写脚本这种的，哎不需要啊，不需要。比对完之后呢。哎呀，这个过程非常的复杂啊，非常的复杂，如果我们的微生物设计了100种。哎，比对大概需要多久呢？哎，需要大概3天。哎，两三天，因为前面你要先比对人的基因组，再比对这个微生物基因组，哎，需要两三天啊，这个时间非常的长，还有一个是什么呢。哎，和我们的种类有关，如果我们做的种类不知道。

哎，比如说我做了一个肿瘤，我不知道里面含有什么微生物，哎，哪些是高频的，哪些是低频的，怎么办呢？哎，怎么办呢？只能把尽量有可能的微生物都放进来，可能会放几千种上万种，这个时候如果借助微生物业务线，它的一个主库啊。啊，记住微信问他们的一个基因组信息啊。哇，这个比的时间就更长了，非常的长了，特别长。哎呀，非常的麻烦，这个比对过程非常麻烦啊，呃，因为它本身微生物，呃，虽然每个微生物的基因组哎比较短对吧，只有我可能和人当然没法比，但是他圣代数量多呀，真的是非常的多啊，然后在比对的时候呢，对他的这个16S序列来进行一个比对，当然有的人很聪明啊，就是提到了每个S，每个物种的16S序列单独拿出来，但是这种的做法也不是。啊，也不是很推荐啊，也不是很推荐，因为前面提到了我们的这个正常的这个poly a捕货的时候啊，补货的是什么？哎，抛抛离T和抛离液相结合嘛，微生物有些转录本啊，它在比对的时候，哎，可以有这个抛离AV，哎就可以把它抓到，抓到之后呢。

哎，它的那个转录本序列不一定是16S序列，哎，很可能是他表达的序列，这个时候在，哎比对的时候必须要用全基因组比对。哎，这个过程就相当麻烦了，相当麻烦。嗯，这个脚本如果大家有条件的话，可以回去试一试啊，代码其实非常简单，就那么个命。哎，拿到之后，哎拿到之后呢。干嘛？哎，就是刚才提到的。I vw.唉呀，就会拿到这个这种也类似于这种的比对信息啊，这个地方换成了这大家的微生物啊，这个微生物，哎，比如说大肠杆菌啊什么的微生物，哎，包括比对质量有多少个比对上了，哎8扣的u mi信息都拿到了，都拿到之后怎么办？

和单细胞基因8个矩阵的形成，哎，做法是一样的，统计就可以了。哎，统计就可以了，只不过大家大家看这个BIM文件有多大。多大？这还是个小的啊，这还是为了演示我下了个小的，这才多的多少细胞？5000细胞。对吧，如果大家大家如果说是那个，哎，像这个空间来讲，空间的这数据量啊，虽然没有单细胞那么庞大，哎，但是呢，它只有5000个sport，但是大家一般占不满啊，一般也就两三千个样子，哎，那个时候对他进行一个比对啊，会比这个5000的稍微快一点。稍微快一点。哎，但是对这个饱和度有，呃，有有要求啊有要求。不能直接比对红金组得到的微生物的BM吧，哎，不可以啊，必须要把必须要必须要把这个。嗯，必须要把这个人员的基因组剔除了才可以啊，人员的基因组剔除了才可以。

其实这个参数你会改吗？我看啊，你是指哪个呀。这个是吗？哪个70。哎，这个是什么意思。C, 哎，就是跳跃的睿啊，这个一般啊，一般说的稍微啊，就是60就可以了啊。就60就可以了啊。啊，当然了，这些睿智啊都呃，大家根据经验会调整一下啊。嗯，只检测感兴趣，为什么不能只做一个微生物啊？啊，也可以也可以啊，但是这个微生物需要探针设计啊，你要需你需要对它的微生物有很深的了解，比如说这个基因组的，哎，固定序列都有哪些，哎，你知道的，然后设个单金济去用这种，哎，原位平台是可以的啊，是可以的，这个完全可以啊，只不过这个poly a维这种的啊，那你就控制不了啊，它只能补货了，对吧，控制不了啊，你像那个FIP那种也是探针法的补货那个也可以啊，不过那种的得等10成人家研发出来啊。

我们自身研发能力是有限的啊。这个必须要先比对到人的瓣膜啊，把人的速度序列去除掉之后，再去比对到这个微生物序列啊。嗯，这个B哪一步去除人呢，其实去除人啊，不用大家去除，它已经标注了。啊，这个标注了，如果它测序质量很高。啊，比如说大于30啊，这个是是序人啊，所以比比如说这个是30啊，比对到基因组了，哎，比对到他的位置了，哎，多少个呃，全麦之上了，这个默认就是人员的。哎，明白吧，这个默认就是人员的。啊，只有这种像这种质量为0的，质量为0是什么意思呢？就是比对的位置比没比对上。哎，明白吧，没比对上，那很可能是微生物来源了，这个时候在比对的时候就会对它进行一个参考啊。

哎，然后呢，就是和大家刚才提到的一样啊，提到的一样，怎么样统计对吧。统计，哎。Buck口的知道，哎，U mi知道对吧，这个地方是微生物，哎名称就开始统计了，哎这个buck口的就是这个，哎port空间来讲这个叫sport，这个sport，哎捕获了这个微生物，哎有一个高比对的一个瑞子。它的u Ms, 它哎，把它统计为1，如果下一个拥有同样8扣的一个。哎，序列。啊，U mi不一样，也捕获到了这个微生物，哎，也是这个高高质量比对，就把它统计成2，啊，这样一步一步统计出来。哎，统计出来这个时候需要大家有点功利了啊，这里面这个脚本可以大家可以做一个参考啊，我也是参考别人的啊。哎，参考了一些文献，包括问了一些微生物它的一个。哎，微生物他们是怎么干的，诶稍微参考了一下，其实就是统计啊统计，因为微生物啊，它有一个专门的统计软件，但是那个统计软件是用来针对那个book的。

就是说这个地方并没有8扣的信息。啊，就是全都统计上了，只要比对了u mi不一样，哎，就是123456统全统计上了，以报的这种方式统计，但是我们这边统计呢，需要一个更加精细的，用用用这个8口的这个统计，所以这个复杂度啊，是要比微生物稍微高一点的，哎，当初和他家，当初和他们交流了一下，哎，用这个8口的u mi进行一个统计，统计它的数量。统计它的数量之后呢，用这个脚本，哎，封装了一个脚本啊，用法呢就是这样的。呃，借鉴了一点文献的用吧，也借鉴了一下，呃，微生物他们流程的一个做法。哎，就是说我们前面比对到这，把这个比对完之后呢，哎，用这个脚本呢，把它统计出来啊统计出来哎。呃，综合了各方面的一个信息，把它统计出来啊。统计完之后呢，呃呃，当然了。哎，会生成一个新的矩阵。

哎，就是我们的8扣的微生物取证。哎呀，我生活矩阵了，哎呀这个反正这个过程啊，非常的复杂，我反正是做了一次售后，这种售后之后，我再也不想做了，非常的复杂啊，非常的复杂，而且需要团队合作啊，一个人是干不了的。呃，尤其是这个，呃，在收集这个微生物基因主库的时候啊。啊，你要有公司有这个专门的业务线还好，嗯，比如说有个专门的业务线。嗯，就是微生物叶物线，它还好，它已经很多东西都现成的了，哎，你用一下就可以，你如果说是一个像这种单一的，比如说只做单细胞的公司，像新构研巡院只做单细胞空间的，这个时候你要想分析这种多助学啊，这种公司是做不到的啊，他们做不了，只能依靠诺和华纳这种超大型公司，哎，各个业务线非常健全，各种数据库非常健全的情况下。才能做这种高强度的一个分析啊。啊，包括我现在所在的公司啊，他一般呃，前面提到过公司一般对这种超高的个性化呀，不推。

啊，不推浪费呃，因为需要大量的资源嘛，不是很推，只有在一些诶大客户很重要的客户的时候，哎，领导会偷偷告诉你说，哎，这个客户很重要，哎，他说做什么你就做什么，你不用在乎其他的。就可以了，哎，这个时候才会。上强度。把这些哎，把这些本系列课程所讲到的所有内容啊，开始详详细细的跟客户讲啊，包括每一步都要开始做啊做。哎，这个就是得到的一个矩阵，大家觉得在公司层面啊，对于合作项目，其实每个人做的并不多啊，每个人做的并不多，尤其是你像我一般也就带一个或者两个。公司对你的要求就是1~2个，哎，合作项目你带着就带着就可以了，但是公司的项目有多少呢？一年起码几千个啊，也就是说绝大部分都是那种建顾测序标准分析的内容，相相当于说大客户才哎用到这种超高的个性化，而且需要调用很多的资源，哎，前面提到了。

嗯，很多分析啊，大家当然自己做。呃，觉得很容易，什么什么rete啊，Monica啊等等这种烂大街的一个分析啊，大家可能都会了啊，但是一旦涉及到多主角啊，哎呀，每就不是一个人能搞定的事儿了，需要一个团队合作了。哎，这个就是拿到的一个举证。大家如果有条件啊，有条件。嗯，有条件可以做一做，还有刚才那位同学如果提到的那个。哎，提到的那个就是说我只对单一的微生物感兴趣，哎这个做法可能有没有一些简便的做法呢？哎，有怎么办呢。大家都知道啊，在这个时成比对的过程中啊，它有一个HG38的一个参考。哎，参考的一个。就是那个参考的那个。文件夹里面有基因序列，也有这个基因的注释文件，对吧，如果大家只对某一个微生物感兴趣，对吧，可能是影响我们生物学很重要的一个内容啊，这个时候干嘛。

哎，我把这个基因参考基因组里面放到哪儿了，我忘了。对，HD38。SA, 大家在比对的时候啊，它有这个，比如说这个基因组文件对吧。哎，染色体1是吧。到了反正一些，呃，还有一些其他片段的，当然每个地方都有。哎，每个地方都有，这个是基因的发射的A文件，还有这个基因的注释文件，呃呃，染色体的发射的文件，还有基因的注释文件，支付文件就是GTF。哎，GDF, 哎，这个染色的1啊华为啊基它在哪个位置，基因的ID是什么？如果，哎，刚才那位同学说我只对某一个微生物感兴趣。怎么办呢？

把把那个微生物的基因序列插到这里面。插到这个fast a里面。插到最后。哎，就类似于这种，呃结构。我们来看，我们来看一下。哎，就类似于这种结构啊，就类似于这种，这就相当于是个微生物了。哎，这就相当于是个微生物了，哎，它的名字就叫它原本的这个微生物名字就可以。哎，这是它的一个基因度序列，哎，把它插进来，插进来之后呢，第二步干嘛？呃，注释文件你也要搞定啊，你不能光插，光插序列没有注释文件也不行啊。哎，这个时候干嘛，参考它的序列。哎，我们参考的写，比如说这个。那挺大是吧。我1.6斤算了。嗯，好，我们来看一下，我们参考着他写，比如说这个序列。哎，他这个基因是吧，我们就参考这些，比如说我们是大肠杆菌一考。

哎，然后这些都抄就行了。啊，全序列啊，这是都是外显子啊，我们要比对嘛，都写外显子基因就写1。哎，到它的一个第二个写什么，它的全长。哎，比如说我的大肠杆菌仅有2万的长度，那就2万。哎。DRDRDR2，然后基因ID自己起个名字。哎，照抄。改成大家想要的那个区域，比如说基因ID啊。然后。哎，比如进ID我就起这个。一点cog对吧。哎，把整个都都改掉，基因版本随便写啊，不用管转录本呢，哎，也写自己起个名字啊，也是1CALL里的，反正把这个呃，你想要的信息啊，把它的这个序列插进来，把它的这个基因注册信息自己伪造一个。

哎，就可以捕获到这个微生物的一个序列信息了，啊，这个时候就会拿到这个矩阵，只不过这种适用于这个你只检测1~2个胃肠。你太多了，你就不行了，你太多了你就得必须上这个JTK流程了，JTK主要是来做突变的，但它也检测微生物，你就得上这个流程了。哎，如果说你用100，呃，比如说啊，你有100个微生物，你把这100个基因组全部插进来，它的比对速度会非常的低啊，相当的低啊，可能你本来两天就能比对完，你比对了一周，哎，发现还没完呢，因为它差的序列太多了，他比对啊很慢，这个时候呢，你必须借助他这个，哎，我们的这个。JTK的的力量获得它的一个蓄力。来获得它的一个序列，大家也要注意它其中的一个不同啊，不同哪里不同呢？第一个。如果我们用纯做哎基因组的序列，它的BIM文件其实没有这些什么B口的u Ms信息的。

哎，8口的信息肯定是没有u mi, 有的有啊，因为要标记这个重复的时候会有u mi信息。哎，这个时候统计出来是一个样本，只有一列值，但是我们这个空间样本啊，因为有8口的信息，所以统计出来是一个矩阵。哎，拿到这个矩阵。拿到这个矩阵啊，这个矩阵拿到之后就干嘛，哎，可以放回到这个，无论是Python版的这个H5AD对象，还是放到这个，哎，Threat对象里面，就可以分析得到各种各样的这个微生物的空间分布的状态啊，进一步大家可以分析什么，哎，微生物和我们细胞的供定位啊，微生物它的一个微生物之间的共定位啊，微生物的一个网络呀，甚至更进一步研究微生物和细胞类型的一个互助。哎，代谢物互助，哎，这个前面提到过啊，代谢物有通讯效果的啊，那这样的话，对它的一个认识就更上了一个层次了。嗯，这就是多组学的一个研究，哎，大家也都慢慢感受到了多组学啊。

是既难又耗资源。啊，相当费劲啊，相当费劲，做一下都费劲，像我做了单细胞空间5年了吧，啊，反正我每次做这个微生物我也头疼啊，我也头疼，到目前为止总共做了4次啊，做了4次。哎，每一次做出来啊。都是我和另外一个，我就叫上另外一个那个微生物的总监，就是生信总监，我俩一起，哎给这个客户讲，哎这个微生物，哎在这儿呢，它是哪个区域，哎它是比如说肿瘤区域，或者说监视区域，哎这个微生物有什么样的效果，哎它在这个空间，这个位置待着，会有这个肿瘤抑制作用呢，还是肿瘤促进作用，还是怎样怎样怎样的啊这样的话就会形成一个庞大的支持网。啊，庞大的知识网，呃，对于客户来讲，他理解也很有难度，对于我们来讲是做也很有难度，是分是解读也很有难度啊，所以说这种，哎，所以说呢啊，大家如果能做到这种层面，就是既做转录组，又做红基因组，甚至还掺杂着基因组突变的信息。

哎，我可以称之为大家是个人才啊，那就是真的人才啊，当然现在一般人啊，还是在单一主席上研究比较多一点啊。好了，大家有什么问题吗？不用，呃，不就不用浪费比对人的吗？没有用到人的了，什么意思啊？是上不就等于不就等于直接比对微生物嘛，比对它是有一定的算法在内的啊。呃，就是说有的时候比对的时候，比如说比对到人的这个质量值是50，比对到微生物质量值是45。哎，那如何判断是人员还是这个微生物来源呢？哎，它就开始产生混乱了，所以要优先比对微生物啊，优先比对数组，哎，把数组全部替掉之后，保留下一些完全比对不上的去比对微生物啊，比对的时候它很多有那种就是说。

哎，很模棱两可的一个比对结果，前面提到了这个0。哎，是没比对上，但是0还有另一种情况，什么情况呢。比对到了2个位置。就是说一个一条序列，它比对到人的基因组上的两个位置，哎，它也会标记成0，那这个时候到底是对还是错，不知道了，一般就把它扔掉了，如果你再把这个微生物掺杂进来，这种0的情况会更多。哎，所以说呢，一般要比对，先比对数组啊，这个我咨询过那个微生物的那个那个那个。研究所。呃，他跟我提到过这个问题，说比对的时候啊，因为比对的时候都是参考基因组比对嘛，啊，就是基因组比对用b wa那个软件比对，像转录组比对是这种star对吧，比对的算法逻辑是不一样的，哎，所以会导证一定的结果，有一些偏差，像我们这个BIM文件是10乘自带的star软件比对的。

哎，但是微生物呢，哎，比对的时候运用Java自带的那种比对的软件了，哎，本身算法就存在一定的冲突，如果再不进行精细的调整，很多结果就是假阳性了，明白吧。啊，当然前面提到了，如果我们只对某一种微生物感兴趣，哎，插到这个。嗯，下或者special re这种的。哎，插到这个10SPACE认知里面，哎，让他去比对，哎，这个也是可以的，统一用star比对，这是可以的啊。现实核实一种情况是先star比对到人，然后b wa放到P。哎，对啊，对于我们单细胞空间来讲是啊，当然还有其他方向，比如说基因组，人家用这个不用是wa的也是b wa也可以啊，也可以要根据实际情况进行一个选择啊。要根据实际情况去进行选择。哎，讲这个。哎，哪儿去了？哎，讲这个Java这个流程的时候啊。

其实软件的开发者，他就他就提到过这个问题。哎，是不是要去逐个数组啊。哎，要不要去数组，事实证明必须要去啊，没有办法必须要去啊，去完之后才能用这种剩下的瑞子去比对红金组啊。没得到红基因组拿到的信息才是有效信息啊，当年我在读研的时候，我的同学有做红基因的，我问过他，但是那个时候啊，他也是，他也不懂啊，我就更不懂了，然后专门聊了一会儿，然后请教了他的老师，他的老师说必须要去啊。不需要额外去除人员啊，人员其实如果你比对好之后啊，哎，刚才已经强调过了，比对好之后，他已经告诉了，比如这条位置已经高质量比对上了。对吧，已经告诉你了，它是染色体1是吧，它存在哪个位置，哎，已经告诉他了，这已经是一个标记了，就是说它已经是数组了。已经是比如当然这个0它不是数组啊，比如说这是60，质量很高，哎，它已经是数组了，其实它已经形成一个标记了，再比对的时候就不会比对它明白吧。

哎，明白吧，就是说你先一步比对，比对数组的时候，已经给了他一个标签了，哎，我是高质量比对到人员的一个位子，哎，再去比对这个微生物瑞子的时候，哎，它就默认把这都跳过。哎，高质量就跳过了，不比了。0还找90迈吃啊，比对质量和测序质量，我们要像这种90迈吃的。哎，比对是0，那说明什么啊，说明它比对到了两个位置，这种情况居多啊，比对到2个位置，那没办法没法判断，那只能标记成0了啊。很多是这样的啊。好了，我们，哎，这节课就到这儿就差不多了啊，代码我会发给大家，大家如果有能力可以试试啊，但是前提要记住啊，必须上服务器，而且是大算力服务器啊。不要用自己电脑跑啊，光一个BI文件几十个G啊，跑一下就够费劲的啊，必须用服务器啊，如果大家有能力啊，当然很多情况还是只关心一到两种微生物，哎，那就用那种插入这个c range者参考基因组的一个啊，参考基因基因组的一个方式，哎，做更好一点啊。

那是的比例吧。哎，对。