如何在Redhat中配置R环境
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1.文档编写目的
R是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。其功能包括：数据存储和处理系统；数组运算工具（其向量、矩阵运算方面功能尤其强大）；完整连贯的统计分析工具；优秀的统计制图功能；简便而强大的编程语言：可操纵数据的输入和输出，可实现分支、循环，用户可自定义功能。本文档主要讲述如何在Redhat中使用源码方式编译安装及配置R的环境。
那么如何在CDH集群中配置R的运行环境？如何使用R开发分析处理CDH集群数据？等等，我们继这篇文章之后在后续的文章都会进行说明。
- 内容概述
1.安装前准备
2.R源码编译
3.R环境变量配置
4.R代码测试
- 测试环境
1.操作系统：RedHat7.2
2.采用sudo权限的ec2-user用户操作
3.R版本3.4.2
4.Rstudio版本1.0.153
2.安装前准备
1.安装编译器
sudo yum -y install gcc
sudo yum -y install gcc-c++
sudo yum -y install gcc-gfortran2.许多R包依赖Java，需要配置Java的环境变量
JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.7.0_67-cloudera
CLASSPATH=$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tool.jar:$CLASSPATH
PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
3.安装R编译需要的依赖包
sudo yum -y install readline-devel
sudo yum -y install libXt-devel
sudo yum -y install bzip2-devel
sudo yum -y install xz-devel.x86_64
sudo yum -y install libcurl-devel
sudo yum -y install texinfo.x86_64 texlive-pdftex-doc.noarch tex texlive-scheme-basic4.下载R源码
下载R源码至服务器
[ec2-user@ip-172-31-21-45 ~]$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.4.2.tar.gz
--2017-10-06 10:14:49-- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.4.2.tar.gz
…
2017-10-06 10:15:00 (6.85 MB/s) - ‘R-3.4.2.tar.gz’ saved [30255544/30255544]
[ec2-user@ip-172-31-21-45 ~]$ 
3.R源码编译
1.将R-3.4.2.tar.gz压缩包解压至当前目录
[ec2-user@ip-172-31-21-45 ec2-user]# tar -zxvf R-3.4.2.tar.gz 
2.进入R-3.4.2目录执行命令进行配置
[ec2-user@ip-172-31-21-45 ec2-user]# cd R-3.4.2
[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# sudo ./configure --prefix=/usr/local/R-3.4.2 --enable-R-shlib
显示如上截图则表示配置成功。
3.配置成功后，执行如下命令进行编译并安装到指定目录
[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# sudo make && make install
至此已完成R源码的编译及安装。
4.R环境变量配置
1.编辑/etc/profile文件，在文件末尾增加如下内容
R_HOME=/usr/local/R-3.4.2
PATH=$R_HOME/bin:$PATH
2.执行如下命令，使环境变量立即生效
[root@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# source /etc/profile3.验证环境变量是否配置成功
[root@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# echo $R_HOME
[root@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# R
如上图示则表示R环境变量配置成功，且能正常使用。
5.R代码测试
如下测试代码主要描述使用Spark2的local模式计算本地文件aaa.txt的行数。
1.Rstudio代码运行效果
2.将test.R文件在Linux服务器上运行
library(sparklyr)
sc <- spark_connect(master = "local", spark_home = Sys.getenv("SPARK_HOME","/opt/cloudera/parcels/SPARK2/lib/spark2"))
count_lines <- function(sc, file) {
spark_context(sc) %>%
invoke("textFile", file, 1L) %>%
invoke("count")
}
count_lines(sc, "file:///home/ec2-user/aaa.txt")
spark_disconnect(sc)
print("Hello R")
3.在命令行运行test.R文件
[root@ip-172-31-21-45 ec2-user]# Rscript test.R 运行结果：
6.常见问题
问题一
configure: error: in `/home/ec2-user/R-3.4.2':
configure: error: C++ preprocessor "/lib/cpp" fails sanity check
See `config.log' for more details
解决方法：由于c++编译器的相关package没有安装导致
[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum install gcc-c++问题二
checking for main in -ltermcap... no
checking for main in -ltermlib... no
checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no
configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
解决方法：由于需要依赖readline-devel包
[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install readline-devel问题三
checking for Fortran 77 libraries of fc...
checking how to get verbose linking output from gcc -std=gnu99... -v
checking for C libraries of gcc -std=gnu99... -L/usr/local/lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5/../../.. -lgcc_s
checking for dummy main to link with Fortran 77 libraries... none
checking for Fortran 77 name-mangling scheme... configure: error: in `/home/ec2-user/R-3.4.2':
configure: error: cannot compile a simple Fortran program
See `config.log' for more details
解决方法：由于需要依赖gcc-gfortran包的缘故
[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install gcc-gfortran问题四
checking for wctrans_t... yes
checking for mbstate_t... yes
checking for ICU... no
checking for X... no
configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available
解决方法：需要依赖libXt-devel包
[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install libXt-devel问题五
checking mmap support for zlib... yes
checking for BZ2_bzlibVersion in -lbz2... no
checking whether bzip2 support suffices... configure: error: bzip2 library and headers are required
解决方法：
[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install bzip2-devel问题六
checking whether bzip2 support suffices... yes
checking for lzma_version_number in -llzma... no
configure: error: "liblzma library and headers are required"
解决方法：
[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install xz-devel.x86_64问题七
checking curl/curl.h presence... no
checking for curl/curl.h... no
configure: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https
解决方法：
[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install libcurl-devel 问题八
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
解决方法：
[ec2-user@ip-172-31-26-102 R-3.4.2]$ sudo yum -y install texinfo.x86_64 texlive-pdftex-doc.noarch tex texlive-scheme-basic问题九
configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally
解决方法：
下载inconsolata包
wget http://mirror.lzu.edu.cn/CTAN/fonts/inconsolata.zip 
解压inconsolata.zip，将压缩包内容拷贝至/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex
[ec2-user@ip-172-31-21-45 ~]$ unzip inconsolata.zip
[ec2-user@ip-172-31-21-45 ~]$ cd inconsolata
[ec2-user@ip-172-31-21-45 inconsolata]$ sudo scp -r * /usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex
执行命令刷新sty：sudo mktexlsr或者sudo texhash
[ec2-user@ip-172-31-21-45 inconsolata]$ sudo mktexlsr
mktexlsr: Updating /usr/share/texlive/texmf/ls-R...
mktexlsr: Updating /usr/share/texlive/texmf-config/ls-R...
mktexlsr: Updating /usr/share/texlive/texmf-dist/ls-R...
mktexlsr: Updating /usr/share/texlive/texmf-local///ls-R...
mktexlsr: Updating /usr/share/texlive/texmf-var/ls-R...
mktexlsr: Done.
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原始发表：2017-10-10，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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