100篇泛癌研究文献解读之微卫星不稳定性

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)

发表于 JCO Precis Oncol. 2017;的研究 Landscape of Microsatellite Instability Across 39 Cancer Types. 系统性的研究了TCGA使用WES数据的微卫星不稳定性。

文献解读属于100篇泛癌研究文献系列,首发于:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

微卫星不稳定性与癌症

微卫星不稳定性(Microsatellite Instability,MSI),是指由于在DNA复制时插入或缺失突变引起的MS序列长度改变的现象,常由错配修复(MMR)功能缺陷引起。MSI现象于1993年被Jacobs等人在结直肠癌中首次发现,与癌症发生有关,可用于癌症检测。

结直肠癌(colorectal cancer, CRC)是全球第三常见的癌症类型,约80-85%的结直肠癌由染色体不稳定性(CIN)引起,而另外15-20%的结直肠癌则主要是由MSI引起。

术语表:

MSI诊断检测的方法和应用,包括DNA检测免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)法

根据结直肠癌中MSI被检测出的频率可以将其分为三类

  • MSS,无明显的MSI出现;
  • MSI-L,MSI出现频率低,一般低于30%;
  • MSI-H,MSI出现频率低,一般高于30%。

MSI检测可作结直肠癌预后良好的标志 MSI结直肠癌5年生存率要显著高于MSS结直肠癌,MSI-H结直肠癌比MSS结直肠癌有更好的预后,同时,研究者还发现MSI结直肠癌转化为恶性肿瘤的机率较其他类型低,尤其对年轻的MSI结直肠癌患者来说,治愈机率很大。

MSI结直肠癌及其他类型MSI癌症晚期患者利用PD-1单抗免疫治疗获益较大。因此,MSI检测可用于有效地评估PD-1单抗免疫治疗在癌细胞治疗中的效益。

本研究纳入的数据量

研究者使用自己实验室的算法 MANTIS 来计算各个样本的 MSI得分,分布如下:

根据得分判断某个癌症里面的MSI-high (MSI-H)样本数量的百分比:

以0.4位阈值看不同分组的Kernel密度,如下,典型的3个癌症展示:

比较MSI-high (MSI-H)样本和其它样本

不出意外,MSI-high (MSI-H)的突变数量要多:

而且突变特征也很明显的差异:

后记

本研究也属于比较传统的找到生物学意义的基因集来对肿瘤进行分组,然后有了分组, 就可以进行各种各样的比较,数据分析也比较容易复现出来。

当然了,如果你想超脱于他们的泛癌计划已经发表的研究,那么就非常有必要跟着我读完这100篇泛癌文献!

详见我的100篇泛癌研究文献解读目录:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

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原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2019-05-29

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