SBB：土壤真核微生物群落空间上的变化大于时间

Link:

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071720301395

到目前为止还没有对洪泛区土壤微真核生物进行研究。

这篇文章很简单，根据洪水动态(地形到河的距离和海拔)，分为6种生境：砾石、草、柳树丛、混交林、柳树林和牧场。

每个生境取4个plot，每个plot在春夏秋冬四个季节各取一个样，共96个样。

1380f/1510r引物扩增V9 SSU rRNA region，研究真核微生物。

只说两个结果：

1. 分解多样性。

之前介绍过一些方法：

adespatial：分解beta多样性的另一种选择

R——分解beta多样性betapart包简介

再论betapart

将beta多样性分解为物种增减和丰度替换分别带来的beta多样性。

本文研究时间和空间的相对重要性，首先按照加法原则将总的gamma多样性分解为alpha和beta，其中beta再分解为时间和空间贡献的部分。

Alpha为每个季节每个plot的平均ASV数量；

季节beta（betaT）为单个plot一整年总ASV/每个季节平均ASV；

空间beta（betaS）为一年内一种生境所有plot总ASV/一年内每个plot平均ASV。

总gamma = alpha+ 季节beta +空间beta

2. 用indicspecies包的multipatt计算指示物种。

关于指示物种，之前已经介绍过：

Indval:计算指示物种

indicspecies:计算物种与样本之间关系的强度与生态位宽度

看完脑子里一堆问题：

取样深度是多少？

同一生境不同plot之间距离是多少？不同生境之间距离是多少?

这些距离都不写清楚，而结果中空间beta比例那么高？比alpha都高那么多？无法理解。

用DADA2处理数据得到ASV。细菌可以用DADA2是已经验证过的了，但是其他类型的微生物用DADA2，Deblur这些单碱基核酸精度的方法是否合适?

最后，为毛这也能发SBB？为毛我的文章SBB审都不审？？？

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一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士，深受拖延症的困扰。想给自己一点压力，争取能够不定期分享学到的生信小技能，亦或看文献过程中的一些笔记与小收获，记录生活中的杂七杂八。

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