生化小课 | 常见的二级结构具有特征性的二面角

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生化小课

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常见的二级结构具有特征性的二面角

α螺旋和β构象是多种蛋白质中主要的重复二级结构，尽管在某些特殊蛋白质中还存在其他重复结构（例如胶原蛋白，见图 4-12）每一种二级结构都可以通过与每个残基相关的二面角φ和ψ来完整描述。Ramachandran图是由G.N. Ramachandran引入的，是将特定蛋白质结构中观察到的所有φ和ψ角可视化的有用工具，通常用于测试三维蛋白质结构的质量。在Ramachandran图中，定义α螺旋和β构象的二面角落在空间允许结构的相对有限的范围内(图4-8a)。已知蛋白质结构的φ和ψ的大部分值落在预期的区域，如预测的那样，α螺旋和β构象值附近浓度较高(图4-8b)。唯一经常在这些区域之外的构象中发现的氨基酸残基是甘氨酸。由于Gly残基的侧链很小，它可以参与许多其他氨基酸在空间上禁止的构象。在这些区域之外的构象中经常发现的唯一氨基酸残基是甘氨酸。由于其侧链较小，甘氨酸残基可以参与许多其他氨基酸在空间上禁止的构象

Principles of Biochemistry

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