scPlantDB——探索植物细胞类型和标记基因的综合数据库

文章：He, Z., Luo, Y., Zhou, X., Zhu, T., Lan, Y., & Chen, D. (2024). scPlantDB: a comprehensive database for exploring cell types and markers of plant cell atlases. Nucleic Acids Research, 52(D1), D1629-D1638. https://academic.oup.com/nar/article/52/D1/D1629/7252671

植物的单细胞亚群是非常缺乏成熟的标记基因的，这个scPlantDB——探索植物细胞类型和标记基因的综合数据库，试图弥补这一点。网站：https://biobigdata.nju.edu.cn/scplantdb

文章收集了来自 17 个物种的 67 个 scRNA-seq 数据集的总共 2,546,778 个细胞，这些数据集采用七种不同的 scRNA-seq 技术（其中超过80%使用的10X平台），最后得到了 259 种细胞类型相关的 229,551 个标记，如下所示：

搭建这个网页工具数据库的生物信息学流程如下所示 ：

数据统计：

最后是与现有数据库的对比：