上传测序数据到CNCB数据库（国家生物信息中心）

测序数据可以上传 到CNCB（China National Center for Bioinformation，国家生物信息中心） ，是中国自己的数据库，直接替换NCBI。由于其相比于NCBI，很多功能并未被许多学者所熟知，因此，这里我们带大家了解一下这一数据的使用！

一、官方网址

https://www.https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub/https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub/

二、注册用户

点击Login，进入注册界面，如果你找不到，那么直接进入这个网址：https://ngdc.cncb.ac.cn/account/register?service=https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub/login

如实填写即可(注：全部是英文填写，以及邮箱必须可以收到邮件，下一步需要验证)。提交注册后，24h内在邮箱上确认一下就可以了。

三、登陆

注册完成后，返回主页面登录账号，登录后界面如下：

四、上传数据

点击Genome Sequence Archive，进入数据上传界面

4.1 创建BioProject

首先点击“BioProject提交入口”，创建BioProject文件；

点击新建BioPrject，在这里可以修改相关信息，系统默认是你注册时的信息，修改后点击保存 并进入下一步；

五步内容填写完毕后点击提交，提交以后的状态如下图所示。

更多具体操作，请看教程：你可以查看BioProject教程

4.2 创建BioSample （多个生物学样本）

点击创建新建BioSample（https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub/submit/biosample/list），进入BioSample创建界面；

根据提示依次填写信息，但值得注意的是，在批量样本提交（Batch BioSamples）模式（推荐）下需要我们上传样本的汇总新表；

不会填写的话，先下载案例，案例非常清晰，基本不会出现问题；

填写完成后，点击提交即可。

4.3 提交GSA数据（原始RNA-seq)

完成BioProject和BioSample申请后，可开始上传GSA数据库。准备好原始数据，一般以.gz或者.bz2为后缀。首先返回BIG Sub, 再次选择Genome Sequence Archive，进入原始数据上传界面。三步操作法归纳如下：

新建GSA：

根据提示，依次填写内容。在第三步需要上传元数据文件信息。我们现将填写模版和案例下载下来。

Exprement中的信息填写：

第一列 ID 必须是以E字母开头的，例如E1、E2、E3......；BioProject accession 是与BioProject建立联系，填写第一步申请通过的PRJCAxxxxx号；Biosample name 必须与申请Biosample的sample_name一致；其他 根据测序平台或提示信息对应填写。

Run中测序文件和MD5码信息录入：

Illumina平台测序数据格式一般都为fastq文件（支持gzip和bzip2压缩格式）。MD5校验一般测序后公司会给MD5软件，自己将测序原始数据导入，自动生成一下就可以。

数据准备后即可上传，上传后点击校验，查看数据上传是否成功：

如果哪一列所填信息不正确，系统会识别出来，并给出错误提示，我们按照这个提示将表格信息补充全即可。

下一步，选择上传方式，这里我们选择FTP方式上传数据：

① 勾选FTP选项，并记录FTP上传提示（图3）。

②建立连接。打开软件，填写主机信息为“submit.big.ac.cn”，用户名和密码与GSA数据库的登录账号邮箱和密码一致。点击“快速连接”，状态栏显示登录成功。

③进入上传目录。登录成功后，“本地站点”选择需要上传数据对应的本地路径，“远程站点”中，点击GSA文件夹，进入GSA目录（不要把文件上传到根目录下，这样后台处理程序将扫描不到上传的文件）。

查看上传速度，远程站点的目录中出现相应的数据，表明数据传输成功。

上传数据至GSA目录中，推荐每批数据建一个子目录存放数据。

上传成功后，点击进行下一步

上传完成后可对信息再次检查，确认无误后提交，耐心等待审核吧！是不是很简单呢，欢迎大家留言哈！