Microbiome新成果揭示东非蝙蝠与啮齿动物的多种新型病毒

2024年4月，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在《Microbiome》发表。该研究题为“Substantial viral diversity in bats and rodents from East Africa: insights into evolution, recombination, and cocirculation”，研究团队对在东非地区采集的近1300份蝙蝠和啮齿动物样本进行了宏转录组测序，揭示了这些野生动物中的病毒多样性，重组和跨地域传播特征。

本研究的Clean data和病毒基因组序列数据均已存储于国家基因库生命大数据平台（CNGBdb），项目编号分别为：CNP0003101和CNP0004728。

蝙蝠和啮齿动物等野生动物在人畜共患病原体的传播中扮演着重要角色。非洲国家分布有丰富的野生动物种群，也是动物源新发传染病发生的热点地区。调查非洲野生动物种群携带病毒的种类、分布并探究其进化和传播规律，是预警和预防未来潜在流行病威胁的重要手段。然而，前期研究对东非国家潜在疫源野生动物病毒本底数据信息的掌握仍较为有限。

在中-非中心合作框架下，中国科学院武汉病毒研究所与深圳华大生命科学研究院、昆士兰大学和肯尼亚国家博物馆等单位合作，开展了肯尼亚和乌干达两个东非国家蝙蝠和啮齿动物的病毒组调查研究。

本研究使用的蝙蝠与啮齿动物样本的种类与分布

东非蝙蝠和啮齿动物病毒多样性

研究团队共鉴定到蝙蝠或啮齿动物携带的251种RNA和DNA病毒，其中87%为新病毒，揭示了东非地区野生动物病毒高度的遗传多样性和特异性。值得关注的是，在埃及果蝠中发现了与人类II型副流感病毒和人类软疣病毒相近缘的病毒，这些发现不仅对于理解这些病毒的起源具有重要意义，也为研究它们的传播机制提供了关键线索。

此外，该研究显示冠状病毒和圆环病毒在与细胞入侵相关的蛋白上有着高度的多样性和频繁的重组。进一步分析揭示了病毒群落中频繁发生重复突变、不同病毒型别的共感染以及地域间的病毒流动，这些因素共同促进了多样化的自然病毒群落，为理解病毒如何在不同生态系统中传播提供了重要信息。

东非哺乳动物病毒与动物宿主间的网络关系

该研究成果为揭示东非地区蝙蝠、啮齿类等重点疫源野生动物宿主的病毒谱提供了全面的基因组和生态数据资源，也为包括非洲在内的全球病毒多样性研究领域提供了新的数据和视角。

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中国科学院武汉病毒研究所石正丽研究员、华大生命科学研究院李俊桦研究员、昆士兰大学Sheila Ommeh教授、肯尼亚国家博物馆Bernard Agwanda研究员以及华大生命科学研究院肖敏凤副研究员为本文共同通讯作者。

该研究得到国家重点研发计划（2021YFC2300905、2021YFC0863400）、广东省高通量基因组测序与合成编辑应用重点实验室项目（2017B030301011）、国家科技重大专项（2018ZX10101004001001）、中国科学院中-非联合研究中心项目（SAJC201605）及中国科学院国际伙伴计划项目（151542KYSB20200010）的支持。

参考文献：

Wang, D., Yang, X., Ren, Z. et al. Substantial viral diversity in bats and rodents from East Africa: insights into evolution, recombination, and cocirculation. Microbiome 12, 72 (2024). https://doi.org/10.1186/s40168-024-01782-4