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生化小课 | 酶影响反应速率,而不是平衡

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尐尐呅
发布2024-07-26 16:42:10
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发布2024-07-26 16:42:10
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文章被收录于专栏:国家基因库生命大数据平台

酶影响反应速率,而不是平衡

一个简单的酶促反应可以写成

其中E、S和P表示酶、底物和产物;ES和EP是酶与底物和产物的瞬时复合物。

要理解催化作用,我们必须首先了解反应平衡和反应速率之间的重要区别。催化剂的作用是提高反应速率。催化剂不会影响反应平衡。(回想一下,当反应物或产物的浓度没有净变化时,反应处于平衡状态)。任何反应,如 S ⇌ P,都可以用反应坐标图(图 6-2)来描述,这是反应过程中能量变化的图示。如第 1 章所述,生物系统中的能量用自由能 G 来描述。在坐标图中,系统的自由能与反应进程(反应坐标)相对应。正向反应或逆向反应的起点称为基态,即在给定条件下平均分子(S 或 P)对系统自由能的贡献。

S 和 P 之间的平衡反映了它们基态自由能的差异。在图 6-2 所示的例子中,P 的基态自由能低于 S 的自由能,因此反应的 ΔG′° 为负值(反应是放能反应),平衡时 P 多于 S(平衡有利于 P)。

有利的平衡并不意味着 S → P 的转换会以快速甚至可检测到的速度进行。反应速率取决于一个完全不同的参数,即 S 和 P 之间的能量屏障。该屏障包括反应基团排列、瞬时不稳定电荷形成、键重排以及反应向任一方向进行所需的其他转化所需的能量。图 6-2 和图 6-3 中的能量 "山 "就说明了这一点。要发生反应,分子必须克服这一障碍,因此必须提升到更高的能级。在能级山的顶端有一个点,在这个点上衰变到 S 或 P 状态的可能性相同(都是下坡)。这就是过渡态,通常用双匕首(‡)来表示。过渡态不是一种具有显著稳定性的化学物质,不应与反应中间体(如 ES 或 EP)混淆。它只是一个转瞬即逝的分子时刻,在这个瞬间,键的断裂、键的形成和电荷的发展等事件都已进行到精确的点,在这个点上,衰变为底物和衰变为产物的可能性是相同的。

基态能级与过渡态能级之间的差值就是活化能 ΔG‡。反应速度反映了活化能:活化能越高,反应速度越慢。降低活化能可提高反应速率。可以通过升高温度和/或压力来提高反应速率,从而增加具有足够能量来克服能量屏障的分子数量。另外,也可以通过添加催化剂来降低活化能,提高反应速率(图 6-3)。

催化剂不会影响反应平衡。方程式 6-1 中的双向箭头说明了这一重要问题:任何催化 S → P 反应的酶也催化 P → S 反应。酶的作用是加速 S 和 P 的相互转化。酶在此过程中不会被消耗,平衡点不受影响。然而,当存在适当的酶时,反应达到平衡的速度会更快,因为反应的速率会增加。

本章开头介绍的反应过程:蔗糖和氧气转化为二氧化碳和水,可以说明反应速率和活化能之间的关系:

这种转化是通过一系列单独的反应进行的,ΔG′°非常大且为负值,平衡时蔗糖的含量可以忽略不计。然而,蔗糖是一种稳定的化合物,因为蔗糖与氧气反应前必须克服的活化能屏障相当高。蔗糖几乎可以无限期地储存在有氧气的容器中而不发生反应。然而,在细胞中,蔗糖很容易在酶的催化下通过一系列反应分解成 CO2 和 H2O。这些酶不仅能加速反应,还能组织和控制反应,使释放出的大部分能量以其他化学形式回收,供细胞执行其他任务。分解蔗糖(和其他糖类)的反应途径是细胞产生能量的主要途径,该途径中的酶可使反应序列在生物学上有用的(毫秒级)时间范围内进行。

任何反应都可能有几个步骤,涉及称为反应中间体的瞬态化学物质的形成和衰变。反应中间体是反应途径上具有有限化学寿命(长于分子振动,约 10−13 秒)的任何物质。当酶催化 S ⇌ P 反应时,ES 和 EP 复合物可视为中间体,即使 S 和 P 是稳定的化学物质(方程 6-1);ES 和 EP 复合物占据反应坐标图中的谷值(图 6-3)。在酶催化反应过程中,通常还存在其他不太稳定的化学中间体。因此,两个连续反应中间体的相互转化构成了一个反应步骤。当反应中发生几个步骤时,总速率由活化能最高的步骤(或多个步骤)决定;这称为限速步骤。在简单的情况下,限速步骤是 S 和 P 相互转化图中能量最高的点。实际上,限速步骤可随反应条件而变化,并且对于许多酶而言,几个步骤可能具有相似的活化能,这意味着它们都是部分限速的。

活化能是化学反应的能量屏障。这些障碍对生命本身至关重要。如果没有这样的能量屏障,复杂的大分子将自发地恢复到更简单的分子形式,细胞复杂而高度有序的结构和代谢过程就不可能存在。在进化过程中,酶已经发展为选择性地降低细胞存活所需反应的活化能,从而提高反应速率。

Principles of Biochemistry

本栏目信息及图片均来源于Lehninger Principles of Biochemistry 第八版,其中文字信息为英文原版的小编翻译/整理版,仅供学习交流使用,欢迎在留言区或私信听课君提供宝贵意见,如有侵权请联系删除。

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原始发表:2024-07-18,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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