前言: Nature 8037 期有一系列关于 ecDNA 研究的文章。 Extrachromosomal DNA:ecDNA。 链接:综述精读 | 癌细胞中的染色体外DNA 链接:Nature | 10万基因组项目的14,778名患者的39种肿瘤类型ecDNA的研究 链接:Nature ecDNA 系列 | ecDNA 如何促进癌症的进化 链接:Nature ecDNA 系列 | 癌细胞中 ecDNA 的协调遗传
Fig. 1: Pervasive transcription on ecDNA drives ssDNA accumulation.
Fig. 2: Transcription–replication conflict creates RS on ecDNAs.
Fig. 3: RS activated S-phase checkpoint and generated vulnerability to CHK1 inhibition in ecDNA-containing tumour cells.
Fig. 4: Oral CHK1i in combination with a pan-FGFRi demonstrates synergistic antitumour activity and inhibits acquired resistance to targeted therapy manifested by ecDNA.
Table 1 In vitro and cellular potency of BBI-2779 and of reference compounds 表1 BBI-2779和参考化合物的体外和细胞效力
Table 2 Pharmacokinetic parameters of BBI-2779 indicate that it is well tolerated in mice 表2 BBI-2779的药代动力学参数表明其在小鼠中耐受性良好
抗体和试剂
抗体
化学品
细胞培养
GRO-seq(全称Global Run-On sequencing)是一种用于检测活跃转录区域的高通量测序技术。
总RNA文库制备
KAS-seq 文库制备
ChIP–seq文库制备
免疫荧光和DNA荧光原位杂交染色
PC3-DM和PC3-HSR细胞系的验证
ecDNA 结构分析
复制梳分析
位点复制梳状分析
彗星-荧光原位杂交
细胞活力测定
TUNEL(末端脱氧核苷酸转移酶介导的dUTP缺口末端标记法)
Annexin V 染色
显微镜和图像分析
RS分数计算
RS 得分 1
RS 得分为 2
两种方法
CRISPR实验
西方印迹法
使用 AlphaLisa SureFire 检测试剂盒检测磷酸化 CHK1 Ser345
激酶HTRF生化检测
磷酸化RPA32 S8免疫荧光高内涵成像
异种移植
异种移植样本的拷贝数分析
量化和统计分析
报告摘要