我以为是膀胱癌的单细胞，结果是“盐”膀胱

最近刷了一篇单细胞文献，本来呢以为是膀胱癌的单细胞，结果是“盐”膀胱：

“盐”膀胱的单细胞转录组

第一层次降维聚类分群如下所示，这些单细胞亚群我都是不认识：

第一层次降维聚类分群

我认识的不同单细胞亚群以及对应的基因主要是：

• 间充质细胞的细分亚群情况
• 软骨相关单细胞亚群的标记基因
• 单细胞亚群的关键基因背诵不下来肿么办
• 内分泌器官胰岛的细分单细胞亚群
• NK细胞的单细胞层面细分亚群
• 呼吸道上皮各个单细胞亚群的层级结构
• 内皮细胞细分亚群
• 髓系免疫细胞细分亚群
• B细胞细分亚群
• 乳腺上皮细胞单细胞亚群
• 肝上皮细胞单细胞亚群
• 肺上皮细胞单细胞亚群
• 结直肠上皮细胞单细胞亚群
• 胃上皮细胞单细胞亚群
• 肾上皮细胞单细胞亚群

文献对各个亚群的特异性基因也让人奇怪，但是展现方式还是大家熟悉的：可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法，下面的5个基础函数相信大家都是已经烂熟于心了：

• VlnPlot(pbmc, features = c("MS4A1", "CD79A"))
• FeaturePlot(pbmc, features = c("MS4A1", "CD79A"))
• RidgePlot(pbmc, features = c("MS4A1", "CD79A"), ncol = 1)
• DotPlot(pbmc, features = unique(features)) + RotatedAxis()
• DoHeatmap(subset(pbmc, downsample = 100), features = features, size = 3)

可以看到这些基因基本上有两个体系，我只能说是让人工智能大模型来帮助我了。根据我提供的描述和搜索结果，以下是关于单细胞亚群及其对应的特异性基因的详细信息：

1. Meristemoid Mother Cells (MMC):
   • **基本螺旋-环-螺旋蛋白 (bHLH)**：LOC110732543 是拟南芥中的一种bHLH蛋白的同源基因，它在簇4中特异性表达，被认为是MMC的标记基因。
   • MUTE：LOC110727789 是另一个与MMC相关的基因，也在簇4中特异性表达。
   • **TOO MANY MOUTHS (TMM)**：LOC110698887 是一个受体样蛋白，其突变体在拟南芥茎中的气孔模式形成中表现出缺陷，它在簇4中特异性表达，并作为MMC的标记基因。
   • **SPEECHLESS (SPCH)**：LOC110725693 是一个在气孔发育中起关键作用的转录因子，它在簇4中特异性表达，被认为是MMC的标记基因。
2. Mesophyll Cells (MPC):
   • LIGHT HARVESTING CHLOROPHYLL A/B-BINDING PROTEIN：LOC110715346 是一个在簇1、2和5中特异性表达的基因，它编码一个叶绿体蛋白，参与调节MPC中气孔发育。
3. 其他细胞簇:
   • **ATP-binding cassette family G25 (ABCG25)**：LOC110713974 在簇6、7、9、10和11中特异性表达，这个基因家族与跨膜运输过程有关。

这些基因的表达模式揭示了它们在特定细胞类型中的功能和作用，特别是在气孔发育和植物对环境适应性中的关键角色。通过单细胞转录组分析，我们可以更深入地理解这些基因在植物发育和环境响应中的具体作用。

关于藜麦（Chenopodium quinoa）的盐囊（salt bladders）

这是一种特殊结构，位于藜麦叶片表面，具有分泌钠离子（Na+）的功能，以减轻植物受到的非生物胁迫，尤其是盐分胁迫的影响。以下是对这一物种和其盐囊功能的详细介绍：

1. 盐囊的结构与功能：
   • 藜麦的盐囊是植物适应盐胁迫的一种典型特征。这些盐囊位于藜麦叶片的上表皮，通过扫描电子显微镜（SEM）观察，成熟的盐囊由短柄和壶状囊组成，底部较窄，顶部较宽，直径约100微米。
   • 盐囊的发展过程中，未分化的初始囊细胞通过周缘分裂形成前柄细胞和前表皮囊细胞。随后，表皮囊细胞中的囊泡逐渐膨胀，将主要细胞器推向细胞边缘。
2. 盐胁迫下盐囊的发展：
   • 盐囊在成熟或受到外力（如风或雨）刺激后会破裂，排出盐分，从而减少盐分对植物的伤害。研究表明，经过NaCl处理后，Mesembryanthemum crystallinum L.（另一种研究盐囊的模型植物）的盐囊中Na+浓度显著增加。
   • 对于藜麦，150 mM NaCl处理后，藜麦的盐囊数量增加，且藜麦的生长状况比正常条件下更好。这表明盐处理促进了盐囊的发展，增强了藜麦的盐分泌和耐盐能力，最终提高了盐胁迫下藜麦的生长。
3. 氮对盐囊发展的影响：
   • 除了盐胁迫，氮也是调节藜麦盐囊和压力细胞（PC）发展的重要因素。研究表明，盐处理可以促进藜麦盐囊的发展，从而增强藜麦的盐分泌和耐盐能力。
4. 非生物胁迫下的适应性：
   • 藜麦作为一种耐盐植物，其盐囊在调节离子平衡和细胞代谢方面起着至关重要的作用。在非生物胁迫，尤其是盐胁迫下，藜麦通过盐囊分泌Na+来减轻植物受到的压力。

综上所述，藜麦的盐囊是其适应高盐环境的关键结构，通过分泌Na+来减轻盐胁迫的影响，增强植物的耐盐能力。这些特性使得藜麦能够在恶劣的环境条件下生长，尤其是在盐碱地区。

虽然这个数据是公开的

但是这个领域实在是太小众了，全世界应该是都没有几个人研究藜麦（Chenopodium quinoa）的盐囊（salt bladders）吧，我也是第一次听说“盐”膀胱这个概念。数据在：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA016880

单独的一个样品，数据量尚可，文件大小: 51.78 GB，感兴趣的小伙伴可以下载它然后走定量流程拿到了表达量矩阵后做降维聚类分群：

下载它然后走定量流程拿

正常走cellranger的定量流程即可，代码我已经是多次分享了。参考：

• 10X单细胞转录组原始测序数据的Cell Ranger流程（仅需800元）
• 10X的单细胞转录组原始数据也可以在EBI下载
• 一个10x单细胞转录组项目从fastq到细胞亚群
• 一文打通单细胞上游：从软件部署到上游分析
• PRJNA713302这个10x单细胞fastq实战
• 一次曲折且昂贵的单细胞公共数据获取与上游处理
• 只能下载bam文件的10x单细胞转录组项目数据处理
• 不知道10x单细胞转录组样品和fastq文件的对应关系
• 10X单细胞转录组测序数据的 SRA转fastq踩坑那些事
• 10x的单细胞转录组fastq文件的R1和R2不能弄混哦

差不多几个小时就可以完成全部的样品的cellranger的定量流程。

学徒作业

数据在：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA016880，大家试试看走cellranger流程哈：