基于已计算数据的R距离矩阵格式
基于已计算数据的R距离矩阵格式
提问于 2012-10-11 21:15:26
这是我第一次使用R。
我有一个表，有3列和12090行(156个细菌)。前两列是细菌的名称，最后一列是指示有机体之间的相关性的数字(基于一种基因组相似性)。示例为(虚构的数字)：
bacteria1 bacteria2 0.25846
bacteria1 bacteria3 0.35986
bacteria2 bacteria1 0.57896
bacteria2 bacteria3 0.54596
bacteria3 bacteria1 0.23659
bacteria3 bacteria2 0.36528我希望能够将这些加入到某种系统发育树中。我看到'nj‘需要一个距离矩阵来做这件事。如何将其转换为距离矩阵或可用格式？(这些数字已经是距离，所以不应该做任何数学运算)我尝试过as.dist()、as.matrix()和reshape()，但是作为一个新手，我可能做错了所有的事情。(重塑可能就是我需要的。)
或者，如果有人知道如何通过其他方式把它们做成一棵树，那就太好了。
谢谢你的帮助。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2012-10-11 21:30:55
使用库reshape2 (它与base R中的重塑函数不同，我认为它有很多用处
# Load the library (after installing it, of course)
library(reshape2)
# Load up your data - for future reference, it's always helpful to post your data
# with a question. I used dput(x) to generate this structure below:
x <- structure(list(V1 = structure(c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L),
.Label = c("bacteria1", "bacteria2", "bacteria3"),
class = "factor"), V2 = structure(c(2L, 3L, 1L, 3L, 1L, 2L),
.Label = c("bacteria1", "bacteria2", "bacteria3"), class = "factor"),
V3 = c(0.25846, 0.35986, 0.57896, 0.54596, 0.23659, 0.36528)),
.Names = c("V1", "V2", "V3"), class = "data.frame",
row.names = c(NA, -6L))
# Recast it - acast returns a matrix with V1 as the records, V2 as the columns,
# and V3 as the values
distmat <- acast(x, V1 ~ V2, value.var = "V3")Stack Overflow用户
发布于 2012-10-12 00:20:13
听起来你有距离矩阵的上三角部分或下三角部分，但没有维度。(尽管您确定您有156行吗？如果有18种细菌，则应该有choose(18,2) = 153个条目，而不是156个条目。)
假设您的表中确实有153行，您可以这样填充矩阵：
m <- matrix(nrow=18, ncol=18)
m[row(m) < col(m)] <- x # if it's the upper triangular portion或
m[row(m) > col(m)] <- x # if it's the lower triangular portion然后diag(m) <- 0表示对角线。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/12848635
复制相关文章
点击加载更多
相似问题
Spring数据-@修改(clearAutomatically= true，flushAutomatically = true)导致另一个实体不被更新
我可以在接口上使用spring注解吗？
调试时，我可以“跳过”jQuery代码吗？
我可以将注解注入pojo吗？
使用Kwargs时，我可以在Python中跳过参数吗？
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
AI混元助手 在线答疑
关注 腾讯云开发者公众号
洞察 腾讯核心技术
剖析业界实践案例
腾讯云开发者
