问numba的特殊功能
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Stack Overflow用户

提问于 2020-08-16 00:56:54

回答 2查看 3.6K关注 0票数 4

此代码失败：

import numpy as np
from numba import jit
import scipy.special as sp

@jit(nopython=True)
def f(a):
    return sp.xlogy(a, a)
  

a = np.array([1,2,0,1], dtype=float)
f(a)

它给出了以下错误

TypingError: Failed in nopython mode pipeline (step: nopython frontend)
Unknown attribute 'xlogy' of type Module(<module 'scipy.special' from '/home/yair/.local/lib/python3.8/site-packages/scipy/special/__init__.py'>)

然而，我认为它应该有效，因为它说这里 xlogy可能会超载。一个2015年的答复说这是无法完成的(对于其他函数)，但是也许我认为它改变了。

当然，我可以自己实现它，但是最好使用一个已知的解决方案。

编辑:根据Andras下面的建议，我尝试使用numba-scipy。我无法使它工作，并希望得到一些使用的例子。以下是我的尝试--它们都失败了，参见下面的错误：

import numpy as np
from numba import jit
import numba_scipy
import scipy as sp
from scipy import special as spc

@jit(nopython=True)
def f1(a):
    return numba_scipy.special.xlogy(a,a)

@jit(nopython=True)
def f2(a):
    return numba_scipy.xlogy(a,a)


@jit(nopython=True)
def f3(a):
    return sp.special.xlogy(a,a)

@jit(nopython=True)
def f4(a):
    return spc.xlogy(a,a)


a = np.array([0,1,2])

try:
    f1(a)
except Exception as e:
    print('f1 fails')
    print(e)

try:
    f2(a)
except Exception as e:
    print('f2 fails')
    print(e)

try:
    f3(a)
except Exception as e:
    print('f3 fails')
    print(e)

try:
    f4(a)
except Exception as e:
    print('f4 fails')
    print(e)

完整的错误消息：

/home/yair/.local/lib/python3.8/site-packages/numba/core/dispatcher.py:238: UserWarning: Numba extension module 'numba_scipy' failed to load due to 'ValueError(No function '__pyx_fuse_0pdtr' found in __pyx_capi__ of 'scipy.special.cython_special')'.
  entrypoints.init_all()
f1 fails
Failed in nopython mode pipeline (step: nopython rewrites)
module 'numba_scipy' has no attribute 'special'
f2 fails
Failed in nopython mode pipeline (step: nopython rewrites)
module 'numba_scipy' has no attribute 'xlogy'
f3 fails
Failed in nopython mode pipeline (step: nopython frontend)
Unknown attribute 'xlogy' of type Module(<module 'scipy.special' from '/home/yair/.local/lib/python3.8/site-packages/scipy/special/__init__.py'>)

File "example.py", line 19:
    def f3(a):
        return sp.special.xlogy(a,a)
        ^

During: typing of get attribute at example.py (19)

File "example.py", line 19:
    def f3(a):
        return sp.special.xlogy(a,a)
        ^

f4 fails
Failed in nopython mode pipeline (step: nopython frontend)
Unknown attribute 'xlogy' of type Module(<module 'scipy.special' from '/home/yair/.local/lib/python3.8/site-packages/scipy/special/__init__.py'>)

File "example.py", line 23:
    def f4(a):
        return spc.xlogy(a,a)
        ^

During: typing of get attribute at example.py (23)

File "example.py", line 23:
    def f4(a):
        return spc.xlogy(a,a)
        ^

python-3.x

scipy

jit

numba

python

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回答 2

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-08-16 01:03:25

由于您有安装问题，根据评论，我特别建议使用伦巴-枕叶，而不是从numba本身的创建者(链接到pypi)。使用包的第一方扩展总是一个好主意。

你所链接的文件与numba_special有关。如果您查看主页面，您将看到第一个示例：

>>> import numba
>>> import scipy.special as sc
>>> import numba_special  # The import generates Numba overloads for special
>>> @numba.njit
... def gamma_plus_1(x):
...     return sc.gamma(x) + 1.0
...
>>> gamma_plus_1(5.0)
25.0

注意您缺少的import numba_special行。

您还必须先安装南巴-特别。还请注意项目页面上的警告：

安装 Numba特别依靠SciPy和Numba。在Numba发行版中包含了本期的修复之前，必须针对Numba的主分支安装numba_special。

票数 1

Stack Overflow用户

发布于 2020-08-16 01:29:42

您正在从scipy.special调用xlogy函数，实际上，对于@jit修饰函数调用的函数也需要使用@jit修饰。所以，这就是为什么x与f函数和numba抛出错误不兼容的原因。解决办法可以是：

import numpy as np
from numba import jit


@jit(nopython=True)
def myxlogy(x,y):
    return x*np.log(y)


@jit(nopython=True)
def f(a):
    return myxlogy(a,a)

a = np.array([1,2,0,1], dtype=float)
f(a)
>>array([0.        , 1.38629436,        nan, 0.        ])