使用R脚本的Snakemake，错误:找不到snakemake对象
提问于 2021-06-29 20:28:11
我在尝试运行调用R脚本的snakemake规则时遇到问题。相关的snakemake规则如下所示：
rule summarize_transcripts:
input:
lineages = expand("../final/{seq_run}/{exp}_transcript_lineages.csv", exp=EXP, seq_run=SEQ_RUN),
salmon_dir = expand("../salmon_quant_results/{experiment_id}", experiment_id=EXP),
output:
species_counts = expand("../final/{seq_run}/{exp}_sp_counts.csv", exp=EXP, seq_run=SEQ_RUN),
family_counts = expand("../final/{seq_run}/{exp}_family_counts.csv", exp=EXP, seq_run=SEQ_RUN)
shell:
'''
Rscript ./deseq2.R
'''下面是我的R脚本的顶部，它在S4对象调用时失败：
library('DESeq2')
library('tximport')
#Read in dataframe that contains the trinity ID's linked to lineage information
df <- read.csv(snakemake@input[["lineages"]], header=TRUE)库加载正常，错误消息指出：
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, :
object 'snakemake' not found
Calls: read.csv -> read.table
Execution halted我试图将我的依赖项组织在一个conda .yml文件中，它看起来像这样：
name: test_env
channels:
- conda-forge
- bioconda
- r
- default
dependencies:
- star =2.7.1a
- trinity =2.12.0
- samtools =1.12
- salmon =1.4.0
- snakemake
- pandas
- r=4.1.0
- r-essentials
- bioconductor-deseq2
- bioconductor-tximport为什么R不能识别snakemake文档中描述的snakemake输入？我运行的是snakemake版本6.5.1。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2021-06-29 21:41:02
示例使用的是script:而不是shell:，因此请更改为
script:
"./deseq2.R"而不是
shell:
'''
Rscript ./deseq2.R
'''看起来snakemake需要进入脚本来定义snakemake变量，但是它不能使用任意的inject R code命令。只有当脚本文件以".R“结尾时，才会执行此操作
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