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学会这个BBC，你的图也可以上新闻啦！

英国广播公司（British Broadcasting Corporation；BBC）是全球最大的新闻媒体，其中各类新闻稿件采用的统计图表能很好地传达信息。为了方便清洗可重复数据和绘制图表，BBC数据团队用R对数据进行处理和可视化，经年累月下于去年整理绘图经验并开发了R包-bbplot，帮助我们画出和BBC新闻中一样好看的图形。

2022-04-19

4.1K0

R语言学习 - 热图美化（数值标准化和调整坐标轴顺序）

上一期的绘图命令中，最后一行的操作抹去了之前设定的横轴标记的旋转，最后出来的图比较难看。上次我们是这么写的

2022-03-25

2.2K0

微生物组常用数据库国内备份站点来啦！再也不用为数据库无法下载发愁啦！

数据库 sql http r 语言

每一个微生物学组的研究者在分析数据的时候都会遇上各种数据的问题：做16S分析发现数据库定制格式不会，做宏基因组有参分析发现依赖数据无法下载，宏基因组注释分析时用的NT，NR数据库从NCBI下载太慢了，建软件索引时计算资源不足，甚至要担心有一天国际数据库切断了，我们该从哪里下载数据？

2020-10-10

1.3K0

这也太简单了吧！一个函数完成数据相关性热图计算和展示

NGS系列文章包括Linux基础 (PATH和path，傻傻分不清)、R基础 (ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色))、Python基础 (Python学习极简教程)、NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）、图形解读 (可视化之为什么要使用箱线图？)、GSEA （一文掌握GSEA，超详细教程）、WGCNA （WGCNA分析，简单全面的最新教程）等内容。

2020-09-18

2.8K0

单细胞分析Seurat使用相关的10个问题答疑精选！

https 网络安全 r 语言数据分析

作为一个刚刚开始进行单细胞转录组分析的菜鸟，R语言底子没有，有时候除了会copy外，如果你让我写个for循环，我只能cross my fingers。。。。

2020-02-26

2.3K0

微生物组—宏基因组分析专题研讨会(2020.2)

数据分析 linux 大数据 r 语言

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2020年2月14-16日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第七期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。

2019-12-25

1.5K0

这篇5分文章不做实验，纯数据挖掘发现调控乳腺癌细胞增殖与预后的关键蛋白激酶

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/cpr.12741

2019-12-25

5230

R变量索引 - 什么时候使用 @或$

单细胞分析经常用到Seurat包，整个分析过程中的中间结果都在一个Seurat对象中存储。常需要从里面提取对应数据进行后续分析，有时会用$，有时会用@，怎么选择呢？

2019-12-11

1.5K0

微生物组分析 · 进阶

数据分析大数据 r 语言 shell 数据库

数据分析是相同的，通过一个简单的课程理解其中的原理，就可以推而广之，延伸到其他类型的数据分析，如扩增子，转录组，单细胞分析等

2019-12-11

1.4K0

基础篇 | 认识Rstudio

这个是R语言的控制台，Console的名词意思就是操作台、控制台，我们在Source里面写好的命令，点击运行后，都会在这个窗口中运行命令，并且显示结果。

2019-12-10

4.7K0

Matplotlib绘制的27个常用图(附对应代码实现)

r 语言图像处理 python matlab numpy

https://nbviewer.jupyter.org/github/matplotlib/AnatomyOfMatplotlib/blob/master/AnatomyOfMatplotlib-Part2-Plotting_Methods_Overview.ipynb

2019-11-22

9980

R语言一键批量完成差异统计和可视化

关键词：正态性检验；方差齐性；非参数检验；秩和检验；多重比较；带显著性字母柱状图或箱线图

2019-11-07

4.3K2

画图手册 | ImageGP：今天你“plot”了吗？

r 语言数据分析 go

刚刚结束了本年度的最后一次扩增子课程和宏基因组课程（都是爆满，2020年的课程提前开始报名了。就看后面的转录组和单细胞课程的参与度了），数据分析得到的大部分结果都可以用ImageGP绘图展示。在运行流程之余，收到学员的反馈，说希望有一个手册来熟悉网站有哪些功能。在此之前，我们也零星收到一些关于网站的使用咨询和功能建议，因次借这次的ImageGP答疑，来给ImageGP正正名，是的，它不是imagp，也不是imap，更不是GPS（此处有个省略50字的悲伤故事）。它是ImageGP — 画个Picture。

2019-11-07

3.2K0

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节需要写大量代码，而且还要反复修改、预览，很是费时费力。

2019-10-28

3.7K0

R包reshape2 |轻松实现长、宽数据表格转换

r 语言 python 数据可视化编程算法数据分析

https://seananderson.ca/2013/10/19/reshape/

2019-10-24

11.2K0

ComplexHeatmap |理解绘图逻辑绘制热图

r 语言编程算法

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。

2019-10-21

2.7K0

2019年最后一期！你即将错过中科院大神给CNS的专属定制

数据分析大数据 r 语言 shell 数据库

“工欲善其事必先利其器”，没有自己的分析平台，想分析大数据，那怎么能行。宏基因组数据量极大，前期原始下机的大数据想在自己本本上处理还是有难度的。好在现阶段一般的高校、科研院所、课题组都有自己的服务器，即使没有服务器，也可以租用国内的阿里云、腾讯云等服务。现在分析条件拥有了，如何把服务器变成宏基因组分析的利器呢，这是一个非常复杂的专业问题，在这里你马上可以学到！

2019-10-15

1.1K0

你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号（=）的区别吗？

编程算法 https 网络安全 r 语言 html

作为一门高级语言，R语言拥有独特的语法，比如今天说道的赋值符号。在其他语言里，赋值符合通常用一个等号(=)表示，而在R语言里，承担这个任务的可以是箭头(<-)符号，也可以是等号（=）。这就导致许多R语言初学者，分不清R语言中的赋值到底是使用箭头（<-）还是等号（=）？许多早期学习R的童鞋都比较喜欢使用等号（=）进行赋值。毕竟，简简单单的a = 5用起来比较符合大多数现有语言的习惯。出于对某种赋值方式的偏好，甚至出现了等号党和箭头党，但是到底孰好孰坏，显然争不出任何结果，相对来说更重要的是了解这两者的区别。只有我们深刻理解了其相同与不同之后，才能更好的运用他们。

2019-10-14

7K0

利用gganimate可视化全球范围R-Ladies（R社区性别多样性组织）发展情况

编程算法 https r 语言网络安全

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。生信宝典对代码进行了系统测试和解释。

2019-10-14

8400

知道肠道菌种组成之后怎么做功能注释？

数据分析大数据 linux r 语言

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年11月1-3日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第六期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。

2019-10-10

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