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生信宝典

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代码看不懂?ChatGPT 帮你解释,详细到爆!
Entity Framework Plus 是一个用于增强 EF6 和 EF Core 的免费开源库。它对您的数据库上下文 DbContext 进行了扩展,包括过滤器、审核、缓存、批量删除、批量更新等。
生信宝典
2023-08-30
2160
保护你无价的数据 | 推荐一个开源备份工具,可去重、增量、压缩、还原到特定日期
来自:https://blog.csdn.net/allway2/article/details/107449842
生信宝典
2023-08-30
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Nature methods | Alevin-fry, 一种高效准确的单细胞测序数据预处理工具
随着单细胞以及单核测序(single-cell and single-nucleus RNA-sequencing)的快速发展以及逐渐普及,越来越多的单细胞测序数据集在近几年不断的出现。这些数据集不仅有着成倍增加的细胞数量,也包括了更多维度的生物特征信息,这使得预处理单细胞测序数据的所需的时间不断增加。例如,10x Genomics的官方预处理软件CellRanger有时需要几十个小时来处理一个单一数据集。虽然目前有些轻量化工具可较快的处理单细胞测序数据,比如kallisto|bustools 和alevin,但轻量化工具的假阳性和准确性问题一直有待解决。
生信宝典
2022-04-19
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Adonis结果P值小于0.05,一定代表两组样品物种构成差异显著吗?
PERMANOVA原理解释:这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!
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2022-01-18
2K0
画一个带统计检验的PcOA分析结果 (再进一步,配对比较)
PERMANOVA原理解释:这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!
生信宝典
2022-01-18
1.3K0
这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!
了解了基本概念 方差分析中的“元”和“因素”是什么? 下面我们看下PERMANOVA。
生信宝典
2022-01-18
1.4K0
U盘文件系统无法识别,数据怎么恢复?
昨天偷懒直接打开U盘里面的PPT文件,更新这次课程的教案。一路修改、一路保存,都没问题。
生信宝典
2022-01-18
2.2K0
咦!这样画基因结构图够好看!(结尾有送书福利)
gggenes是ggplot2的扩展包,用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。
生信宝典
2020-02-26
5.2K0
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八)- Scater包输入导入和存储
基因定量后会整理成一个行为基因(或转录本)列为细胞的表达矩阵。虽然前面做了原始数据质控和测序数据质控移除了一部分从reads数层面就不合格的细胞,还需要进一步根据表达矩阵移除其它类型低质量细胞。如果未能识别并移除低质量细胞会混淆下游分析中的有意义的生物信息。
生信宝典
2019-10-14
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这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本,涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关
可重复性研究一直是学术发表希望实现的方式,更有助于判断研究结果的准确性和帮助后人以此为基础进行深入研究。计算分析类型的研究,是能够比较容易实现可重复性的 - 只要分享代码和数据就可以 (当然配置运行环境也需要一定的功底),如使用R markdown或Bookdown 或者 Jupyter notebook等,像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的NBT文章那样,把代码存放在Github上面也是一种比较好的方式。
生信宝典
2019-09-25
1.5K0
单细胞预测Doublets软件包汇总|过渡态细胞是真的吗?
对于高通量方法,在细胞捕获效率和doublets比例之间存在折中,通常的做法是以1-5%的doublets为目标(Ziegenhain et al., 2017)(http://refhub.elsevier.com/S0098-2997(17)30049-3/sref115) 。
生信宝典
2019-09-03
5.6K0
一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D
虽然3D的plot见得比较多了,但是看见这样的R包,我的心还是砰了一下,这个简直不能再好看了!
生信宝典
2019-07-22
4.8K0
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