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conda安装的star-fusion流程内部软件版本不兼容
perl
数据库
sql
其中star比对过程已经是超级简单了，但是perl脚本就比较麻烦，因为perl本身是上古语言，STAR-Fusion 这个perl脚本依赖的环境会难倒很多人，如下所示的代码架构：
生信技能树
2022-03-03
1.7K
0
有一种生意双方都觉得亏
perl
正好，最近我的学徒也分享了他在分析他们课题组数据项目的一个感悟，值得分享给大家，大家可以思考一下，为什么会有这样的生意，交易双方都觉得血亏呢？
生信技能树
2020-03-11
425
0
一个好像没有做任何改变的参数
perl
count
软件
实际上就是一行命令在运行比对过程，但是呢，参数太多了，调起来很麻烦，通常如果不理解的话就不建议修改参数。
生信技能树
2019-11-06
1.4K
0
生信分析人员如何系统入门python（2019更新版）
python
perl
数据分析
anaconda
一般来说，使用 Python 做生信有两种情况：一种是专门分析生物学数据（主要是各种组学），以调包为主，日常工作就是熟悉各种包的文档，写各种脚本串联工具分析流程，大部分写的都是以快速实现为目的的即用即弃小脚本，对 Python 要求并不高，掌握最核心的语法就可以解决大部分问题，甚至面向对象这部分的编程都较少涉及。
生信技能树
2019-10-09
6.2K
0
对参考基因组按照200k分区间统计测序深度及GC含量
perl
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz
生信技能树
2019-06-19
4.1K
0
人类全外显子测序数据分析视频教程学习笔记
perl
因为很多地方都是自己当初摸索时遇过的坑，像是BWA 比对要加 -R 参数，面对一大堆样本如何省时省力处理等等小枝节，遗憾当初没有及时看到，浪费了不少时间。
生信技能树
2019-03-07
1.6K
0
perl模块安装大全
打包
perl
今天又有小伙伴微信问我perl模块安装的问题，因为ENSEMBL发布的大多数数据库以及软件都是基于perl的，尤其是分量很重的VEP，所以即使你再如何如何的讨厌perl，也不得不与之打交道。 这种细节问题问我，我当然无法直接给出答案咯。毕竟，我的知识积累都不是靠死记硬背的。所以需要取回过头查看一下我的博客，才意识到，我竟然已经写了7篇教程，关于perl的模块。目录如下： ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块 Perl用cpan在linux上面安装模块 Perl及R及python模块碎碎念 pe
生信技能树
2018-03-08
4.3K
0
生物信息学技能面试题(第4题)-多个同样的行列式文件合并起来
perl
go
bash
bash 指令
r 语言
相信用过htseq-count的朋友都知道，它是分开对每个样本计算所有的基因表达量，所以会生成一个个独立的文件，我用perl脚本模仿它的结果如下： $ head a.txt gene_1 178 gene_2 692 gene_3 486 gene_4 666 gene_5 395 gene_6 48 gene_7 926 gene_8 733 gene_9 660 gene_10 578 第一列是基因，第二列是该基因的counts值，共有a~z这26个样本的counts文件，需要合并成一
生信技能树
2018-03-08
1.7K
0
【直播】我的基因组 32：使用annovar注释vcf
http
html
perl
ANNOVAR软件用法看我以前的博客： 1.Annovar使用记录 (http://www.bio-info-trainee.com/641.html) 2.用annovar对snp进行注释 (http://www.bio-info-trainee.com/441.html) 3.对感兴趣的基因call variation(http://www.bio-info-trainee.com/2013.html)4.WES（六）用annovar注释(http://www.bio-info-trainee.com/
生信技能树
2018-03-08
2.3K
0
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