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wget小细节（geo数据 ，figshare数据）
ftp
数据库
sql
https
网络安全
数据在CNGBdb，https://db.cngb.org/search/project/CNP0002454/
生信技能树
2023-03-01
2.1K
0
单细胞基因组测序看拷贝数变异就足够了
https
网络安全
腾讯云开发者社区
linux
html
我猜测主要是因为单细胞基因组测序的分析手段有点少，看拷贝数变异就足够了，比如发表于2022年6月份的nature的文章：《cGAS–STING drives the IL-6-dependent survival of chromosomally instable cancers》，里面就有 shallow single-cell whole-genome sequencing. 数据在 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB49800 ，很容易下载里面的测序fastq数据：
生信技能树
2023-02-28
260
0
针对肿瘤常见突变位点设计引物
https
网络安全
目前绝大部分医院的肿瘤相关突变数据的上游测序fastq文件处理都是公司代劳，流程是经典的GATK套装，主要是耗费计算机资源而已。
生信技能树
2023-02-28
431
0
Hail-GWAS教程笔记
https
网络安全
html
数据分析
主要参考自：Hail | GWAS Tutorial[1]本笔记旨在提供Hail功能的概述，重点是操作和查询遗传数据集的功能。我们进行了全基因组SNP关联测试，并证明了需要控制由群体分层引起的混杂。
生信技能树
2023-02-27
555
0
PRIMUS，一个专门针对肿瘤单细胞转录组数据整合的算法
https
网络安全
PRIMUS 来源于最近国人的一篇Sci Adv的文献Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer[1]。作者期望通过研究化疗前后卵巢癌样本的单细胞转录组层面的变化，然而由于卵巢癌肿瘤特有的异质性，不同肿瘤之间细胞成分差异很大，多样本之间整合存在困难。而基于以往的Seurat v3, Harmony, LIGER, mnnCorrect, and fastMNN 以及三种Bulk RNAseq的整合方法（ComBat、ComBat-seq，and limma）整合仍然不能很好的解决这个问题。基于此，作者团队开发了PRIMUS。
生信技能树
2023-02-27
630
0
只有测序数据不知道如何高级分析可以试试看这个期刊
数据分析
腾讯云开发者社区
https
网络安全
这就可能非常受生信工程师的喜爱，因为绝大部分生信工程师就是擅长统计可视化，生物学背景比较匮乏而且很难编造一个完整的生物学科研故事。让我们以 2017的文章《Transcriptomic profiling of 39 commonly-used neuroblastoma cell lines》为例说明一下只有测序数据不知道如何高级分析，可以怎么样的发表在期刊杂志：《Scientific Data》吧。
生信技能树
2023-02-27
324
0
脑脊液单细胞转录组数据处理
腾讯云开发者社区
https
网络安全
数据处理
前些天我们公众号弄了一个活动，详见：春节期间单细胞转录组数据分析全免费，收到了上百个需求， 本来呢我们自己就算是春节前后14天不吃不喝不眠不休也不可能完成这么多单细胞数据处理。好在我灵机一动，想起来了前面两个月培养的一百多个在线实习生，毕竟教了他们R语言，转录组，以及单细胞转录组。 所以我写了一个还算是比较自动化的单细胞转录组数据处理代码，如果是我自己的，可以在十几分钟就完成复现文章的第一层次降维聚类分群图，比如数据集：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.c
生信技能树
2023-02-27
378
0
肝癌单细胞转录组数据之SRP318499
数据库
sql
https
网络安全
其实也有对应的bioproject的ID ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA727404
生信技能树
2023-02-27
435
0
VAG:图形化泛基因组中 reads 比对和路径导航的可视化工具
https
网络安全
测序技术和生物信息学的进步推动了基因组学研究。最近，基于图的泛基因组作为线性泛基因组表示（从头和迭代泛基因组）的替代品出现。基于图的泛基因组整合了泛基因组序列和变异信息，显示结构变异。
生信技能树
2023-02-27
710
0
大样品量的传统bulk转录组解决方案
https
网络安全
因为现阶段传统bulk转录组测序项目成为了标准品，无论大家在哪个公司测序都是几百块钱一个样品，简单的3分组的6个样品，就包括了定量和普通差异分析富集分析的服务，因为都是流程化的。随着国产华大基因的测序服务的崛起，以及illumina的更新换代，测序成本一降再降。2021的时候还是：明码标价之转录组常规测序服务（仅需799每个样品） ，到2022就是常规转录组测序加分析仅需549，12个样品起。
生信技能树
2023-02-27
466
0
使用ggpubr包的stat_cor函数一步到位绘制相关性散点图并且添加统计学指标
编程算法
https
http
网络安全
再比如前面笔记两次单细胞差异分析后的结果进行相关性散点图绘制提到的两次差异分析结果的对比，就使用了ggpubr包的ggscatter函数绘制了相关性散点图：
生信技能树
2023-02-27
1.5K
0
去波士顿与李恒大佬一起参加bioconductor的2023会议吧
https
网络安全
数据分析
而是需要先使用 install.packages安装了我们的bioconductor的安装器（BiocManager），然后使用BiocManager的install函数去安装我们生物信息学相关的包。比如：
生信技能树
2023-02-27
628
0
IMMUcan—肿瘤微环境单细胞数据库
https
网络安全
腾讯云开发者社区
简介：来自法国巴黎圣路易斯研究所的研究团队建立了一个综合肿瘤微环境数据库平台(IMMUcan，https://immucanscdb.vital-it.ch)。该平台基于大量的单细胞数据收集与整合分析，为挖掘肿瘤免疫微环境单细胞特点提供了便捷的工具。
生信技能树
2023-02-27
855
0
关于什么是单细胞测序的知识整理，ChatGPT会做的更好吗？
数据库
sql
https
网络安全
聚类算法
既然ChatGPT如此擅长查询和整理资料，那么关于什么是单细胞测序的知识整理，ChatGPT会做的更好吗？我先给出来一个学徒的知识整理，借花献佛给大家。然后大家可以自己玩一下ChatGPT，看看能不能做出来如此出色的整理。
生信技能树
2023-02-27
730
0
三个buff都不能让你成功getGEO吗
github
git
开源
https
网络安全
一番搜索，发现是GEOquery更新过后，downloadFile这个函数做了改动。
生信技能树
2023-02-27
556
0
学徒抽丝剥茧想搞清楚这个转录组数据问题出在哪里
编程算法
ftp
https
网络安全
腾讯云开发者社区
这个CNP0002454数据集来源的文章：Identification of a 3-Gene Model as Prognostic Biomarker in Patients With Gastric Cancer ，大家可以自行阅读
生信技能树
2023-02-27
347
0
同样的过亿的测序片段为什么得到的fastq文件大小迥异
https
网络安全
数据分析
腾讯云开发者社区
好奇之下，我就去看了看这个数据集，蛮有意思的，确实是一个样品，但是有两个不同的ngs组学技术，所以有两个ID，同样的过亿的测序片段，得到的fastq文件大小迥异，大家也可以自己点进去看看：
生信技能树
2022-12-16
515
0
马上都2023了，但是CNS级别单细胞文章仍然是使用monocle2
https
github
网络安全
git
开源
其实大家简单的搜索就能发现 trapnell 实验室虽然出了 monocle3 ，而且写的很清楚：Monocle 2 and Monocle 3 alpha are deprecated， Please use our new package, Monocle 3 ，如下所示的链接 ：
生信技能树
2022-12-16
1.8K
0
为什么同一个文章使用两个不同转录组测序差异分析方法？
腾讯云开发者社区
编程算法
https
网络安全
是发表于2017的文章：《Transcriptome sequencing identifies ANLN as a promising prognostic biomarker in bladder urothelial carcinoma》
生信技能树
2022-12-16
349
0
Java软件相关运行环境到底是jdk还是jre
jdk
https
网络安全
java
但是如果你电脑缺Java环境，你第一时间去搜索解决方案的时候，往往会有一个疑问：Java软件相关运行环境到底是jdk还是jre：
生信技能树
2022-12-16
522
0
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