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生信小驿站

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预测RNA三级结构
http://rnacomposer.cs.put.poznan.pl/ 输入RNA序列和二级结构,邮箱地址,点击compose即可。
用户1359560
2021-03-03
4.2K1
RNA结构分析(2)通过核苷酸序列预测二级结构
1.输入核苷酸序列 2.点击运行 RNAfold web server http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
用户1359560
2021-01-26
3.7K1
云服务器如何安装图形化界面和pymol
Ubuntu系列弹性云服务器默认没有安装图形化界面,如果需要图形化界面,需要进行安装。
用户1359560
2020-11-26
6.4K1
使用R语言绘制string蛋白互作图
STRING(https://www.string-db.org)是已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。交互包括直接(物理)关联和间接(功能)关联。数据库包含来自众多来源的信息,包括实验资料库,计算预测方法和公共文本集。每次互动都与组合的置信度相关综合各种证据的分数。目前,涵盖了来自5090的超过24百万种蛋白质生物。STRING数据库可用于在基因列表中添加含义。STRINGdb R软件包,以方便用户访问STRING中的数据库。在本指南中,以示例说明了该软件包的大多数功能。此外,iGraph包作为代表蛋白质-蛋白质相互作用网络的数据结构。
用户1359560
2020-09-01
2.4K0
miRTarBase数据库
miRTarBase数据库是一个专门收集有实验证据支持的microRNA-mRNA靶向关系(MTI, MicroRNA-Target Interactions)的数据库。自miRTarBase数据库于2011年首次亮相以来,miRNA与靶基因相关信息的数据库不断更新。该数据库已经收录了超过8,500篇关于miRNA-靶标相互作用的实验支持文章。随着新发布的CLIP-seq数据集的增加,新miRTarBase中的MTI集合超过500,000。作者通过改进NLP(自然语言)技术,搜集到更多靶向关系对以及他们的网络功能和注释信息。数据库网址:http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html
用户1359560
2019-09-20
1.9K0
零代码功能富集分析(DAVID数据库、KOBAS数据库使用教程)
DAVID (the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)的网址是http://david.abcc.ncifcrf.gov/。 DAVID是一个生物信息数据库,也是一款在线免费分析软件,其整合了生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系统综合的生物功能注释信息,帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路富集分析,对很多科研工作者来说,是个非常好的工具。
用户1359560
2019-07-25
6.9K0
R包install失败:cannot open URL
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib: cannot open URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'
用户1359560
2019-07-22
4.5K0
R.python常见问题②(一些需要编译的包)
在R语言的广泛包中,大部分可以直接install.packages()直接命令安装,但是有些包安装过程比较复杂,例如'lightgbm,ggplot2所依赖的‘rlang’包,devtools所依赖的‘pkgload’,这三个包是我目前经常遇到的需要编译的包,安装过程比较复杂且慢。
用户1359560
2018-12-12
1.2K0
使用R语言分析微信好友
上篇使用python分析微信好友 - 简书 https://www.jianshu.com/p/c7f1b400d20a python爬虫: 数据保存后用R语言作图分析
用户1359560
2018-10-08
2.1K0
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