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关于trimmomatic相关内容请见https://zhuanlan.zhihu.com/p/28924793 https://www.jianshu.com/p/a8935adebaae 结果会产生以下四个文件
Y大宽
2019-06-24
2.4K
0
NGS中的几个为什么
sql
主要两个原因, 一是构建测序文库时的可用的细胞量并不充足 二是打断的步骤(一般都是超声波)会引起部分DNA降解 以上两个都会是的整体或局部DNA浓度过低,假如直接取样测序,那会测序不全。所以要通过PCR把这些微弱的DNA扩增,以增加浓度,取样时能被取到。
Y大宽
2019-06-13
1.8K
0
5️⃣ 蛋白质序列基本和特征信息分析(1) :蛋白质序列基本信息分析(氨基酸组成,理化性质,亲疏水等)
数据库
sql
蛋白质是生命功能的执行者,一切生命活动都与蛋白质有关。 我们知道,蛋白质结构分为一级结构和空间结构,而空间结构包含二级三级和四级结构,空间结构是蛋白质功能的关键。而一级结构又决定空间结构,也就是说空间结构的信息蕴藏在一级结构中。 一级结构指的是蛋白质中氨基酸的排列顺序,和DNA一级结构一致。 也就是说蛋白质发挥什么功能,基本在一级结构中就确定了。
Y大宽
2019-03-05
14.4K
0
6️⃣蛋白质序列的功能信息分析2:基于蛋白质结构域domain和功能位点分析
数据库
sql
结构域domain比较抽象,属于蛋白质构象中二级结构和三级结构之间的一个层次,一般每个结构域有100-300个氨基酸残基组成,有特定的空间构象,并有不同的生物功能。
Y大宽
2019-03-04
2.6K
0
4️⃣ 核酸序列特征分析(8):重复序列的查找
数据库
sql
基因组序列主要构成成分是基因序列,重复序列和基因间序列。 基因组注释包括基因组结构注释和基因组功能注释 结构注释的核心是基因识别,为了提高基因识别效率需要首先寻找并标记去除 重复的和低复杂性的序列。
Y大宽
2019-02-26
3.1K
0
4️⃣ 核酸序列特征分析(7):限制性内切酶位点分析
数据库
sql
限制性内切酶,简称限内酶,是生物体内的可以将异源性DNA切断的一类酶,这可以限制异源DNA的侵入并使之失活,但对自身DNA没有损伤,可以维持细胞原有遗传信息的完整性。 限内酶可以是被DNA特异顺序序列即识别位点,并在识别位点内部或周围切割双链DNA。限内酶是分子克隆的基础。
Y大宽
2019-02-26
1.4K
0
1️⃣序列获取(3):蛋白质序列获取
数据库
sql
1 NCBI Protein database related information可以查看非常详细的各种相关信息 2 EXProt :database for EXPerimentally ve
Y大宽
2019-01-28
494
0
2️⃣ 双序列比对(2):BLAST详细操作:web版和linux版
数据库
sql
网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 运行方式:本地或web
Y大宽
2019-01-28
4.9K
0
2️⃣ 双序列比对(1):算法及数据库
编程算法
数据库
sql
注意:动态规划和BLAST适用于不同比对情况。前者适合较少量序列间比对,BLAST适合从一组大量序列中搜索与查询相似的序列
Y大宽
2019-01-28
2K
0
1️⃣ 序列获取(1):DNA序列获取
数据库
sql
https
网络安全
go
生物基因
已经无法打开 具体请参考文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC29767/
Y大宽
2019-01-28
1.2K
0
1️⃣ 序列获取(2):RNA序列获取
数据库
sql
生物基因
虽不编码蛋白质,但是参与包括染色质结构重建,基因表达层面的转录和翻译调控,亚细胞位置等调控。主要来自于
Y大宽
2019-01-28
1.4K
0
4️⃣ 核酸序列特征分析(1):开放阅读框识别
数据库
sql
生物基因
序列比对和序列特征分析总目录 阅读框Open Reading Frame,ORF ORF指的是DNA上的序列,从5'端翻译起始密码子ATG到终止密码子(TAA,TAG,TGA)的蛋白质编码序列。 对于任意给定的一段DNA,有两个问题需要考虑, 一是DNA双链中的哪条是编码链 二是编码区究竟从第一个碱基开始进行编码 所以每条链都有潜在的3种ORF,而对于双链DNA来说就有6种可能的ORF。也就是说先从给定的DNA单链为模版,分别从5'-3'方向第123个碱基开始翻译,再以互补链为模版,分别从3'-5
Y大宽
2019-01-28
2.6K
0
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