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文章/答案/技术大牛

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Y大宽

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通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作

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2019-06-24

2.3K0

NGS中的几个为什么

主要两个原因，一是构建测序文库时的可用的细胞量并不充足二是打断的步骤（一般都是超声波）会引起部分DNA降解以上两个都会是的整体或局部DNA浓度过低，假如直接取样测序，那会测序不全。所以要通过PCR把这些微弱的DNA扩增，以增加浓度，取样时能被取到。

2019-06-13

1.7K0

5️⃣ 蛋白质序列基本和特征信息分析(1) :蛋白质序列基本信息分析(氨基酸组成，理化性质，亲疏水等)

蛋白质是生命功能的执行者，一切生命活动都与蛋白质有关。我们知道，蛋白质结构分为一级结构和空间结构，而空间结构包含二级三级和四级结构，空间结构是蛋白质功能的关键。而一级结构又决定空间结构，也就是说空间结构的信息蕴藏在一级结构中。一级结构指的是蛋白质中氨基酸的排列顺序，和DNA一级结构一致。也就是说蛋白质发挥什么功能，基本在一级结构中就确定了。

2019-03-05

12.6K0

6️⃣蛋白质序列的功能信息分析2:基于蛋白质结构域domain和功能位点分析

结构域domain比较抽象，属于蛋白质构象中二级结构和三级结构之间的一个层次，一般每个结构域有100-300个氨基酸残基组成，有特定的空间构象，并有不同的生物功能。

2019-03-04

2.5K0

4️⃣ 核酸序列特征分析(8):重复序列的查找

基因组序列主要构成成分是基因序列，重复序列和基因间序列。基因组注释包括基因组结构注释和基因组功能注释结构注释的核心是基因识别，为了提高基因识别效率需要首先寻找并标记去除重复的和低复杂性的序列。

2019-02-26

2.8K0

4️⃣ 核酸序列特征分析(7):限制性内切酶位点分析

限制性内切酶，简称限内酶，是生物体内的可以将异源性DNA切断的一类酶，这可以限制异源DNA的侵入并使之失活，但对自身DNA没有损伤，可以维持细胞原有遗传信息的完整性。限内酶可以是被DNA特异顺序序列即识别位点，并在识别位点内部或周围切割双链DNA。限内酶是分子克隆的基础。

2019-02-26

1.3K0

1️⃣序列获取(3)：蛋白质序列获取

1 NCBI Protein database related information可以查看非常详细的各种相关信息 2 EXProt :database for EXPerimentally ve

2019-01-28

4560

2️⃣ 双序列比对(2)：BLAST详细操作:web版和linux版

网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 运行方式：本地或web

2019-01-28

4.5K0

2️⃣ 双序列比对(1)：算法及数据库

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注意：动态规划和BLAST适用于不同比对情况。前者适合较少量序列间比对，BLAST适合从一组大量序列中搜索与查询相似的序列

2019-01-28

1.9K0

1️⃣ 序列获取（1）：DNA序列获取

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已经无法打开具体请参考文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC29767/

2019-01-28

1.1K0

1️⃣ 序列获取（2）：RNA序列获取

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虽不编码蛋白质，但是参与包括染色质结构重建，基因表达层面的转录和翻译调控，亚细胞位置等调控。主要来自于

2019-01-28

1.3K0

4️⃣ 核酸序列特征分析(1):开放阅读框识别

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序列比对和序列特征分析总目录阅读框Open Reading Frame，ORF ORF指的是DNA上的序列，从5'端翻译起始密码子ATG到终止密码子(TAA,TAG,TGA)的蛋白质编码序列。对于任意给定的一段DNA，有两个问题需要考虑，一是DNA双链中的哪条是编码链二是编码区究竟从第一个碱基开始进行编码所以每条链都有潜在的3种ORF，而对于双链DNA来说就有6种可能的ORF。也就是说先从给定的DNA单链为模版，分别从5'-3'方向第123个碱基开始翻译，再以互补链为模版，分别从3'-5

2019-01-28

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