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碱基矿工

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科普 | 什么是病毒以及 COVID-19 遗传易感性的研究

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这篇文章源自于我在 2020 上半年的一次内部讲课 PPT，当时恰逢新冠大流行，我们也对此开展了一项 COVID-19 与宿主遗传特征方面的研究。当时这个课程属于科普性质的，所以没有涉及到太多研究上的内容，但后来成果发表了，所以在这篇文章中，我也将当时发表的结果在此处做展示。

2023-02-01

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碱基周报（第 006 期）：不是 β 淀粉样蛋白导致阿尔兹海默症

https 网络安全

一直以来，学界都认为脑内神经细胞外 β 淀粉样蛋白沉积（又称老年斑）是阿尔兹海默症的主要病变原因。所以，“β 淀粉样蛋白”长久以来一直是阿尔兹海默症发病机制的主流学说。但基于此来预防和治疗阿尔兹海默症的药物和方案所产生的效果却不尽人意。

2022-11-11

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碱基周报（第 007 期）：人体是一个共生生态系统

https 网络安全

这个话题的内容来源于《消失的微生物》这本书，作者马丁·布莱泽，出版于2016 年。

2022-11-11

3400

今天看到美国的 All of US 第一期10万人的基因组项目成果发出来了。我去它们网站想进一步看看数据概貌的时候发现，原来还多出了几种性别，嗯，很政治正确啊😂。另一个感叹就是，他们确实快啊。

今天看到美国的 All of US 第一期10万人的基因组项目成果发出来了。我去它们网站想进一步看看数据概貌的时候发现，原来还多出了几种性别，嗯，很政治正确啊😂。另一个感叹就是，他们确实快啊。 📷 📷 📷

2022-04-12

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今天在看NAR的database专刊时无意发现“国家基因组科学数据中心”在这上面连续6年每年都发一篇介绍中心的文章，图片4-9分别对应2017-2022的文章主图。我服了，原来可以这样干！每年都更新一

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今天在看NAR的database专刊时无意发现“国家基因组科学数据中心”在这上面连续6年每年都发一篇介绍中心的文章，图片4-9分别对应2017-2022的文章主图。我服了，原来可以这样干！每年都更新一下，要知道这期刊的影响因子可在16以上! 不过分散发表的缺点就是难出单篇高引用。

2022-04-12

3200

共病遗传的研究方法：关于多发性硬化症和炎症性肠炎遗传共病研究的例子

全文6,358字(不含代码)，8 图，阅读 25 分钟。封面图源：pexels.com

2021-10-18

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ilus: 这是我写的一个轻量级全基因组（WGS）和全外显子（WES）最佳实践分析流程生成器

不知觉间，距离我写下第一篇关于 WGS 数据分析系列的文章已经过去了三年多（WGS系列文章），时间真的快啊。

2021-08-13

2K0

AlphaFold2虽然开源了，但并非能即开即用！

并行AI云预装AlphaFold2软件，即开即用，可实现分钟级获取计算实例。此外针对特定计算环境部署需求自主、灵活构建，并提供详细运行手册及参数介绍，助你轻松使用。

2021-08-13

2.5K0

碱基周报（第 004 期）：全球十大主要基因组学项目盘点

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这是目前用得最广也是影响最大的一个国际联合基因组项目。2008年发起由英国Sanger研究所、美国 NHGRI 等多家科研机构共同发起的国际多人群基因组学项目，项目收集了全球26个不同群体2504个人的基因组数据，在2015年已经完成了第三期，自那之后几乎所有的人类基因组学研究成果都或多或少会使用里面的结果，贡献巨大。

2021-04-12

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碱基周报（第 003 期）：人类起源的故事

https 网络安全

从东非大裂谷形成直到演变成东非稀树草原，地球就进入了人类纪元。从600万年前开始，人族部落发生分裂，我们与猿的关系从此结束了[1]。

2021-03-23

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人类基因组时代的泛基因组学

今天想分享一个主题：人类基因组时代的泛基因组学。主要内容源自今年《Nature Reviews Genetics》上一篇题为《Pan-genomics in the human genome era》的文章。

2020-09-29

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为什么不能通过 GATK 的 PL 直接计算基因型剂量（Genotype dosage）

python data fs scale

GATK 的 PL 比较特殊，它是不能直接用于基因型剂量（Genotype dosage）的计算的。这次我们就来谈一谈这个问题。

2020-05-22

6440

生物信息 awk 用法进阶

linux unix 编程算法

全文6,829字（含代码），阅读18分钟。配图来源：《The AWK Programming Language》

2019-05-31

6530

如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所传递的信息

在GWAS研究中，Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图，它们可以把跟研究的性状（比如，基因型和身高）显著相关的基因位点清晰地展现出来，不少读者朋友应该都懂得如何画这样的图，但我想应该不是每个人都能够真正知道其中所蕴含的道理。

2019-05-31

2K0

生物信息 awk 简明教程和基本用法

unix bash 编程算法 linux mac os

awk 是处理文本文件的一个应用程序，几乎所有的Linux以及MacOS都自带这个程序。

2019-05-31

1.6K0

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