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3.5小时完成20万分子对接！一键定位分子库+全流程自动化
自动化
linux
LeDock是苏黎世大学Zhao HongTao在博士期间开发的一款分子对接软件，专为快速准确地将小分子灵活对接到蛋白质而设计。
生信修炼手册
2022-11-25
1.6K
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VCF格式介绍
python
编程算法
linux
html
VCF全称为Variant Call Format, 是一种纯文本文件，用来存储变异位点信息，主要包括3个部分的内容
生信修炼手册
2020-05-11
1.5K
0
ANNOVAR Filter-based Annotation
数据库
sql
linux
annnovar filter-based annotaton用于分析哪些变异位点是数据库中的已知位点，在判断时，除了染色体位置之外，allel也必须相同。region-based annotation 在分析时只考虑基因组位置，只要是存在overlap关系就会输出结果，而filter-based annotation会更加严格，首先要求基因组上的起始和终止位置必须完全一致，其次变异位点的allel也必须完全相同才行。
生信修炼手册
2020-05-11
1K
0
DiseaseMeth 人类疾病相关的甲基化信息数据库
硬件开发
linux
数据库
sql
DNA甲基化作为表观遗传的一种标记，在生长发育和疾病发生过程中扮演着重要角色。随着大规模甲基化研究的进行，积累了大量疾病相关的甲基化数据，DiseaseMeth就是一个保存了人类疾病相关的甲基化信息的数据库。
生信修炼手册
2020-05-10
488
0
circos tableviewer 展示表格数据
android
对象存储
linux
circos中丰富多样的参数，允许我们更加的展示数据。高度定制化的同时，也意味着学习成本的提高。从原始数据的整理，到可视化参数的调整，都必须做到了如指掌，才能得心应手的使用circos。 为了方便使用，circos官网提供了一系列有用的脚本，封装成了circos tools工具包。
生信修炼手册
2020-05-10
1.1K
0
ANNOVAR变异位点注释软件
数据库
sql
linux
perl
ANNOVAR 是一款变异位点注释软件，提供了多方位的注释功能，支持多个物种，是最受欢迎的注释软件之一。
生信修炼手册
2020-05-10
1.3K
0
ANNOVAR region-based annotation-下篇
数据库
sql
linux
编程算法
在UCSC网站上，对于不同的参考基因组，提供了许多数据，这些数据中只要是提供了基因组区域的，理论上都可以用于annovar region-based annotation。在选择时，只需要根据目的选择对应的数据库即可。annovar 官方的文档中，给出了以下几种用法。
生信修炼手册
2020-05-10
1K
0
DARNED:RNA编辑位点数据库
linux
数据库
sql
https
网络安全
DARNED数据库收录了human等多个物种的RNA编辑位点信息，除了最常见的A->I类型的RNA编辑外，还收录了部分C->U的RNA编辑位点，网址如下
生信修炼手册
2020-05-08
612
0
使用mafft进行多序列比对
编程算法
https
linux
网络安全
对于几千条序列的多序列比对，无论是从准确度还是运行速度上考虑，muscle通常都是最佳选择。但是muscle 的内存优化做的并不好，如果所需内存超出了机器内存，此时可以考虑mafft 这个工具。官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
4K
0
Augustus:真核生物基因结构预测软件-安装篇
centos
linux
打包
组装得到基因组序列之后，进一步的工作就是探究基因结构。Augusust是一款预测真核生物基因结构的软件,官网如下：
生信修炼手册
2020-05-08
1.6K
0
解密ATAC中的测序饱和度分析
android
腾讯云开发者社区
linux
html
测序数据量对于NGS数据分析是非常重要的，测序数据量过低，不能有效覆盖基因组完整信息，测序数据量过高，则会造成冗余，不够经济。为了验证当前测序量能否满足需求，或者说加大测序量是否能够进一步挖掘的更大量的信息，通常需要进行饱和度分析。
生信修炼手册
2020-05-07
1.8K
0
通过GDC Legacy Archive下载TCGA原始数据
hive
linux
在2016年之前，TCGA项目的相关结果文件存放在CGhub和TCGA Data Coordinating Center简称DCC提供的TCGA Data Portal中，当时的结果是以hg19或者hg18为参考得到的。
生信修炼手册
2019-12-19
1.5K
0
使用Beagle进行基因型填充
https
gcc
http
网络安全
linux
Beagle是基因型填充常用的软件之一，最新版本为V5.1, 在准确率和运行速度上都有了很大提升，对应的文章链接如下
生信修炼手册
2019-12-19
4.3K
0
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