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HapMap-人类基因组单倍型图谱
ftp
数据库
sql
在2001年的时候，HapMap联盟发起了HapMap 计划，旨在构建人类基因组的单倍体图谱，由多个国家和组织的科研人员合作完成。通过对1000多个来自不同地区的人群进行分析，得到数量巨大的变异位点和基因型信息，这些信息对全世界免费公开。
生信修炼手册
2020-05-11
1.4K
0
1000 Genome Project
ftp
编程算法
数据库
sql
1000 Genome Project 的目标是发现在人群中频率大于1%的变异位点，对来自不同人群的大量样本进行测序，识别到了许多的变异位点，为人类遗传变异的研究提供了一个综合的资源。
生信修炼手册
2020-05-11
1.3K
0
IMGT/HLA数据库简介
数据库
sql
https
ftp
网络安全
数据库中主要收录了HLA I 型和II 型基因的Allel信息，此外，还包含了一些非HLA基因的Allel
生信修炼手册
2020-05-11
1.8K
0
clinvar数据库简介
数据库
sql
ftp
go
clinvar 和 OMIM 数据库类似，都是存储了人类变异位点和表型之间的关系。网址如下：
生信修炼手册
2020-05-09
2.5K
0
RNAcentral:非编码RNA数据库
数据库
https
ftp
sql
网络安全
RNAcentral是由EBI开发的一个非编码RNA数据库，整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中的非编码RNA信息，旨在为ncRNA的研究提供一个统一的参照，网址如下
生信修炼手册
2020-05-08
1.2K
0
Rfam数据库简介
数据库
sql
ftp
Rfam是一个RNA分类信息的数据库，根据多序列比对结果，二级结构的一致性，协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理，网址如下
生信修炼手册
2020-05-08
1.8K
0
mirbase数据库简介
数据库
sql
ftp
miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库，该数据库中收录了来自200多个物种，接近4万个miRNA的信息，是最全面的miRNA数据库，网址如下
生信修炼手册
2020-05-08
2.4K
0
使用fusioncatcher进行融合基因的分析
编程算法
ftp
数据库
sql
在某篇评估转录组各个分析流程所用软件的文章中，fusioncatcher 被评为分析融合基因的最佳工具，该软件的网址如下
生信修炼手册
2020-05-08
1.2K
0
详解如何获取物种所有基因对应的GO注释
go
数据库
sql
ftp
Gene Ontology是研究基因功能的重要数据库之一，在进行GO的富集分析时，需要提供所有基因对应的GO注释信息，本文介绍几种获取该信息的方式。
生信修炼手册
2020-05-08
8.4K
0
STAR:转录组数据比对工具简介
github
ftp
git
开源
STAR是一款RNA_seq数据专用的比对软件，比对速度非常快，最大的优势是灵敏度高，GATK推荐采用STAR比对，然后进行下游的SNP分析。软件的源代码保存在github上，地址如下
生信修炼手册
2020-05-08
5.2K
0
详解GFF转换为GTF文件
ftp
bi
na
存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转换两种格式。比如，NCBI 只提供了GFF格式的下载文件，我们需要转换成GTF文件之后再使用。
生信修炼手册
2020-05-08
4.1K
0
从UCSC下载基因组的GTF文件
ftp
http
python
从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式，一种是利用table browser 浏览器，另外一种是通过FTP服务。
生信修炼手册
2020-05-08
5.5K
0
Pfam:蛋白质家族数据库简介
数据库
sql
ftp
node.js
在蛋白质分子中，包含多个结构特异并且功能区里的区域，这些区域称之为domain， domain 可以看做蛋白质功能的基本单位，蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定。研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能。
生信修炼手册
2020-05-08
5.6K
0
GOA:Gene Ontology注释信息数据库
go
数据库
sql
ftp
GOA全称Gene Ontology Annotation, 是EMBL-EBI构建的一个GO注释信息的数据库。官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
961
0
ALLPATHS-LG基因组组装软件简介
网络安全
android
ftp
c++
ALLPATHS-LG 是由Broad Institiute研究所发明的一款基因组组装软件，不论是细菌/真菌等小型基因组，还是动植物等大型基因组的组装，它都能够胜任。 官网如下：
生信修炼手册
2020-05-08
1K
0
dbvar:染色体结构变异数据库
数据库
sql
ftp
go
染色体结构变异structural variation(SV), 被定义为1kb以上范围的DNA结构变化，通常包括缺失，重复，倒位，易位，当然也包含拷贝数变异(CNV), 染色体的结构变异来源于内因或者外因的作用，很多疾病就是由于染色体结构变异导致的，环境因素也可以诱导产生结构变异。
生信修炼手册
2019-12-19
1.4K
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