df <- scale(mtcars) # Standardize the data
library("factoextra")
library("cluster")
dist <- dist(df, method = "euclidean") # df = standardized data
hc <- hclust(dist, method = "ward.D2")
fviz_dend(hc, k = 4, # Cut in four groups
cex = 0.6, # labe
我想创建一个带有水平标签的树状图,但让树叶根据它们的高度悬挂,而不是仅仅下降到图的边缘。
示例:
par(mfrow = c(1,2))
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc) # a plot with hanging branches
plot(as.dendrogram(hc), horiz = TRUE) # a horizontal plot, but the branches are not hanging
对如何编程有什么建议吗?
谢谢。
希望你们都做得很好。
我用树状图:
d <-
dist(Correlation_Test)
hc <-
hclust(d, "ave")
plot(hc)
它工作良好,并显示在树状图的末尾。测图有不同的标签。它们中有些带有前缀A,有些带有B。我现在想根据标签对标签和分支进行着色,如果它是A或B。我发现了去右旋包。但我并没有根据标签的前缀自动给标签着色。
有人能帮我吗?)
用于关联的表的示例数据
A Data 1 A Data 1 B Data 1
0.1666667 0.5 0.6666667
0.6666667
我有具有数百个节点和长标签的hclust层次化集群对象。例如,一个家族中多个基因的同义词。见下文。
我想把hclust切成更小的子树,然后用灵活的风格将它们可视化。在之后,我看到了如何切割树状图和漂亮的类人猿进化树.
我看不出有什么方法可以把切割的树状图转换成phylo对象。
> as.phylo(as.dendrogram(hc))
Error in UseMethod("as.phylo") :
no applicable method for 'as.phylo' applied to an object of class "dendr