一、效果图： 在左图的白色区域周围，画任意形状的凸包图。 ?...: 二值图 :param n: 顶点个数 :param area_thresh: 删除小于此面积阈值的凸包 :return: 凸包图 """ row, col = np.where(image...5凸包 凸包看起来类似轮廓近似，但是它不是（两者在某些情况下可能提供相同的结果）. convexHull(points[, hull[, clockwise[, returnPoints]]]):检查曲线的凸性缺陷并进行修正...红线表示手的凸包， 双面箭头标记显示凸起缺陷. ?...以上这篇python 生成任意形状的凸包图代码就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考。
下面是凸包问题的一个代码。...python实现 蛮力法的基本思想是先用排除法确定凸包的顶点，然后按逆时针顺序输出这些顶点。...在判断点P是不是凸包上的顶点时，有如下性质： 给定平面点集S，P,Pi,Pj,Pk是S中四个不同的点，如果P位于Pi,Pj,Pk组成的三角形内部或边界上，则P不是S的凸包顶点。...S 输出：按逆时针顺序输出S的凸包的所有顶点 If n=3 Then 以逆时针顺序输出S的顶点，算法结束 找到S中纵坐标最小的点P，该点一定位于凸包上 For S中任意三点Pi,Pj,Pk Do If...以上这篇基于python 凸包问题的解决就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考。
简介 在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequence logo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。...sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性，据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征，如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。...实现以上可视化过程的工具有很多，本文介绍一个使用起来非常简单，不拖泥带水的R包ggseqlogo，只要你根据此包要求的数据格式上传一堆DNA序列或者氨基酸序列，再根据现成的命令流程就能画出logo图。...安装到作图的代码如下： 安装 安装方式有两种 #直接从CRAN中安装 install.packages("ggseqlogo") #从GitHub中安装 devtools::install.github...ggseqlogo(seqs_dna$MA0001.1) 输入格式 ggseqlogo支持以下几种类型数据输入： 序列 矩阵 下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo ggseqlogo(pfms_dna
曼哈顿图优点 大数据中，即展示数据全貌，又能快速找到目标基因或OTU，同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。绝对高端大气，而且还有内涵。...- 图中水平线一般为设定的不同显著性水平阈值，方便读出每个点的显著性水平；或只添加一条显示性阈值，高于则显著。 曼哈顿图绘制工具 散点图，自然还是R语言，ggplot2可以画的非常漂亮。...这里我们介绍CMplot包绘制曼哈顿图。...1.安装并加载所需R包 > # CMplot在CRAN上可用，因此可以使用以下R代码安装它 > install.packages("CMplot") # 安装包，如果已经安装，此行可忽略。...pdf", "tiff" dpi 设置输出图片的分辨度 memo 设置输出图片文件的名字 2.默认绘图(分别绘制出SNP密度图，曼哈顿图，环形曼哈顿图和QQ图) 2.1.
，城市之间的航班往来量，还有细胞和基因数据可视化(这个领域不了解) 和弦图在线工具：http://circos.ca/intro/tabular_visualization/ 和弦图R包：Circlize...包是R语言中实现Circos功能的一个常用包，作者是Zuguang Gu 1.2....缺省为col.sub = "black" 第三类参数 crt 缺省为crt = 0 第三类参数 err 期望的错误报告程度（像该参数目前在R中未生效），缺省为err = 0 第三类参数 family 设置文本字体字体族...第三类参数 lab 设置坐标轴刻度数，lab = c(x,y,len)形式，目前len的设置在R中未生效。缺省为lab = c(5,5,7) 第三类参数 las ：设置坐标标记显示方向。...= "s"（缺省）：标准样式；= "n"：不绘坐标轴 2.1.3. par - 第二类参数 分类 参数 描述 第二类参数 ask = TRUE：在新图绘制前进行提示 第二类参数 fig 设定图在绘图设备中的位置
所谓凸包，就是一个计算几何（图形学）中的概念。用不严谨的话来讲，给定二维平面上的点集，凸包就是将最外层的点连接起来构成的凸多边型，它能包含点集中所有的点。... --- 集合X中所有单一顶点的集合 对于二维凸包，不如我们把平面上的一些点想象为“钉子”，而你正将一个橡皮筋撑的足够大，以至于所有“钉子”都在你的橡皮筋包围的区域里...“啪”的一声，橡皮筋会尽可能的收缩到极致，而这时撑起橡皮筋的这些“钉子”构成的集合， 也就是凸包。 通过观察，我们可以知道“最左”和“最右”的两个点一定在构成凸包的集合里。...另外，如果我们按照顺时针方向观察凸包，如P->Q->R，在每一个点上凸包都是“右拐”的（当然，也可能构成一条直线）。 ...使用两个链表Lupper和Llower分别表示凸包的上半部分（Upper Hull）和下半部分（Lower Hull），Garham的算法可以通过如下伪代码描述： Algorithm CONVEXHULL
简介 在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequence logo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。...sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性，据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征，如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。...实现以上可视化过程的工具有很多，本文介绍一个使用起来非常简单，不拖泥带水的R包ggseqlogo，只要你根据此包要求的数据格式上传一堆DNA序列或者氨基酸序列，再根据现成的命令流程就能画出logo图。...R统计和作图 Graphpad，经典绘图工具初学初探 维恩(Venn)图绘制工具大全 （在线+R包） 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown...R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 R语言 - 火山图 R语言 - 富集分析泡泡图 R语言 - 散点图绘制 R语言 - 韦恩图 R语言 - 柱状图 R语言 -
学习文档: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap...函数实现，其余的热图函数都是基于它的修改。...数据和模型 为了演示热图函数的用法，我们这里创建一个随机的NMF输入矩阵，以及一些注释和协变量。...该函数默认添加2个注释通道用来展示从最佳拟合结果中获得的簇（聚类数）和一致性矩阵的层次聚类。在图例中，这两个通道分别以_basis_和_consensus_命名。...：aheatmap 还有很多自定义画热图的例子，使用下面的命令查看。
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...移除包含箭头 <- 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
C语言求凸包的算法及实现凸包问题是计算几何中的一个重要问题，它描述了一个点集中最小的凸多边形。在本文中，我们将探讨使用C语言来解决凸包问题的算法及其实现。...C语言 求凸包的算法及实现凸包算法的关键在于如何确定一个点是否在凸包上。对于一个给定的点集，我们可以选择一点作为起始点，并按照一定的顺序将其他点与其连接起来。...如果一个点的连接线都在凸包的边界之内，那么这个点就在凸包上。基于这个思想，我们可以设计以下的算法来解决凸包问题。1. 找到点集中最左边的点P0，作为起始点。2....如果所有点都在凸包的边界之内，那么算法结束；否则，将最远的点从凸包中删除，返回步骤4。...总结起来，C语言求凸包的算法及实现基于点的连接和位置的判断。通过选择起始点、按极角排序、连接点以及判断点在凸包边界内的操作，我们可以得到点集的凸包。
一般会有细胞类型的全局umap图，分样本 和 分组的umap图 ，以及分样本 和 分组的细胞类型比例柱形图。...一 调整umap图 读取scRNA分析|Marker gene 可视化 以及 细胞亚群注释--你是如何人工注释的？...注：group.by 选择metadata中的某列 即可以进行展示了 。当然可以添加你想展示的各种score，表达量，时序结果等等。...二 细胞比例柱形图 绘制细胞比例柱形图的话，只需要根据metadata中的样本（分组）和细胞类型（cluster） ，table后获得长数据，然后ggplot2绘制即可。...的参数详见 https://github.com/thomasp85/patchwork ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ 精心整理（含图PLUS版）|R语言生信分析，可视化（R统计，ggplot2绘图，生信图形可视化汇总
E-MTAB-10607 可以看到，但是小伙伴在降维聚类分群的时候实在是没办法达到原文的漂亮的结果： 原文的漂亮的结果 文献里面提到了是标准的商业化的10x技术的单细胞转录组，After standard...使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 这个文献的配套的数据在 E-MTAB-10607 ，是每个样品一个独立的txt文件，所以如下所示的读取方式即可： rm(list=ls(...)) options(stringsAsFactors = F) source('scRNA_scripts/lib.R') getwd() ###### step1: 导入数据 ######...，可以看到如果超级低的分辨率情况下，已经算是比较清晰的分群了，唯一麻烦的就是0群里面很明显就是有一点点的b细胞混入，因为他们都是淋巴系的免疫细胞，聚在一起很正常的！...我们的图虽然丑爆了，但是只需要它的降维聚类分群后的单细胞亚群的生物学名字是ok的，就不怕，因为我们做单细胞转录组数据分析的核心是给每个细胞一个合理的身份，而不是“屎上雕花”让这个umap或者tSNE图多好看
导语 GUIDE ╲ 森林图是以统计指标和统计分析方法为基础，用数值运算结果绘制出的图型。用以综合展示每个被纳入研究的效应量以及汇总的合并效应量。...背景介绍 森林图是可视化meta分析结果最常用的图形，森林图展示了单个研究和Meta分析的效应估计值及可信区间。...每个研究都由位于干预效果点估计值位置的方块来代表，同时一条横线分别向该方块的两边延伸出去。方块的面积代表在Meta分析中该研究被赋予的权重，而横线代表可信区间（通常为95%可信区间）。...今天小编给大家汇总了在R语言中绘制森林图常用到的多个工具包，接下来让我们一起看看吧！...data=lung) summary(res.cox, conf.int = FALSE) ##画图ggforest() ggforest(res.cox, data = lung) 小编总结 R语言有许多工具可以快速的绘制森林图
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...一个很好的例子是ggdendro[3]，它创建系统树图但同时计算出数据以方便用户干自己想要做的事情。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
导语 GUIDE ╲ 曼哈顿、QQ 和火山图是用于可视化高维数据分析结果的流行图形方法 。...背景介绍 对于一些研究领域，如GWAS、EWAS研究，常常会用到曼哈顿图可视化基因组中与表型相关的潜在感兴趣区域、QQ图表示观察到的检验统计量的分布假设、火山图是针对其效应大小、优势比或对数倍数变化绘制的...今天小编给大家介绍的这个R包manhattanly，整合了这几种常用的绘图方式，可以方便的进行分析可视化！...R包安装 #CARN install.packages("manhattanly") #github(development version) if (!...做出必要的结果图！
原文为circlize作者写的一本书 https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/high-level-plots.html 正常柱形图 category...image.png 环形的柱形图 ?...(breaks, "%"), labels.cex = 0.6) }) circos.clear() 以上代码实际出图...image.png 如何通过代码去掉灰色的线条呢？我的是出图后再编辑的 另外函数circos.rect()和函数circos.segments()的用法还不太懂！...rep(xlim[2], 9), 1:9, col = "#CCCCCC") 图中就没有灰色线条了 circos.rect()是用来画矩形的
所以今天的推文就没有新的学习笔记啦，翻了翻公众号很早之前发过的推文，找出来再重新发一下。...原文地址 https://stats.biopapyrus.jp/r/graph/circos-plot.html 代码 library(circlize) library(RColorBrewer)...circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col) 为什么circos.trackPoints(dfchr,dfx,df CELL_META$xcenter CELL_META$ycenter 是哪里来的呀...如果我想把文本放在每个单元格的中间是固定用这两个参数就可以吗？ 另外的参数 sector.index track.index 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本
上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化，本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值（置信区间区间）的结果直接绘制森林图的方法。...数据准备 #载入R包 library(forestplot) #数据来源：https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/ data...绘制森林图 2.1 简单森林图 对数据进行部分修改，方便行名和列名字输出 ## 构建tabletext，更改列名称，展示更多信息 np <- ifelse(!...如上图所示基本信息OK了，但是可以在以下几个方面进行优化： 添加线条，区分Subgroup 更改箱线图的宽度，颜色和大小 更改字体大小，更易区分 添加标题和横坐标轴标示 2.2 优化森林图 ##..."31" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922")), #fpTxtGp函数中的
最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%
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