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Genome Biology | VIPER:在单细胞RNA测序中为精确的基因表达恢复进行保留变异的插补

今天给大家介绍密歇根大学的Zhou Xiang教授等人发表在Genome Biology上的一篇文章 “VIPER: variability-preserving imputation for accurate gene expression recovery in single-cell RNA sequencing studies”。本文开发了一种方法,VIPER,在单细胞RNA测序研究中插补零值,以促进在单细胞水平上准确的转录组测量的实现。VIPER基于非负稀疏回归模型,并能够逐步推断一组稀疏的局部邻域细胞,这些细胞最能有效预测用于插补的细胞的表达水平。VIPER的一个关键特征是它保存基因表达变异的细胞的能力。几个精心设计的基于真实数据的分析实验说明了VIPER的优点。

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