16S流程知多少

16S流程的选择还真不少，除了引用最多的qiime流程，u/vsearch（usearch是一人一已之力单挑学术界）和mothur（用的人越来越少的感觉），最近又发现了一两个流程，一并分享给大家。

lotus

LotuS工作流程

一个引用量刚刚突破一百的流程，难得的是还在继续更新中，同样的先进的去噪代替聚类，哪天也测试下效果。最初知道这个流程是hybyrid-denovo流程提到了它也可以使用未成功拼接的序列进行分析。以下内容基本翻译自其官网:

LotuS提供完整的轻量级16S / 18S / ITS流程

1. 多路分解并过滤fasta或fastq序列
2. 去噪，将嵌合序列和簇序列去除为非常高质量的OTU，其性能与mothur / dada2相似
3. 使用5种以上的特殊通用数据库或统计算法确定每个OTU的分类起源
4. 以.txt或.biom格式构建OTU，属，家族，类，顺序和门类丰度表
5. 重建OTU系统树

同时是目前可用的最快的流程。这样，任何研究人员都可以轻松地在笔记本电脑上分析hiSeq扩增子数据。 LotuS[1]面向需要简单流程的科学家和生物信息学家，该流程可以简化为以非常快的速度创建OTU和分类单元丰度表的核心功能（例如，在笔记本电脑上处理8GB 16S miSeq运行大约需要30分钟）。LotuS不包括样本的数值分析，而是我们设计了LotuS输出，可以轻松地将它们集成到现有的工作流程中，例如使用R，QIIME / mothur或Matlab等统计编程语言。 sdm[2]是LotuS的一部分，但可以单独用于多路分解或仅用于质量过滤器序列（例如，也用于装配体等）。包括几个质量过滤测试，并且可以基于累积的错误率或低于阈值的质量窗口来截断序列。它用C ++实现并针对速度进行了优化。

LOTUS的优势

1. 使用安装脚本轻松安装和更新流程，无需修改系统变量。一个命令执行流程。
2. 快：〜2分钟（454）；MiSeq配对末端约45分钟（每个运行一个完整的音序器）。
3. OTU 的最先进的嵌合体检查和去噪，同时保留了高质量的全长读物，用于分类学分类和系统发育重建。
4. 更多：与其他流程相比，您可以从序列中检索多达19％的读数。
5. 多功能：可与ITS / SSU / LSU扩增子一起使用，具有3种不同的簇算法，默认情况下有8种不同的方法为OTU分配分类法-所有方法均在标志中进行设置。
6. 标准化：与常见的数值生态软件直接集成。

如果您想了解有关该算法的更多详细信息，请参见LotuS出版物[3]。另请参阅包括ITS数据的[4]比较论文。

LOTUS自发布以来的发展

1. highmem模式，适用于小型数据集，速度快100％，适用于大型数据集，速度快1000％
2. 从集群直接映射到OTU成员资格
3. 减少sdm IO和更可靠的格式转换
4. 使用概率过滤器进行更严格的质量过滤
5. 更多分类分配选项（utax，几个新数据库）
6. 对现有子例程，输出和日志文件的各种较小改进
7. 集成替代更快的映射器：lambda[5]
8. 两种可供选择的OTU聚类补充道：swarm[6]为高清集群和一个在该领域站在经典：CD-HIT[7]
9. 支持LSU和ITS扩增子，并具有针对这些扩增子的特定质量控制（例如ITSx）
10. PacBio支持
11. 多个数据库，无论是常规数据库（RDP，Silva，greengenes）还是更具体的数据库（对于真菌，为UNITE；对于单细胞Protists，为PR2；对于人肠，是HITdb；对于蜂肠，是beeTax），并且支持自定义用户数据库。

最近的一次更新[8]

2020年1月24日

LotuS 1.62.1 / sdm 1.50：更新了autoInstall.pl以集成SLV 138版本。我们的测试表明，该数据库在OTU分配中更经常达到物种水平。

怎么样，有没有兴趣试试这个流程呀？阅读原文是这个流程的官网。

[1]

LotuS: http://psbweb05.psb.ugent.be/lotus/downloads.html

[2]

sdm: http://psbweb05.psb.ugent.be/lotus/downloads.html

[3]

LotuS出版物: http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/30

[4]

ITS数据的: https://mycokeys.pensoft.net/articles.php?id=28109

[5]

lambda: https://www.seqan.de/projects/lambda/

[6]

swarm: https://github.com/torognes/swarm

[7]

CD-HIT: http://weizhongli-lab.org/cd-hit/

[8]

最近的一次更新: http://psbweb05.psb.ugent.be/lotus/#