​cytoscape的十大插件之二--MCODE插件

下面是cytoscape讲师的笔记

一、MCODE插件

• 关于网络构建，PPI+MCODE两者结合似乎已经成了标配。那么如何掌握它也就成了入门生信的必修课题！
• 定义：MCODE（Molecular Complex Detection）插件是在庞大的网络中根据边和节点的关系，寻找出关键的子网络和基因，方便进行下游分析。（我理解的话，其实这方法和Cytohubba很相似，不过Cytohubba会提供多种算法进行选择，并会按基因的核心程度进行排序，两种方法都可以筛选出核心基因）

二、操作演示

1. 插件下载：

• 下载安装的插件方法都一样，都是通过点击 Apps→App Manager
• 在 Search 中输入所需要的插件：mcode。之后点击右下角的install，因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。
• 再回到点击 Apps载入MCODE就可以了
• 这次也是通过首页中间Yeast Perturbation示例数据进行分析

2. 应用及保存

• 点击 Apps载入MCODE，会弹出上方窗口
• In Whole Network是作用当前整个网络的意思，如果想分析个别节点，观察与其连接的网络，就需要一开始选择那个节点，再点击MCODE，选择会自动跳到From Selection
• 关于如何调整参数，可能新手对此会很郁闷吧？
• 但其实可以观察到，一般文章都是根据默认参数分析的，无需自行调整参数，参数如何设置作者也会在自己文章中标出。跟着大众走一般都不会错的哦！

• 一般K-core值越大，会排除分值小的子网络，求出来的网络数目更少
• 如果感兴趣，可以看下各参数含义。http://baderlab.org/Software/MCODE/UsersManual

• 最后，选择感兴趣的网络，点击上方三选择Create Cluster Network
• 第1列的数字为网络得分，最高意味网络里的基因最关键和典型
• 第2个框里面是节点nodes和边edges的信息，这也是文献结果描写的重点
• Export Result导出结果

3. 结果如下：

• 非常详细，有各个网络的节点，边以及基因的信息

三、总结

• MCODE插件一般在文章中有两种使用规律：
• 可以利用MCODE插件求出子网络，将分数最高的网络里面全部基因当作hub gene
• 也有不少文章是用Cytohubba求hub gene，MCODE插件求出的结果做下游的富集分析

Identification of differentially expressed and methylated genes associated with rheumatoid arthritis based on network: Autoimmunity: Vol 53, No 6 (tandfonline.com)