液体活检RNA标志物miRandola数据库使用介绍

液体活检就是通过血液或者尿液等对癌症等疾病做出诊断,其优势在于能通过非侵入性取样降低活检的危害,而且有效延长患者生存期,性价比高。在血清、血浆、唾液、尿液和其他体液中,细胞外RNA(例如microRNA)最近被证实与包括癌症在内的各种病理状态有关。MicroRNA和circRNA在血液循环系统中以一种高度稳定的形式存在,因此,它们具有被用作许多疾病的血液生物标记物的潜能。

MiRNA可包裹进入外泌体和胞外囊泡,还可以被高密度脂蛋白HDL结合运输,保护miRNA免受RNA酶降解,可稳定存在与人血浆、血清、唾液、尿液和其他体液中,是理想的液体活检标记物,目前一些针对miRNA为靶点的核酸药物,如肿瘤抑制miR-34的模拟物药物已进入临床试验测试,拮抗miR-122分子的反义核酸药物已进入癌症治疗一期临床试验,肝炎二期临床试验。LncRNA PCA3在前列腺癌细胞和患者尿液中检测到高表达,有可能作为前列腺癌的生物标记物。CircRNA由于其首尾相连的环形特殊结构也是非常有潜力的诊断标志物。

图注:miRandola数据库简介示意图

miRandola数据库,主要针对细胞外循环非编码RNA分子进行人工筛选分类整理的数据库。该数据库最早发布与2012年,当时从89篇研究论文里筛选整理人的miRNAs数据,2017年进行了大规模更新,增加的314篇研究论文,并增加了lncRNA、circRNA等分子信息。314 篇研究论文,3283个条目,7种胞外RNA形式,1002个miRNA分子,12种lncRNA分子,8种circRNA分子,25种药物,14个组织器官和动物模型,197种疾病和细胞系,47种样本。

图注:2017年miRandola数据库更新后与12年版新增信息统计表

图注:miRandola数据库收录的ncRNA种类分布统计图

从ncRNA种类上看,miRandola数据库收录的绝大部分还是miRNAs信息,这与miRNA研究历史最长有关,随着研究的推进,相信lncRNA和circRNA的信息也将不断增加。

图注:报道循环相关的8个circRNA分子

图注:数据库使用菜单栏

miRandola数据库提供方便易用的浏览、查询和图形工具,方便用户快速定位感兴趣的ncRNA分子和相关信息。比如用户想知道三阴性乳腺癌相关的ncRNA分子,可以在search菜单中输入triple-negative breast cancers,点击search即可。

图注:根据疾病名称检索查询

搜索结果显示共有4个ncRNA分子报道跟三阴性乳腺癌潜在的标志物,并以表格的形式列举了具体分子的各种信息。

图注:查询结果展示

参考文献

Russo F, Di S B, Vannini F, et al. miRandola 2017: a curated knowledge base of non-invasive biomarkers.[J]. Nucleic Acids Research, 2017, gkx854(Database issue).

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  • 原文链接:http://kuaibao.qq.com/s/20180119G056J600?refer=cp_1026

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