ACEMD之利用HTMD准备蛋白

序

ACEMD是一款专门针对NVIDIA图形处理器（GPU）运行而优化的分子动力学软件，HTMD在Python中提供了丰富的功能为ACEMD的动力学模拟进行体系的操作、处理、建立、运行、可视化和分析等功能。

ACEMD与HTMD主要用于蛋白、膜蛋白、蛋白蛋白以及蛋白小分子动力学体系。本节主要介绍蛋白的相关处理操作。

Protein Preparation

#!/usr/bin/python3

# coding: utf-8

# In[1]:导入模块，开启可视化

from htmd.ui import *

config(viewer='ngl')

# In[2]:在pH7下准备胰蛋白酶

tryp = Molecule("3PTB.pdb")

tryp_op = proteinPrepare(tryp)

# In[3]:残基40的质子，并可视化

tryp_op.view(style="Licorice",sel="resid 40",hold=True)

tryp_op.view(style="Lines",sel="same residue as exwithin 4 of resid 40")

# In[4]:准备蛋白并打印已准备残基数据

tryp_op, prepData = proteinPrepare(tryp, returnDetails=True)

prepData

# In[5]:索引pandas数据框

# In[6]:获取数据框头部前10行数据

# In[7]:数据写入excel文件

# In[8]:膜蛋白的准备以及生产excel报告

参考资料

https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/tutorials/protein-preparation.html

https://software.acellera.com/docs/latest/htmd/userguide/advancedbuilding.html

http://gainstrong.net/works/hudong/