获取shRNA序列？还是有敲减功能的？你能做到吗？

shRNA质粒常用于对基因表达进行敲减，是研究基因功能、信号或代谢通路以及细胞生物学事件的有利工具之一。通常，敲减质粒中插入的shRNA片段都是通过筛选siRNA得到。

如今爆炸式增长的测序数据、结构数据以及图像数据让以生物信息学和计算生物学为代表的干实验发展如火如荼， 与之相比，以分子、细胞和生理学等试验方法为代表的湿实验如谦谦君子般略显低调和内敛，却也沉稳和厚重。干与湿的融合让科研层次更显多样化。今天我们给大家介绍一个不太一样的数据库，它收录的是在湿实验中运用颇广的shRNA。

这个数据库是Sigma-Aldrich公司建立的商品化shRNA的数据库：传送门。该数据库收录了许多已经经过验证的shRNA序列。虽然这样的数据库更加类似于商品目录，但是其中的序列信息却可以大大方便我们的实验。不过使用前需要注意，该数据库中收录的shRNA均是针对人和小鼠基因的。

网址：https://www.sigmaaldrich.com/chinamainland/promotions/new.html

首先我们打开数据库的首页，如下图所示：

然后在中间的搜索栏中键入需要敲减表达量的基因的名字。我们以线粒体凋亡途径中的重要蛋白Caspase3为例：

在搜索结果中可以看到caspase3的编码基因CASP3，我们点击Products一栏中的shRNA，可以进入到如下的页面中：

在该页面中可以看到Sigma-Aldrich提供人和小鼠的shRNA质粒DNA。假设我们的研究希望敲减人源细胞中的CASP3的表达，就可以点击第二行human shRNA Plasmid DNA之后的价格按钮，就会弹出下面的弹框：

在上面的弹窗中，我们可以看到有多个shRNA的产品，其中不仅提供了详细的序列，而且还提供了测试所用的细胞系（如图中的人乳腺癌细胞株MCF-7）。对于已经验证的shRNA，其产品号下方有VALIDATED标签，且序列信息上方有平均敲减水平的数据。我们可以从中选择最优的序列，直接合成DNA片段并插入到质粒载体之中。

至此，我们就获得了可以用于构建shRNA的序列，是不是十分的快捷呢。由于Sigma-Aldrich提供的许多shRNA质粒都经过实验验证，因此我们自己实验成功的概率也就大大增加。之后的工作就是构建质粒并在我们自己的细胞株中验证其敲减的功效。对于后续的实验步骤，我们下次再聊~

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