文献速递 | 细胞器基因组学中的亮点分析

线粒体基因组是独立于核基因组之外的第二套遗传物质，具有半自主性、母系遗传、重组率低等特性。线粒体基因组进化速度快，是单拷贝核基因组的5-10倍。通过线粒体基因组学的分析，能够快速对物种进行分类学鉴定、适应性进化等研究。此外，线粒体比较基因组学研究更是高分文章的加分项，让我们一起来看看线粒体基因组文章中常见的亮点分析吧~

1.尺蛾总科的线粒体基因组及其系统发育

文献标题：The mitochondrial genomes of the Geometroidea (Lepidoptera) and their phylogenetic implications

亮点分析：9个尺蛾总科线粒体基因组测序；核苷酸多态性分析；选择压力分析

结果展示：

核苷酸多态性分析：核苷酸多样性（Pi）通常用于识别核苷酸高度分化的区域，可以为分子进化研究中选择物种或群体特异性标记提供指导，特别是对于具有高度形态相似性的分类群。

选择压力分析：选择压力是指外界施加给某物种生物进化过程中的压力，使得物种适应自然环境。在遗传学中，ω = Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变（Ka）和同义突变（Ks）之间的比率。一般认为，ω > 1表明有正选择效应，即有些有利突变正受到选择；ω = 1不受选择，即中性进化；如果0

2.基于完整线粒体基因组序列的图氏蟹属（十足目：短尾次目：地蟹科）的分子系统发育和进化研究

文献标题：Molecular Phylogeny and Evolution of the Tuerkayana (Decapoda: Brachyura: Gecarcinidae) Genus Based on Whole Mitochondrial Genome Sequences

亮点分析：基因重排分析，选择压力分析

结果展示：

基因重排分析：线粒体基因重排的研究对于线粒体DNA相关疾病以及动物的系统发育研究具有重要意义。主要包括四种重排模型，分别为串联重复-随机丢失模型、串联重复-非随机丢失模型、线粒体内或线粒体间重组模型以及双复制随即丢失模型。

元莘项目经验

参考文献：

Ding W, Xu H, Wu Z, Hu L, Huang L, Yang M, Li L. The mitochondrial genomes of the Geometroidea (Lepidoptera) and their phylogenetic implications. Ecol Evol. 2023 Feb 9;13(2):e9813. doi: 10.1002/ece3.9813. PMID: 36789341; PMCID: PMC9911631.

Wang Z, Zheng Y, Zhao X, Xu X, Xu Z, Cui C. Molecular Phylogeny and Evolution of the Tuerkayana (Decapoda: Brachyura: Gecarcinidae) Genus Based on Whole Mitochondrial Genome Sequences. Biology (Basel). 2023 Jul 8;12(7):974. doi: 10.3390/biology12070974. PMID: 37508404; PMCID: PMC10376310.